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1.
为寻找视网膜色素变性的致病基因,从120个家系收集视网膜色素变性先证者,制备基因组DNA。应用PCR―异源双链-SSCP法,分析GUCA1B基因4个外显子、GNGT1基因编码区和RGS9基因视网膜特异性转录区,寻找基因变异。序列分析确定突变。结果表明,31人的GUCA1B基因外显子1存在T/C多态。所有先证者中均未检测到GUCA1B、GNGT1和RGS9基因突变。认为本组病例未发现GUCA1B、GNGT1和RGS9基因的突变。 Abstract:To screen possible disease-causing mutations in the GUCA1B gene,GNGT1 gene,and the alternative-splicing region of RGS9 gene in 120 probands with retinitis pigmentosa,genomic DNA was collected from 120 probands with retinitis pigmentosa out of 120 families.The coding sequences of the GUCA1B and GNGT1 genes and the alternative splicing region of the RGS9 gene were analyzed by using PCR-heteroduplex-SSCP method.Mutation was confirmed by DNA sequencing.A T/C polymorphism was identified in exon 1 of the GUCA1B gene in 31 of the 120 probands.Heteroduplex-SSCP analysis of the GUCA1B and GNGT1 coding regions and RGS9 alternative splicing region showed no mutations in 120 patients with retinitis pigmentosa.We found no evidence that mutation in GUCA1B,GNGT1,or RGS9 gene is a cause of retinitis pigmentosa.  相似文献   
2.
bZIP蛋白是植物转录因子中最大和最保守的一类转录因子,参与调控植物生长发育等多种生命活动。谷子(Setaria italica)是一种重要的C4杂粮作物,其b ZIP基因家族与功能报道较少。利用生物信息学工具,从谷子全基因组中鉴定出73个Sib ZIP转录因子,划分为A、B、C、D、E、G、H、I和X等亚家族。与已测序的禾谷类作物相比,谷子Sib ZIP基因家族在进化中发生缩减。在谷子Sib ZIP蛋白中检测到25种不同的保守氨基酸基序。RNA-seq和定量PCR检测结果表明,在干旱和盐胁迫条件下,多数Sib ZIPs基因不同程度地被诱导表达,预示着部分Sib ZIP成员在谷子干旱和盐胁迫响应中起重要作用。共表达关联性分析进一步揭示19个谷子Sib ZIP转录因子可通过与蛋白激酶或NPR1相关调节蛋白等互作介导谷子胁迫响应。研究结果为全面解析谷子Sib ZIPs基因结构与生物学功能、抗旱分子机制以及分子育种提供了新信息。  相似文献   
3.
干旱胁迫对蒙古黄芪生长及根部次生代谢物含量的影响   总被引:3,自引:0,他引:3  
梁建萍  贾小云  刘亚令  吴云  周然  冯前进 《生态学报》2016,36(14):4415-4422
以山西道地药材黄芪一年生幼苗为试验材料,设置常规水分条件(CK)、轻度干旱胁迫(A1)、中度干旱胁迫(A2)、重度干旱胁迫(A3)4个不同处理,研究土壤干旱胁迫对黄芪生长及生理的影响。结果表明:黄芪茎叶快速生长集中在出苗后80—120d,以后生长减缓;当茎叶枯萎时,根中生物量短期快速积累。与常规水分条件相比,干旱胁迫处理显著降低了黄芪苗高及茎叶生物量,但对抗氧化能力、根系生长及次生代谢物积累产生了不同的影响。轻度干旱胁迫下SOD、POD、CAT 3种抗氧化酶活性升高,丙二醛(MDA)含量和细胞膜透性降低,同时根长与根生物量增加、多糖与皂苷两种次生代谢物积累增多,黄芪药材的质量得到显著提高(P0.05);胁迫上升到中度、重度时,SOD酶活性逐渐降低,重度胁迫下低于对照,而POD及CAT酶活性、MDA含量、细胞膜透性均随胁迫增强而升高,相反,根长、根生物量、多糖与皂苷含量降低,导致黄芪药材的质量显著降低(P0.01)。综上表明,干旱胁迫下,SOD酶表现较为敏感,可能在清除活性氧中起主要作用;轻度水分胁迫能有效启动黄芪体内抗氧化酶系统和次生代谢,它们相互协作共同对抗胁迫对细胞产生的伤害,通过降低地上部分的生长,将营养物质优先运往根部,促进根产量及药材质量的提高。这一结论,可在黄芪多糖和皂苷次生代谢物定向培育的水分管理中加以利用。  相似文献   
4.
根系是植物吸收水分与养分的重要器官,挖掘利用小麦根系相关调控基因对于粮食生产具有重要意义。b HLH(basic Helix-Loop-Helix)是植物中广泛存在的一类转录因子,参与调节植物的生长发育。本研究克隆了小麦基因Tab HLH123-6A,其开放阅读框1386 bp,编码461个氨基酸,含有保守的HLH结构域,具有典型的b HLH家族成员特性。对其互作蛋白预测分析发现,Tab HLH123-6A与HLH家族的其他蛋白以及锌指蛋白存在相互作用。组织表达模式分析表明,Tab HLH123-6A在小麦不同生育时期的各个组织中均有表达,在根和根基中表达量较高。启动子序列分析显示Tab HLH123-6A启动子区含有多种顺式作用元件,包括生长素、脱落酸和茉莉酸甲酯等激素应答元件。q RT-PCR检测结果表明在生长素、脱落酸和茉莉酸甲酯的处理下Tab HLH123-6A表达均上调,但是在PEG模拟的干旱处理下其表达受到抑制。利用小麦多态性群体材料检测到Tab HLH123-6A基因25 bp处有1个核苷酸变异位点(C/T),表示为Tab HLH123,根据该位点开发了功能标记d CAPS-Kpn I。关联分析发现Tab HLH123与小麦深根比显著相关,且等位变异类型为Tab HLH123的小麦深根比高于Tab HLH12325-T,Tab HLH123在小麦育种历史中受到了正向选择。本研究结果为小麦根系构型改良提供了理论依据和基因资源。  相似文献   
5.
为了检测peripherin基因(PRPH)的突变与高度近视的病因有无相关关系,采用PCR-SSCP检测180例中国人高度近视先证者及60例正常人中PRPH基因所有外显子有无突变;对有突变的外显子区域进行克隆测序。结果表明,分析180例高度近视先证者PRPH基因编码区9个外显子及其邻近内含子,分别发现有下列核苷酸改变:密码子21TTC→TTT(Phe21Phe、4/180),nt2138C→G(IVS3、1/180),密码子277GCC→ACC(Ala277Thr、8/180),密码子237CCA→TCA(Arg237stop、1/180),密码子292GCG→GCA(Ala292Ala,1/180),密码子361CUG→CUC(Leu361Leu,12/180),密码子369AAA→AAG(Lys369Lys,12/180),nt3331G→C(IVS7、3/180),其中GCC277ACC为错义突变(Ala277Thr);CCA237TCA为无义突变(Arg237stop);密码子361CUG→CUC,密码子369AAA→AAG属于同义突变并且相连锁。Ala277Thr突变尚存在于正常人群中(1/60),亦存在于患者正常亲属中;Arg237stop仅见于一个常染色体隐性遗传家系的患者中,为杂合性突变。分析180例高度近视先证者PRPH基因,未发现致病突变,可排除PRPH基因与高度近视病因的相关性。在中国人群中PRPH基因有多种变异。 Variation of the Peripherin Gene in Chinese with or Without High Myopia LI Jiang1,ZHANG Qing-jiong1,FU Rong2,XIAO Xue-shan1,LI Jia-zhang3,ZHANG Feng-sheng4, LI Shi-qiang1,LI Wei5,LI Tuo3,JIA Xiao-yun1,GUO Li1,GUO Xiang-ming 1.Zhongshan Ophthalmic Center,Sun Yat-sen University,Guangzhou 510060,China; 2.Shenzhen Municipal People's Hospital,Shenzhen 518000,China; 3.Department of Opthalmolgy,The people's Hospital of Enshi Autonomous Prefecture,Enshi 445000,Hubei,China; 4.Chaoju Eye Hospital,Baotou,Inner Mongolia 014000,China; 5.Shenzhen 2nd People's Hopital,Shenzhen 518000,China Abstract:To analyze the relationship of the peripherin gene(PRPH,OMIM17071) mutations with high myopia,genomic DNA was collected from 180 probands with high myopia (≤-6.0 dipoters) and 60 unrelated persons without high myopia.The coding sequences of PRPH gene in 240 subjects were analyzed using exon-by-exon PCR-heteroduplex-SSCP analysis and sequencing.Variations at codon21TTC→TTT(Phe21Phe、4/180),nt2138C→G(IVS3、1/180),codon277 GCC→ACC(Ala277Thr、8/180),codon237 CCA→TCA (Arg237stop、1/180),codon292CCG→CCA (Ala292Ala,1/180),codon361CUG→CUC(Leu361Leu,12/180),codon369 AAA→AAG(Lys369Lys,12/180),nt3331G→C(IVS7、3/180)were detected in a number of probands as indicated in the blanket.Of the 8 variations one( codon 277,G→A,Ala277Thr) is a missense mutation identified in 8 of the 180patients and one of 60 controls;The mutation of codon361 and codon 369were synonymous one and linkage each other;Another one(codon237,CCA→TCA,Arg237stop) is a heterozygous nonsense mutation identified in one patient with autosomal recessive inheritance mode population but not in the 60 normal controls.The others were synonymous mutations.Eight nucleotide variations were found in the PRPH gene.We found no evidence that mutations in the PRPH gene are responsible for the high myopia in Chinese. Key words:high myopia; peripherin gene; PCR-SSCP  相似文献   
6.
以烟草Nicotiana tabacum L.为宿主植物,分别在细胞质内质网和质体内定位表达酿酒酵母Saccharom,ees cerevisiae脂酰-CoA-△9脱氢酶(Sc△9D),以期提高植物组织中棕榈油酸(16∶1△9)的积累量和分析该酶不同亚细胞定位表达对油脂代谢的影响.与野生型和空载体(对照)植物相比,转基因烟草植株叶片中单不饱和的棕榈油酸及顺式十八碳烯酸(18∶1△11)含量明显提高,而饱和的棕榈酸(16∶0)含量相应减少,多不饱和的亚油酸(18∶2△9,12)和亚麻酸(18∶3△9,12,15)含量亦降低.Sc△9D质体定位表达烟叶中棕榈油酸及顺式十八碳烯酸含量分别是Sc△9D细胞质内质网定位表达烟叶的2.7和1.9倍.这表明酵母脂酰-△9脱氢酶能在高等植物细胞中正确催化棕榈酸(16∶0)转化为棕榈油酸(16∶1△9),而且在质体内表达的效应显著高于在细胞质内质网上的效应.新建立了一种应用脂酰-CoA-△9脱氢酶代谢工程培育植物组织高水平合成积累棕榈油酸等ω-7脂肪酸的策略,有助于在生物量大的烟叶等营养器官中组装ω-7脂肪酸合成途径以生产优质生物燃油.  相似文献   
7.
ZFP161基因与中国高度近视人群的相关性研究   总被引:1,自引:1,他引:0  
为了探讨ZFP161基因与高度近视的相关性,从而寻找高度近视的致病基因,以来自不同地区和家系的中国单纯性高度近视先证者204例和排除高度近视及相关疾病的正常人116例为材料,采用PCR-SSCP法检测病例组及正常人群外周血白细胞基因组DNA中ZFP161基因2个外显子是否存在基因突变,对存在突变的外显子区域经克隆测序后确定变异性质,结合对照组及家系分析确定ZFP161基因突变与高度近视的相关性。结果表明:1.ZFP161基因内含子1第58号碱基前存在AT序列插入突变,即IVS1 58~59突变(1/204),该突变仅存在于高度近视先证者中;2.ZFP161基因外显子2的第168号碱基由C颠换为A,即Ala56Ala突变(Codon56 GCC→GCA, Ala56Ala)(5/204),该突变存在于正常人群中(3/116),亦存在于患者的正常亲属中;结合正常对照和家系分析,初步排除ZFP161基因与中国单纯性高度近视之间的相关性。Abstract: To investigate the association between variations of ZFP161 gene and high myopia, A total of 204 probands with simple high myopia(≤-6.0 dipoters) were collected while 116 normal persons from different families without high myopia or related disease were used as controls. Genomic DNA was prepared from the peripheral leucocytes. The coding sequences of ZFP161 gene in 320 subjects were analyzed by using exon-by-exon PCR-heteroduplex-SSCP analysis. Identification of the Variations by cloning and sequencing, combinated with controls and family analysis, was used to disclose the correlation between ZFP161 gene and high myopia. A mutation of ZFP161 gene was identified as an insertion of AT before the 58th nucleotide of intron 1 (IVS1 58-59)(1/204) and a variation of ZFP161 gene was identified as a heterozygous C to A of the 168th nucleotide in exon 2 (Codon56, GCC→GCA, Ala56Ala). Ala56Ala is a non-sense mutation identified in 5 of the 204 patients and 3 of 116 controls. No evidence shows that these variations are responsible for high myopia.  相似文献   
8.
加权基因共表达网络分析(weighted gene co-expression network analysis, WGCNA)可通过聚类鉴定共表达的基因模块来研究生物学数据与相应性状之间的关系。甘薯[Ipomoea batatas (L.)Lam.]是世界上营养丰富的块根作物之一,紫薯是甘薯的一种特殊品种,因含有大量的花青素而具有较高的营养价值。因此,培育花青素含量高的优质紫薯一直以来都是甘薯育种家所追求的目标。利用传统的育种方法已经培育了一些紫薯品种,但其周期长、工作量大、见效慢,所以急需通过分子设计育种手段来培育高产优质的紫薯新品种。花青素合成相关关键基因的挖掘对紫薯的分子育种具有重要意义。为了挖掘甘薯花青素合成相关基因,以紫薯品种‘徐紫薯3号'和白薯品种‘徐薯18号'的块根为材料进行了转录组测序(RNA-seq),并结合公共数据库中已公布的甘薯基因组信息以及43份紫薯和45份非紫薯块根的RNA-seq数据,通过分析在不同样本间表达量差异大的前50%的基因中选择了26 760个基因进行WGCNA分析。结果表明,利用WGCNA鉴定出28个共表达模块,其中4个为紫薯特异性模块(Grey60模块和Black模块与紫薯显著正相关,Brown模块和Blue模块与紫薯显著负相关)。利用GO功能富集分析发现紫薯特异性模块Grey60可以显著富集到类黄酮和花青素代谢过程。通过计算模块内基因的连通性,分析挖掘到Grey60模块中有47个核心基因,其中包括已报道的8个花青素合成相关基因MYB113CHS、3个CHIF3HGSTLDOX。利用qRT-PCR验证了其中7个核心基因的表达模式。通过构建核心基因的互作网络发现:MYB不仅与已知的花青素合成相关基因bHLHCHIGSTF3'HCHS等存在互作,同时也与DUF914ABCC4等转运蛋白基因互作;WRKY3与多个核心基因存在互作,如LDOXGSTCHS等。为高花青素含量紫薯新品种的培育和紫薯花青素生物合成机制的解析提供了理论基础和新思路。  相似文献   
9.
以烟草Nicotiana tabacum L.为宿主植物,分别在细胞质内质网和质体内定位表达酿酒酵母Saccharomyees cerevisiae脂酰-CoA-Δ9脱氢酶(ScΔ9D),以期提高植物组织中棕榈油酸(16∶1Δ9)的积累量和分析该酶不同亚细胞定位表达对油脂代谢的影响。与野生型和空载体(对照)植物相比,转基因烟草植株叶片中单不饱和的棕榈油酸及顺式十八碳烯酸(18∶1Δ11)含量明显提高,而饱和的棕榈酸(16∶0)含量相应减少,多不饱和的亚油酸(18∶2Δ9,12)和亚麻酸(18∶3Δ9,12,15)含量亦降低。ScΔ9D质体定位表达烟叶中棕榈油酸及顺式十八碳烯酸含量分别是ScΔ9D细胞质内质网定位表达烟叶的2.7和1.9倍。这表明酵母脂酰-Δ9脱氢酶能在高等植物细胞中正确催化棕榈酸(16∶0)转化为棕榈油酸(16∶1Δ9),而且在质体内表达的效应显著高于在细胞质内质网上的效应。新建立了一种应用脂酰-CoA-Δ9脱氢酶代谢工程培育植物组织高水平合成积累棕榈油酸等ω-7脂肪酸的策略,有助于在生物量大的烟叶等营养器官中组装ω-7脂肪酸合成途径以生产优质生物燃油。  相似文献   
10.
ω-7脂肪酸(C16:1△9,C18:1△11,C20:1△13),特别是棕榈油酸(C16:1△9)具有重要的工业、营养和医药价值。这些珍稀脂肪酸大多在一些野生植物的种子中合成,不能商业化生产。对普通油料作物的油脂代谢途径进行遗传修饰,使其种子大量合成并积累ω-7脂肪酸,已成为生物技术和可再生资源研究的一个热点领域。基因操作的主要靶标包括:不同来源的△9脱氢酶的应用、提高底物(C16:0)的浓度、共表达质体型和内质网型?9脱氢酶以及代谢物流的优化等。该文在解析ω-7脂肪酸生物合成途径及其调控网络的基础上,重点论述了ω-7脂肪酸代谢工程的技术策略、研究进展和存在的问题,并进一步讨论了油脂物组学和转基因组学等组学技术在鉴定参与ω-7脂肪酸生物合成途径及其调控的特异基因和优化油脂代谢工程设计上的应用前景。  相似文献   
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