一种新的EST聚类方法

该研究发展了一种EST（expressed sequence tag）聚类方法（ESTClustering）,用于分析大规模EST测序中所产生的大量数据,以获得高质量,非重复表达序列,该方法在聚类过程中采用MEGABLAST工具对一致序列进行序列同源比较,并用phrap程序对每一EST簇进行拼接检验。这一聚类策略能降低测序错误带来的影响,有效识别基因家族成员,并避免选择性剪接的干扰,与NCB（National Center for Biotechnology Information）的UniGene clustering）方法相比,ESTClustering的聚类结果可以更好地反映表达序列的多样性,用ESTClustering对112256条拟南芥EST聚类测试,产生23581个EST簇,其中13597个EST簇有对应拟南芥基因组编码序列,与该基因组中有EST作为依据的预测基因数目接近。应用该方法对收集的147191条水稻EST序列进行聚类,形成33896个EST簇。     

放线菌细胞壁化学组分分析方法的研究

在总结前人工作的基础上对放线菌细胞壁氨基酸成分的测定方法进行了改进,使全细胞水解液测定的操作过程比原有的方法快速;通过全细胞与细胞壁测定的比较表明,细胞壁获得的结果可靠;采用碱法提取细胞壁比常用的酶法更简单易行,而且效果相近。     

利用氨基酸分子比鉴别放线菌胞壁类型的研究

对已知细胞壁为Ⅰ、Ⅱ、Ⅲ和Ⅳ型的21株（10属）放线菌进行了胞壁氨基酸组分的分析。结果表明,所有被检测菌株的细胞壁在氨基酸分析仪上均显示有谷氨酸、甘氨酸、丙氨酸和二氨基庚二酸（DAP）。而同一种胞壁类型的菌株,尽管是不同的种或属,氨基酸的总量也各不相同,但这4种氨基酸的分子比却有一个共同而稳定的相似比值,不同的胞壁类型则有不同的比值。从而使每种胞壁类型具有各自的特征,可以作为鉴别的一种有效指标。实验还发现,4株胞壁为111型的弗兰克氏菌以及Ⅳ型的1株诺卡氏菌和1株地中海拟无技酸菌,在薄层层析中除显示有me     

农抗5102产生菌原生质体融合育种的研究Ⅳ．融合子FR—008的验证及其产生新活性物质的分离和鉴别

本文在探索5102－l号抗生素液相色谱HPLc)分析法的基础上,从出发菌株10—22和融合子FR-008的发酵物中均分离出5102—1号抗生素的主要组分,进一步证实融合子FR·008为吸水链霉菌应城变种种内融合的重组子。实验还从融合子FR一008的发酵物中分离和纯化了出发菌株不能产生的活性物质,通过与浓硫酸和浓盐酸反应呈深兰色,紫外可见光谱在403,380,360,340nm处有吸收峰等特征,表明它是一种七烯大环内酯类抗生素。在建立该抗生素中芳香残基的液相色谱分析法时,证明其中含有对氨基苯乙酮残基。用氨基酸分析仪测定经硫酸甲醇醇解和醇解产物再水解后的抗生素样品,表明它含有与已知七烯大环内酯类抗生素不同的氨基糖残基,其详细结构有待进一步研究确定。