Pip介导铜绿假单胞菌吩嗪基因簇phz2的表达

[目的]为了确定铜绿假单胞菌调控因子Pip对两个不同吩嗪合成基因簇(phz1和phz2)的具体调控方式与可能的调控机制.[方法]根据基因比对结果,采用同源重组技术构建Pip调控因子缺失突变株PA-PG以及克隆ip基因作互补分析;再以已构建的吩嗪基因簇缺失突变株PA-Z1G和PA-Z2K为受体菌,构建突变株PA-PD-Z1G和PA-PG-Z2K,测定并比较野生株及相关突变株的吩嗪-1-羧酸和绿脓菌素的合成量,推定Pip对两个不同吩嗪合成基因簇的调控方式.[结果]在GA培养基中,突变株PA-PG的吩嗪-1-羧酸和绿脓菌素都比野生型明显减少;互补分析显示,突变株PA-PG的吩嗪-1-羧酸和绿脓菌素都显著提高并恢复到野生株PAO1水平;突变株PA-Z1G的吩嗪-1-羧酸和绿脓菌素合成量因Pip缺失而显著减少;而突变株PA-Z2K的吩嗪-1-羧酸和绿脓菌素合成量在Pip缺失后仍保持不变.[结论]初步推定,转录调控因子Pip对铜绿假单胞菌吩嗪合成代谢的确具有促进作用;Pip通过正向调控吩嗪基因簇phz2的合成功能实现对吩嗪合成代谢的调控.     

暗纹东方鲀耐寒相关基因CIRBP、HMGB1和AFP-Ⅳ的分子特征和对低温胁迫的响应

为了探索暗纹东方鲀(Takifugu obscurus)对低温环境的响应机制,克隆了暗纹东方鲀耐寒相关基因CIRBP、HMGB1和AFP-Ⅳ的cDNA序列,并进行了基因的分子特征和功能分析。组织分布检测显示CIRBP和HMGB1在下丘脑、肝脏和肌肉中具有高表达,而AFP-Ⅳ则主要在肝脏中表达。在受到低温胁迫后, 3种基因在肝脏和下丘脑中的表达呈现不同的变化趋势,其中CIRBP基因在肝脏中于48h表达量显著增加,在下丘脑中于12h和48h有上调表达; HMGB1基因在肝脏中呈现逐渐上升的趋势,于48h达到最大值,而在下丘脑中呈现先上升后下降的趋势,处理后2h达到最大, 2—8h下降,于8h下降至最低,随后恢复至初始水平;肝脏中的AFP-Ⅳ在0—24h无显著变化,在48h上升至最大值。进一步通过大肠杆菌原核表达系统研究了AFP-Ⅳ的抗冻功能,发现AFP-Ⅳ融合蛋白在–80℃下具有抗冻活性,并且抗冻活性随着浓度的增加而提高。研究结果表明3种基因都参与了暗纹东方鲀对低温胁迫的应答过程,为深入探索暗纹东方鲀的耐低温机制奠定了基础。     

荧光定量PCR与LAMP检测IHHNV的特异性和灵敏性比较

传染性皮下及造血器官坏死病毒(IHHNV)是世界各地养殖对虾的重要病毒性病原之一,给对虾养殖业造成严重经济损失.研究建立了检测IHHNV的荧光定量PCR和环介导等温核酸扩增(Loop-mediated isothermal amplification,LAMP)两种技术,并对它们的特异性和灵敏性进行了比较.结果显示,所建立的荧光定量PCR检测IHHNV的方法最低检测限度为6个DNA拷贝/反应,在待扩增DNA浓度为6.038×104-6.038×109cps/mL,范围时,模板浓度与循环阈值Ct之间的相关性良好,决定系数r2为0.99521;对5份白斑综合症病毒基因组DNA和10份健康对虾基因组DNA样品进行荧光定量PCR检测,结果都为阴性;这说明荧光定量PCR检测IHHNV方法具有灵敏度高、特异性高和精确性高等优点.同样,所建立的LAMP检测IHHNV的方法在60min反应时间内也可榆测到最低为6个拷贝的DNA模板,反应产物加入荧光染料SYBR Green Ⅰ后反应液呈现明显的亮绿色,且特异的检测IHHNV DNA模板;这说明所建立的LAMP检测IHHNV的方法具有荧光定量PCR方法相当的灵敏度、特异性和精确性.考虑到LAMP检测方法操作更为简单、方便,而且不需要昂贵的仪器,LAMP检测IHHNV的方法更适合于对虾养殖现场检测的推广使用.     

柑橘衰退病毒基因组的简单重复序列分布分析

柑橘衰退病毒（Citrus tristeza virus,CTV）属于长线性病毒科（Closteroviridae）,是目前已知植物病毒中基因组最大的病毒,其引起的柑橘衰退病对全世界的柑橘产业造成着严重影响。本文以在GenBank登录的32条全长CTV基因组序列为材料,分析简单重复序列（Simple Sequence Repeats,SSRs）在其基因组序列中的分布情况。研究结果显示,在所有的CTV基因组中均有SSRs的分布,SSRs重复次数较少,二型SSRs占主导地位,未在CTV基因组序列中发现五型和六型SSRs。在32条基因组全长序列中仅在5条序列中发现四型SSRs。这是首次以柑橘病毒为材料进行的SSRs分析研究。     

铜陵市2815例女性高危型HPV感染状况及基因型分布特征

目的了解铜陵市女性高危型人乳头瘤病毒(HPV)感染状况及基因型分布特征,为女性宫颈癌的预防和治疗提供依据。方法收集2016年8月至2018年12月在本院就诊和体检的2815例女性为研究对象,留取宫颈脱落细胞标本,用荧光PCR法对其进行HPV基因分型检测,并分析其分布特征。结果2815例标本中共检出HPV阳性714例,总感染率25.36%;感染率前3位的分别是HPV16、HPV52和HPV58型,以单一亚型感染为主。不同年龄组患者HPV感染率比较差异有统计学意义(χ^2=23.654,P<0.001)。住院、门诊和体检组女性HPV感染率分别为55.00%、26.21%和7.56%,3组间比较差异有统计学意义(χ^2=123.451,P<0.001)。结论铜陵市女性HPV感染率较高,以HPV16、HPV52和HPV58型感染为主,≥56岁人群感染率最高。     

羊山湿地发现海南植物新分布

报道了海南植物3新记录种,即水鳖科的虾子草[Nechamandra alternifolia(Roxburgh ex R.Wight)Thwaites]、玄参科的异叶石龙尾[Limnophila heterophylla(Roxburgh)Bentham]和天南星科的菖蒲(Acorus calamus Linnaeus)。3种植物生于未污染的海口羊山湿地中,对生境要求高,其中虾子草和异叶石龙尾分布稀少。因此,可以说明羊山湿地是一块重要的物种分布区域。     

基于超效率DEA的呼伦贝尔地区草牧业生态效率评价及影响因素分析

选取内蒙古呼伦贝尔市作为研究区域,采用超效率DEA模型及Malmquist指数考查该地区草牧业生态效率的时空变化并对影响因素进行分析。结果表明:呼伦贝尔各旗县生态效率在2001年均处于较低水平; 2001—2015年间,整体呈上升趋势,但并无某一旗县具备明显优势,2015年,牙克石市(1.59)、海拉尔区(0.96)、莫力达瓦达斡尔族自治旗(0.90)生态效率较高,陈巴尔虎旗(0.57)、新巴尔虎右旗(0.67)生态效率较低,莫力达瓦达斡尔族自治旗上升幅度较大,由0.09上升至0.90; Malmquist指数及其分解结果显示,技术进步是提高生态效率的主要驱动因素,也是目前制约当地草牧业发展的重要原因; Tobit模型结果显示,气候变化、要素投入以及政策实施均会对当地生态效率产生较大影响。因此,一方面要加强科技投入,提升产业科技化水平,另一方面,要加大草原地区生态保护力度,划定生态保护红线,完善草原补偿制度,同时兼顾草地生产功能,实现草原地区可持续发展。     

江苏水产养殖区拟态弧菌种群结构及遗传多样性

【背景】拟态弧菌(Vibrio mimicus)是一种常见的革兰氏阴性病原菌,广泛分布于水环境和水生动物体内,可导致多种水产动物和人类感染。多位点序列分型(multilocus sequence typing, MLST)已被应用于多种病原菌的分子分型,其通过分析不同菌株之间的遗传关系,监测细菌传播的时间和地理分布,确定感染和传播途径,但目前未见有关拟态弧菌MLST的报道。【目的】开发一种基于MLST的拟态弧菌分型方法,并用于江苏水产养殖区拟态弧菌的种群结构和遗传进化分析,为拟态弧菌感染所引起的疾病防治提供理论基础。【方法】选择拟态弧菌的7个管家基因dnaE、gyrB、mdh、recA、rpoD、pntA和pyrH作为靶点,对江苏水产养殖区分离的155株拟态弧菌进行PCR扩增和测序。将测序结果分配等位基因,制作等位基因谱,分配不同的序列类型(sequence type, ST),利用软件goeBURST-1.2.1和MEGA-X对分配的ST型进行克隆复合体和遗传进化树聚类分析;此外,利用Kirby-Bauer圆盘扩散法测试155株拟态弧菌的药敏特性。【结果】155株拟态弧菌被分为56个STs,其中ST11占比最高;在双位点变异(double locus variants, DLV)水平分析发现56个STs分为3个克隆复合体和3个单体;系统发育树显示,56个STs被分为3个集群(cluster I、cluster II、cluster III)。药敏结果显示,155株拟态弧菌对红霉素类抗生素的耐药性最高(88.39%, 137/155),对氯霉素类抗生素敏感性最高(91.61%, 142/155)。【结论】本研究建立的MLST方法具有良好的分辨率,可作为拟态弧菌系统发育和未来流行病学调查有用的分子分型工具。根据抗生素耐药谱结果,提示在养殖过程中可选用氟苯尼考等国家批准使用的专用抗菌药对拟态弧菌进行防治。     

中国淋巴囊肿病毒胸苷酸合酶基因结构特点及分析

胸苷酸合酶(Thymidylate synthase,TS)是进行DNA合成所必需的酶类,与细胞分化及肿瘤发生密切相关.淋巴囊肿病毒属于虹彩病毒科成员,是能引起百余种淡、海水鱼感染,并产生肿瘤的病毒病原.在己完成中国淋巴囊肿病毒株(Lymphocystis disease virus-China,LCDV-C)基因组序列测定的基础上,本文对位于LCDV-C基因组开放阅读框ORF 011L的TS基因结构、及其推定蛋白结构进行了分析.该基因全长858bp,GC含量为28.2%,编码一个长为286aa、分子量为32.7kD、等电点为7.1的推定蛋白,称之为中国淋巴囊肿病毒胸苷酸合酶(LCDV-CTS).该酶所具有的叶酸结合区在第44和70位氨基酸之间,dUMP结合区在第163和206位氨基酸之间,24个必需氨基酸具有高度保守性.二级结构预测结果显示LCDV-C TS含8个α螺旋,6个β折叠和23个环,表明其具备酶活性分子所有的柔性和可变性结构特征.这是迄今所知在脊椎动物虹彩病毒中唯一含两个完整结合区的TS.对来自包括LCDV在内二十个物种的TS结构进行同源性分析,显示LCDV-CTS被单独分为一枝.进一步对LCDV-C TS可能的起源途径及与宿主的作用等进行了探讨.     

中国淋巴囊肿病毒胸苷酸合酶基因结构特点及分析

胸苷酸合酶(Thymidylate synthase,TS)是进行DNA合成所必需的酶类,与细胞分化及肿瘤发生密切相关。淋巴囊肿病毒属于虹彩病毒科成员,是能引起百余种淡、海水鱼感染,并产生肿瘤的病毒病原。在已完成中国淋巴囊肿病毒株(Lymphocystis disease virus-China,LCDV-C)基因组序列测定的基础上,本文对位于LCDV-C基因组开放阅读框ORF011L的TS基因结构、及其推定蛋白结构进行了分析。该基因全长858bp,GC含量为28．2％,编码一个长为286aa、分子量为32．7kD、等电点为7．1的推定蛋白,称之为中国淋巴囊肿病毒胸苷酸合酶(LCDV-CTS)。该酶所具有的叶酸结合区在第44和70位氨基酸之间,dUMP结合区在第163和206位氨基酸之间,24个必需氨基酸具有高度保守性。二级结构预测结果显示LCDV-C TS含8个a螺旋,6个β折叠和23个环,表明其具备酶活性分子所有的柔性和可变性结构特征。这是迄今所知在脊椎动物虹彩病毒中唯一含两个完整结合区的TS。对来自包括LCDV在内二十个物种的TS结构进行同源性分析,显示LCDV-C TS被单独分为一枝。进一步对LCDV-C TS可能的起源途径及与宿主的作用等进行了探讨。