序列比对程序Blat在转录组数据分析中的应用

随着功能基因组学研究领域的快速发展,人们已经开始系统地研究全基因组的转录以及全部基因发挥功能的动态机制。为实现此目标,需要从海量的转录组数据中提炼出能够揭示基因功能以及表达调控的重要信息。采用高性能的序列比对程序以满足规模化的比对需求是其中的瓶颈环节。通过综合比较目前流行的各种序列比对软件的性能,并针对不同的转录组数据分析任务对Blat进行详细的应用分析,结果发现,Blat能够解决转录组数据分析过程中的序列比对这一瓶颈,可广泛应用于功能基因组相关的数据分析任务。     

构建基于EBI数据库的本地SRS服务系统

为了建立基于EBI数据库的本地SRS服务系统,进而为生物医学研究人员提供方便、快速搜索EBI常用生物数据库的web服务,同时提供一套技术机制为其他生物医学研究机构建设自己的SRS服务系统提供参考。在Linux系统和Tomcat环境下安装调试EBI提供的SRS8.1学术版软件,并利用perl和shell程序设计语言开发EBI数据库的自动下载和定期更新模块。完成了本地SRS系统的安装和测试,实现了EBI数据库的自动下载和更新机制,目前系统已经正常运行。     

两近缘种烟草上棉铃虫种群适合度的比较研究

分别在室内和自然条件下,比较研究了普通烟草和黄花烟草两种不同寄主植物上棉铃虫生长发育、食物转化和利用及种群增长情况。结果表明： (1) 室内26±1℃、75%±5% RH和16L∶8D光周期条件下,与普通烟草相比,黄花烟草上幼虫的发育历期显著延长,1龄和2龄幼虫的存活率及雌蛾产卵量显著下降,种群净增殖率（R₀=30.5374）和内禀增长率（r_m=0.0951）减小;(2) 6龄幼虫对两种烟草的近似消化率及其相对生长率无显著差异,但对黄花烟草的利用率和转化率显著下降,相对取食量显著提高;(3) 第2代棉铃虫在普通烟田的种群增长（I=1.9922>1）比黄花烟田（I=1.1581>1）快,“烟草和其他”对种群起主要控制作用,特别是对低龄幼虫;第3代棉铃虫在普通烟田的种群增长有所减慢但仍呈上升趋势（I=1.5994>1）,而在黄花烟田则呈下降趋势（I=0.6434<1）,低龄幼虫受烟草抗性和雨水等的影响较大,高龄幼虫被病菌感染的数量增多。这些结果表明,与普通烟草相比,黄花烟草不适合棉铃虫种群的增长和繁殖。     

云南亚热带南部表土孢粉组合与植被间的定量关系

以云南亚热带南部沿温度带分布的35个表土孢粉样品和7个植被样方调查为基础,计算了代表性孢粉类型的百分比和孢粉浓度,及常见孢粉的R值,并分析了影响R值的因素;同时,研究了植物群落和样方内孢粉组合的相似度。结果表明,云南亚热带南部表土样品孢粉产量丰富,蕨类植物孢子产量较高,具有典型的亚热带特征,且山地垂直分异显著;木本、草本植物花粉基本代表了区域内乔木和草本植物特征,蕨类植物孢子则具有超代表性;表土孢粉组合与植物群落间的相似系数绝大部分都在70％以上,表土孢粉组合基本上可以反映植物群落面貌;表明云南亚热带地区表土孢粉与现代植被之间具有较好的对应关系,这对在该区利用化石孢粉资料定量恢复古植被和重建古气候有重要意义。     

显微手术在矢状窦镰旁脑膜瘤中的治疗效果分析

目的:研究显微手术在矢状窦镰旁脑膜瘤中的治疗效果。方法:选取2014年7月至2015年6月本院收治的150例矢状窦镰旁脑膜瘤患者,根据投硬币法分为观察组和对照组,每组75例。观察组采取显微手术进行治疗,对照组采用常规开颅手术方式进行治疗,比较两组患者的手术指标、手术切除率、临床疗效及并发症的发生率。结果:观察组的术中输血量、出血量均显著少于对照组(P0.05),两组患者手术时间、手术切除程度、改善率、致残率及死亡率比较差异均无统计学意义(P0.05)。观察组总的并发症发生率显著低于对照组(P0.05)。结论:经显微手术治疗矢状窦镰旁脑膜瘤患者术中输血量和出血量较少,手术效果良好,安全性高。     

人源microRNA前体的全基因组预测

microRNA（miRNA）是一类不编码蛋白的调控小分子RNA,在真核生物中发挥着广泛而重要的调控功能.由于miRNA的表达具有时空特异性,因而通过计算方法预测miRNA而后有针对性的实验验证是miRNA发现的一条重要途径.降低假阳性率是miRNA预测方法面临的重要挑战.本研究采用集成学习方法构建预测miRNA前体的分类器SVMbagging,对训练集、测试集和独立测试集的结果表明,本研究的方法性能稳健、假阳性率低,具有很好的泛化能力,尤其是当阈值取0.9时,特异性高达99.90%,敏感性在26%以上,适合于全基因组预测.采用SVMbagging在人全基因组中预测miRNA前体,当取阈值0.9时,得到14933个可能的miRNA前体.通过与高通量小RNA测序数据的比较,发现其中4481个miRNA前体具有完全匹配的小RNA序列,与理论估计的真阳性数值非常接近.最后,对32个可能的miRNA进行实验验证,确定其中2条为真实的miRNA.     

区域资源环境承载力科学概念及其生态学基础的讨论

资源环境承载力是生态学领域的一个重要概念,其理论和实践研究已成为衡量区域可持续发展的重要依据.但是有关生态学基础与资源环境承载力的科学联系仍未明确,其中有哪些生态学理论对资源环境承载力的发展起到了支撑作用还没被厘清,这使得资源环境承载力的科学概念十分模糊.本文在讨论资源环境、生态系统承载力科学概念及其发展的基础上,系统...     

成人肠套叠的CT影像特征及其临床应用价值

目的：探讨成人肠套叠的CT影像特征及其临床应用价值。方法：回顾性分析经手术证实的42例成人肠套叠患者的CT和临床资料。结果：42例成人肠套叠CT均见肿块样改变,其中＂靶征＂27例（64%）例,＂肾形征＂18例（43%）,＂彗星尾征＂15例（36%）,＂腊肠征＂11例（26%）,＂双肠管征＂8例（19%）,＂胎儿征＂3例（7%）,近端肠管扩张30例（71%）,肠梗阻15例（36%）,肠壁增厚12例（29%）。42例肠套叠均为继发性,共42处原发病变,其中脂肪瘤、息肉各8例（19%）,腺癌6例（15%）,恶性淋巴瘤、梅克尔憩室各3例（7%）,间质瘤、血管瘤、神经纤维瘤、盲肠游离症、术后粘连各2例（5%）,粘液腺癌、恶性间皮瘤、错构瘤、胰腺导管异位各1例（2%）。套叠部位：小肠型肠套叠17例（41%）,回盲部型10例（24%）,回-结肠型9例（21%）,结肠型6例（14%）。结论：成人肠套叠的CT表现具有特征性,对其诊断、原发病的确定和手术治疗均具有重要的参考价值。     

生态承载力研究进展

基于生态承载力的概念发展,介绍了常用的生态承载力研究方法,包括生态足迹法、人类净初级生产力占用法、状态空间法、综合评价法、系统模型法和生态系统服务消耗评价法,并客观评述了这些方法的优缺点,指出了目前生态承载力研究中存在的薄弱环节。未来生态承载力研究需要完善理论体系,深入研究承载力过程机理与承载机制,将生态系统服务的空间流动因素纳入评估体系,构建完善的评价指标体系,加强生态承载力时空动态评估。最终将生态承载力作为解决生态脆弱区资源环境问题的抓手,建立区域资源环境监测预警机制,并落实到主体功能规划和生态安全建设上,为生态文明建设提供有力的科学依据。     

青藏高原生态气候因子的空间格局

基于1966—2005年间青藏高原及其周边113个气象站的观测资料,对研究区最热月均温、最冷月均温、≥10 ℃日数、潜在蒸散、年降水量和干燥度指数的空间格局进行了分析.结果表明：青藏高原最热月均温在7 ℃～20 ℃,由东部周边地区向中部呈逐渐减小趋势;最冷月均温在-18.4 ℃～8 ℃,由南向北逐渐减小;青藏高原≥10 ℃日数由东部周边向中部地区逐渐减小,研究区东南部的≥10 ℃日数最大（150 d以上）,中部地区最少（<50 d）;研究区年均降水量由东南部向西北地区呈减少趋势;青藏高原的潜在蒸散（由Thornthwaite模型计算）由东南向西北逐渐减小,大部分地区在330～750 mm;青藏高原干旱地区所占比例较大,主要位于研究区西北部,湿润地区面积小,主要位于东部和东南部.青藏高原的植被分布与其生态气候限制因子有较好的一致性,生态气候因子可较好地刻画植被分布状况.