基于显微图像的牛蛙肠系膜微循环观察

在动物活体上进行微循环观察是微循环研究的主要手段,肠系膜是脏器微循环的良好观察部位。通过医学图像分析系统可直接观察、录像、测量并记录正常状态下牛蛙肠系膜微血管的口径及开放数量、血流流态与流速、血流量等指标,并可观察滴加药物后上述指标发生的变化,探讨微循环的功能状态及药物等因素对微循环的影响。     

面海望丝路

海子写过《面朝大海春暖花开》的诗，诗人真的是浪漫极了！可我来到海边时，喜欢远望那水天相接处，有时海平线上会出现隐约可见的桅尖或是帆影，便不由得发思古之幽情：那船从哪里驰来？是否来自海上的丝绸之路？时常还会出现“舶交海中，不知其数”的幻觉。     

严重急性呼吸综合征冠状病毒2膜蛋白对宿主细胞pre-mRNA 3"UTR加工的影响

目的 研究严重急性呼吸综合征冠状病毒2（SARS-CoV-2）膜蛋白对宿主细胞mRNA前体（pre-mRNA）3"非翻译区（UTR）加工的影响。方法 本研究以人肺上皮细胞系A549为模型，利用瞬时转染在细胞内过表达SARS-CoV-2膜蛋白；利用RNA-Seq测序技术及生物信息学分析方法，系统性描绘宿主细胞选择性多聚腺苷酸化（alternative polyadenylation，APA）事件；Metascape数据库对发生显著APA变化的基因进行功能富集分析；RT-qPCR验证靶基因3"UTR长度变化；蛋白质免疫印迹（Western blot）检测目的蛋白表达水平。结果 SARS-CoV-2膜蛋白外源表达后宿主细胞内共813个基因发生显著APA变化。GO和KEGG分析显示，差异APA基因广泛参与有丝分裂细胞周期、调节细胞应激等生物过程，涉及病毒感染和蛋白质加工等。从中进一步筛选出AKT1基因，在IGV软件中显示3"UTR延长；RT-qPCR验证AKT1基因的3"UTR长度变化趋势；Western blot结果显示AKT1蛋白磷酸化水平增加。结论 SARS-CoV-2膜蛋白潜在影响宿主pre-mRNA的3"UTR加工，其中参与多种病毒性生物过程的AKT1基因 3"UTR延长，且其编码的蛋白质功能在细胞内被激活。     

植物残茬对土壤酸度的影响及其作用机理

土壤强酸性是作物生长的最主要限制因子之一,某些植物残茬可以有效地提高土壤pH,降低活性铝含量,提高作物产量。植物残茬改良土壤酸度的效能因种而异,最高土壤pH升幅可达4.53个单位,多种豆科植物材料可使土壤pH提高2个单位以上,当pH>5时,土壤溶液活性铝降至极低水平,从而消除铝害。植物残茬改良土壤酸度的效能受植物残茬自身特性与土壤特性的影响,而且pH的上升通常在几个月后消失,但这种效能对当季作物有效。植物体内有机酸根的去羧化作用被认为是pH上升的主要机理之一,去羧化机理存在的主要证据是,随着土壤pH升高,植物材料内的可溶性有机成分下降,CO2排放与pH上升高度相关,以及杀菌条件下土壤pH上升速度显著减慢。超量碱机理是植物残茬导致pH上升的又一可能的重要机理,亦即有机盐的作用,有机盐分解转化为碳酸盐,其作用与石灰完全相似,有机盐水解也可导致土壤溶液的碱性反应。铵化作用与硝化作用是高氮植物材料影响土壤酸度的重要机理,有机氮的铵化直接消耗质子,铵的硝化则产生质子,pH的变化与这些氮过程高度相关。含硫植物材料及有机物质分解过程产生的氧化还原条件的变化,也可对土壤pH产生影响,但它们的作用较小。综合来看,去羧化作用机理基于间接证据,没有得到严格验证,超量碱机理可能是土壤pH上升的主要原因,超量碱只能转移,不能制造,含超量碱高的外源性有机材料施入耕地,将是改良土壤酸度,提高作物产量的一种有效途径。     

基于支持向量机的枯草杆菌启动子预测方法

启动子预测是研究基因转录调控的重要环节,但现有算法的预测正确率偏低．在深入分析启动子生物特征的基础上,提出了一种基于支持向量机的枯草杆菌启动子预测算法,在启动子序列的组成特征、信号特征和结构特征中选取9种典型特征作为预测的依据,对于信号特征,除了利用保守模式的一致序列,还考虑了间隔距离的分布信息．首先通过特征描述模型分别计算每种特征在启动子序列和非启动子序列中的得分,将特征得分组合成9维特征向量,再利用支持向量机在特征向量集上进行训练和判别．对实际数据集进行的刀切法测试验证了算法的有效性．对σ启动予的预测,平均正确率达到了90．7％;对几种其它σ因子启动子的预测,平均正确率也超过了80％．算法不但有广泛的适用性,还有良好的可扩展性,能够方便的容纳新特征,使识别性能不断提高．     

猪卵巢体外保存温度对卵母细胞染色质构型和成熟能力的影响

Most porcine oocytes used in studies on embryo biotechnology and the in vitro production of embryos are currently obtained from the ovaries of slaughtered gilts. The duration and temperature during ovary transportation and handling might, therefore, affect the recovery of culturable COCs, chromatin configuration and developmental competence of oocytes. The effects of ovary storage temperature on chromatin configuration and in vitro maturation of porcine oocytes were examined in this study. Ovaries collected from a slaughterhouse were stored in vitro for 8 h under different temperatures. The results showed that more culturable COCs were isolated from the ovares stored at 39℃ than that from ovaries stored at 31℃ or 20℃ and before storage. Thirty-one centidegree was the best storage temperature in terms of cumulus expansion, nuclear maturation and morphology of the first polar body after in vitro maturation culture. The ability of cumulus expansion was completely lost in COCs derived from ovaries stored at 39℃ for 8 hours. Ovary storage （at both 31℃ and at 20℃ ） increased the proportion of oocytes with the GVc configuration in which chromatin condensed into a single big clump at the nucleolus and the functional significance of this configuration needs further investigations [ Acta Zoologica Sinica 51 （5）： 919 923, 2005].     

基于支持向量机的人类5’非翻译区剪接位点识别

基因非编码区域剪接位点的识别是基因识别中一个非常具有挑战性的问题,尤其是5’非翻译区中剪接位点的识别。与一般剪接位点不同,5’非翻译区剪接位点的两侧不存在由编码到非编码的状态转移,所以通常的剪接位点识别算法在非翻译区的性能不太理想。文章采用了基于支持向量机的方法对5’非翻译区中的剪接位点进行识别。为了提高识别精度,采用了基于矩阵相似性度量的核函数参数选取方法,它能够简单快速地确定合适的核函数参数,进而提高核函数的识别性能。通过实验验证,经过参数选择后的支持向量机能够较好地识别5＇非翻译区剪接位点。     

HBV病毒慢性感染疫苗治疗的组合策略及研究进展

HBV病毒感染可引起急慢性肝炎[1],尽管有效的预防性疫苗使用已超过20年,但HBV感染引起死亡人数仍位居前10位,而且当今世界上多于5%的人口(4个亿)为HBV携带者,5%~10%成年感染及40%~90%婴幼儿感染可发展为慢性感染,每年死于HBV相关的肝硬化与肝癌病人多于25万[1]。目前HBV的抗病毒治疗不仅价格昂贵、副作用大、疗效有限,而且易产生耐药性。因此,应研发HBV治疗性疫苗,使用抗病毒治疗与治疗性疫苗相结合的乙肝组合免疫治疗方法。1 HBV感染后的免疫应答与临床转归HBV感染肝细胞造成的肝损伤主要由宿主对病毒感染肝细胞的免疫应答及炎性…     

基于滑动窗口的原核转录起始位点计算定位方法

转录起始位点的计算定位是基因转录调控研究的重要内容,但现有方法的识别性能较低。文章作者在已有原核启动子识别算法的基础上,提出了一种基于滑动窗口的原核转录起始位点计算定位方法,通过在合理限定的定位范围内对序列进行滑动扫描,来预测转录起始位点的位置。首先根据窗口序列的交迭组分特征和启动子其它特征分别建立二次判别分类器,用其计算对应位置的似然得分,再利用转录起始位点与翻译起始位点的间隔经验分布信息对似然得分进行修正,最后依照似然得分的分布情况由阈值定位算法确定预测位置。对大肠杆菌真实序列数据的测试结果表明,该定位算法可实现对真实转录起始位点位置的有效预测,与已有算法相比,当敏感性指标同为0.85左右时,特异性指标可从0.20提高至0.65,从而使得定位准确率提高了约20个百分点。