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东方蜜蜂微孢子虫Nosema ceranae是一种寄生于蜜蜂中肠上皮细胞的单细胞真菌,对蜜蜂的健康危害严重,给世界各国的养蜂业造成较大损失。本研究基于前期获得的N.ceranae孢子的转录组数据对其已注释基因进行结构优化,并对未注释基因进行预测和分析。通过将测序得到的clean reads比对参考基因组和转录本重构,共对10个N.ceranae的已注释基因的5'端或3'端进行了延长。利用Cuffcompare软件将重构转录本与参考基因组进行比对,共鉴定出27个新基因,随机挑选9个新基因进行RT-PCR验证,均能扩增出符合预期的目的片段,表明预测出的新基因真实存在。有6个新基因能够注释到GO数据库和6个基因注释到KEGG数据库。进一步分析结果显示上述新基因注释到细胞等10个GO条目上,它们可能在N.ceranae的生命活动中具有重要功能。研究结果为N.ceranae的基因结构和功能注释信息的完善提供了有益补充,也为新基因的功能研究打下了基础。 相似文献
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蜜蜂球囊菌的microRNA鉴定及其调控网络分析 总被引:5,自引:0,他引:5
【目的】本研究利用small RNA-seq技术对球囊菌的纯培养进行测序,对球囊菌的micro RNAs miRNAs)进行预测、鉴定和分析,进而构建miRNAs-mRNAs的调控网络。【方法】利用Illumina Hiseq Xten平台对球囊菌菌丝与孢子进行测序,通过相关生物信息学软件对球囊菌的miRNAs进行预测和分析,通过茎环(Stem-loop)PCR对部分miRNAs进行鉴定,利用Cytoskype软件构建miRNAs-mRNAs的调控网络。【结果】本研究共获得48268696条clean reads,预测出118个球囊菌的miRNAs,它们的长度分布介于18–25 nt之间,不同长度的mi RNA的首位碱基偏好性差异明显。Stem-loop PCR验证结果显示共有10个miRNAs能够扩增出符合预期的目的片段,说明多数miRNAs可能真实存在。共预测出6529个球囊菌miRNAs的靶基因,其中5725个能够注释到Nr、Swissprot、KOG、GO和KEGG数据库。进一步分析结果显示有24个靶基因注释在MAPK信号通路。Cytoskype软件分析结果显示球囊菌的miRNAs与mRNAs之间存在复杂的调控网络,绝大多数的miRNAs处于调控网络的内部且同时结合多个mRNAs。【结论】本研究率先对球囊菌的miRNAs及miRNAs-mRNAs调控网络进行全面分析,研究结果丰富了对球囊菌miRNAs的认识,为其基础生物学信息提供了有益补充,也为阐明球囊菌致病的分子机理打下了一定基础。 相似文献
3.
【目的】探讨灰葡萄孢菌及其抗Ab A突变体AUR1基因序列与IPC合成酶活性的关系。【方法】通过分子生物学方法测定野生型及突变体的AUR1的基因序列,高效液相荧光色谱法测定IPC合成酶活力,苯甲酰化法测定神经酰胺含量。【结果】AUR1基因序列和IPC合成酶活性测定表明4株不同的突变体均产生了对IPC合成酶抑制剂Ab A的抗性,它们的突变类型为:(1)AUR1序列中缺失内含子;(2)AUR1序列中缺失内含子和P155S氨基酸突变;(3)AUR1序列中缺失内含子和V33A的氨基酸突变;(4)AUR1序列中缺失内含子和P155S、S177P、F237L的氨基酸突变。AUR1缺失内含子和既缺失内含子又伴随P155S氨基酸突变的突变体的Ab A抗性较强。神经酰胺含量测定表明野生型IPC合成酶被抑制,导致神经酰胺积累,而突变体则能抵抗Ab A对IPC合成酶的抑制作用。【结论】AUR1基因中的内含子对IPC合成酶的调控起重要的作用。Ab A通过抑制IPC合成酶引起神经酰胺积累,IPC合成酶是鞘脂代谢的关键酶。 相似文献
4.
蔷薇属植物与现代月季品种杂交亲和性研究 总被引:3,自引:0,他引:3
为培育抗寒、抗病性强、芳香的月季品种,以单瓣黄刺玫(Rosa xanthinaf.normalis)、黄刺玫(R.xanthina)、报春刺玫(R.primula)、美蔷薇(R.bella)、腺果大叶蔷薇(R.macrophylla var.glandulifera)、荷花蔷薇(R.multifloraf.carnea)等6个蔷薇属种、变种及变型和5个玫瑰品种为父本,以11个现代月季品种和香水月季(R.odorata)为母本设计72个授粉组合进行远缘杂交,统计杂交结实率及杂交种子萌发率,并采用扫描电镜技术观察了杂交亲本的花粉与柱头形态,测定花粉萌发率。结果显示:(1)除黄刺玫外,所试其他蔷薇属植物均适合作为父本材料与现代月季品种和香水月季杂交,但不同杂交组合的结实率及出苗率差异显著。(2)花粉、柱头形态对杂交亲和性无显著影响,花粉生活力对杂交亲和性有显著影响,且与杂交结实率成正相关关系。通过试验,筛选出14个亲和性较好的杂交组合、4个适宜的母本材料(香水月季、‘橘红潮’、‘金玛丽’、‘粉和平’)和6个适宜的父本材料(单瓣黄刺玫、报春刺玫、美蔷薇、腺果大叶蔷薇、荷花蔷薇、玫瑰‘大红紫枝’)。 相似文献
5.
目的:探讨抗-HCV和HCV-RNA的联合检测在丙型肝炎确诊中的临床意义。方法:采用ELISA法检测抗-HCV及实时荧光定量PCR检测HCV-RNA。结果:在急性丙型肝炎组中抗-HCV和HCV-RNA同时阳性所占百分率(29.8%)显著低于慢性丙型肝炎患者(62.3%)(P<0.05);抗-HCV阴性和HCV-RNA阳性在急性丙型肝炎组所占百分率(58.3%)显著高于慢性丙型肝炎患者(24.6%)(P<0.05);经相关性分析,ALT含量与HCV-RNA含量呈正相关性(r=0.725,P<0.05)。结论:临床抗-HCV和HCV-RNA的联合检测有助于丙型肝炎的早期明确诊断。 相似文献
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【背景】东方蜜蜂微孢子虫(Nosema ceranae)专性侵染成年蜜蜂中肠上皮细胞而导致的微孢子虫病给养蜂业造成严重损失。【目的】检测东方蜜蜂微孢子虫nce-miR-23928及其靶基因在侵染意大利蜜蜂(Apis mellifera ligustica)工蜂过程的表达谱,为深入探究nce-miR-23928在东方蜜蜂微孢子虫侵染中的功能及调控机制提供依据。【方法】通过RNAhybrid、miRanda和TargetScan软件预测nce-miR-23928的靶基因。使用BLAST工具将上述靶基因比对到基因本体论(geneontology,GO)、京都基因和基因组百科全书(Kyoto encyclopedia of genes and genomes, KEGG)、Nr和Swiss-Prot数据库以获得相应注释。采用实时荧光定量PCR(realtimequantitativePCR,RT-qPCR)技术检测nce-miR-23928及其靶基因在东方蜜蜂微孢子虫侵染意蜂工蜂过程中的相对表达量。【结果】相较于接种后1 d (1 day post infection, 1 dpi),nce-... 相似文献
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目的 羊毛是高档纺织原料,羊毛的物理性质直接关系到羊毛品质。本研究旨在挖掘影响羊毛性状的基因,探索影响羊毛性状的复杂分子机制。方法 本研究选取萨福克羊和小尾寒羊各3只作为试验样本,取背部皮肤组织,采用转录组学(RNA-seq)和蛋白质组学测序分析造成羊毛性状差异的基因、蛋白质及相关信号通路。结果 转录组测序表明:测序完成后,共得到230 406 674个原始数据和222 049 370个干净数据,其中Q20碱基百分比为99.9%以上,Q30碱基百分比为98%以上。以差异倍数FC≥1.4或FC≤0.714且P<0.05作为标准,由此筛选出1 213个差异表达基因(DEGs),其中萨福克羊与小尾寒羊相比,上调基因有644个,下调基因有569个。GO富集发现中间丝、钙离子结合、角蛋白丝显著富集,表明其可能与羊毛性状相关。KEGG富集发现,影响羊毛性状的信号通路可能是ECM-受体相互作用。蛋白质组测序表明:以差异倍数FC≥1.4或FC≤0.714且P<0.05作为标准,由此筛选出99个差异表达蛋白(DEPs),其中萨福克羊与小尾寒羊相比,上调蛋白有47个,下调蛋白有52个。GO富集... 相似文献
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实验旨在研究β-1,3-葡聚糖的不同投喂方式对凡纳滨对虾(Litopenaeus vannamei)生长、血清代谢和抗亚硝酸氮应激能力的影响。选用480尾初体重(0.43±0.01) g的凡纳滨对虾, 随机分为4组, 即G0(全程投喂基础饲料)、G1组(全程投喂0.1%β-1,3-葡聚糖饲料)、G2组(0.1% β-1,3-葡聚糖饲料7d+基础饲料7d循环)和G3组(0.1% β-1,3-葡聚糖饲料14d+基础饲料14d循环)。在养殖84d后, 应用亚硝酸钠进行120h亚硝酸氮应激实验。结果显示, 各实验组凡纳滨对虾生长性能和全虾营养成分没有显著性差异。在养殖84d后, G2和G3组凡纳滨对虾肝胰腺脂肪酶活性显著高于G0和G1组(P<0.05), G1、G2和G3组凡纳滨对虾血清胆固醇和甘油三酯含量显著高于G0组(P<0.05), G3组凡纳滨对虾肌肉脂多糖/?-1,3-葡聚糖结合蛋白(LGBP)、酚氧化物酶原(proPO)和超氧化物歧化酶(SOD)mRNA表达显著高于G0和G1组(P<0.05)。亚硝酸氮应激120h, G1、G2和G3组凡纳滨对虾累计死亡率显著低于G0组(P<0.05), G3组凡纳滨对虾累计死亡率显著低于G0、G1和G2组(P<0.05)。在亚硝酸氮应激120h后, 与G0组相比, G1、G2和G3组凡纳滨对虾血清总蛋白含量显著升高(P<0.05), 葡萄糖含量、谷丙转氨酶和谷草转氨酶活性显著降低(P<0.05); G3组凡纳滨对虾肌肉LGBP、proPO和SOD mRNA表达显著高于G0 (P<0.05), G1组凡纳滨对虾肌肉丝氨酸蛋白酶(SP)mRNA表达显著高于G0、G2和G3组(P<0.05)。结果表明, 14d间隔投喂0.1% β-1,3-葡聚糖可能通过促进能量代谢和LGBP、proPO和SOD mRNA表达提高凡纳滨对虾抗亚硝酸氮应激能力。 相似文献
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为分析草甘膦与微塑料对西方蜜蜂Apis mellifera存活和行为的影响。本研究利用50%蔗糖溶液配置的400 mg/L草甘膦、50 mg/L微塑料以及两者混合物,分别饲喂1日龄的工蜂;每日记录西方蜜蜂的存活率,20 d后通过伸吻反应测定它们对蜜蜂嗅觉学习行为的影响。结果发现400 mg/L草甘膦处理蜜蜂20 d后,与对照组相比,蜜蜂存活率下降了22%,伸吻比率下降了30%;50 mg/L微塑料处理,与对照组相比,蜜蜂存活率下降了9%,伸吻比率下降了10%;用400 mg/L草甘膦与50 mg/L微塑料协同处理20 d后,与对照组相比,蜜蜂死亡率为50%、伸吻比率下降了45%左右。结果表明草甘膦和微塑料均会导致西方蜜蜂存活率降低,影响其糖反应行为,而两者协同处理对西方蜜蜂的影响更显著。 相似文献
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【目的】本研究旨在揭示ame-miR-14在意大利蜜蜂Apis mellifera ligustica工蜂幼虫肠道发育过程的调控作用。【方法】通过Stem-loop RT-PCR和Sanger测序分别验证ame-miR-14在意大利蜜蜂工蜂6日龄幼虫肠道中的表达和序列真实性。饲喂ame-miR-14的模拟物(mimic-ame-miR-14)和抑制物(inhibitor-ame-miR-14)及其相应的阴性对照mimic-NC和inhibitor-NC对ame-miR-14分别进行过表达和敲降,利用RT-qPCR检测意大利蜜蜂工蜂4-6日龄幼虫肠道中ame-miR-14的表达量。利用生物信息学软件预测ame-miR-14的靶基因并进行相关分析。利用RT-qPCR检测ame-miR-14的过表达和敲降后其靶基因FoxO和Hedgehog在4-6日龄幼虫肠道中的相对表达量。【结果】ame-miR-14在意大利蜜蜂工蜂6日龄幼虫肠道中真实存在和表达。相较于饲喂mimic-NC,饲喂mimic-ame-miR-14后ame-miR-14表达量在意大利蜜蜂工蜂4-6日龄幼虫肠道中均为显著上调;相... 相似文献