三疣梭子蟹Profilin基因全长cDNA的克隆与表达分析

三疣梭子蟹（Portunus trituberculatus）是我国沿海重要养殖品种之一,近年来养殖病害呈逐年上升趋势,制约了三疣梭子蟹养殖产业的健康可持续发展。克隆三疣梭子蟹免疫相关基因,研究免疫基因的功能和作用机制,可为三疣梭子蟹养殖病害的防治奠定基础。本研究从三疣梭子蟹血细胞全长cDNA文库中克隆了742 bp 的profilin基因全长cDNA。Profilin全长cDNA中开放阅读框长375 bp,编码125 aa。推导的三疣梭子蟹profilin理论等电点pI 5.87,氨基酸序列与冈比亚按蚊（Anopheles gambiae）profilin同源性最高,序列一致性为42.9%。荧光定量RT-PCR分析结果显示在正常的三疣梭子蟹机体中,血细胞profilin表达水平最高,其次为肝胰脏;在致病菌副溶血弧菌（Vibrio parahaemolyticus）诱导后,血细胞中profilin表达量显著上升（P<0.01）,表明profilin可能参与了三疣梭子蟹的免疫防御反应,是一个免疫相关因子。     

基于髭鲷属鱼类Cyt b基因全序列探讨髭鲷属在鲈总科的分类地位

为探讨髭鲷属鱼类的分类地位,克隆了两种髭鲷属鱼类(横带髭鲷和斜带髭鲷)的线粒体Cyt 6基因全长序列,并利用线粒体Cyt b基因序列分析了鲈总科6个科29种的分子系统进化关系.结果表明:髭鲷属与石鲈科的其他5个属的遗传距离超过了科问水平的遗传距离,存在较远的遗传分化.29种鲈总科鱼类分成了两大类群,石鲈科的矶鲈属、仿石鲈属、厚唇椒鲷属、异孔石鲈属和石鲈属的物种聚为一起形成石鲈科的一个独立分支,与亲缘关系较近的鲷科、梅鲷科和笛鲷科形成一个类群;而隶属于石鲈科的髭鲷属与石鲷科及雀鲷科形成另一个类群.髭鲷属与其他石鲈科鱼类的亲缘关系已经超过了科问的遗传分化水平,而在遗传距离及系统进化分析上髭鲷属仍然隶属于鲈总科.本研究支持将髭鲷属提升为髭鲷科的观点.     

大弹涂鱼皮肤转录组测序及抗菌肽基因分析

抗菌肽是鱼类用于抵御外界微生物入侵的天然防御多肽,也是开发新型药物的重要先导分子。大弹涂鱼(Boleophthalmus pectinirostris)是一种特殊的可以营两栖生活的鱼类,其皮肤表面具有丰富的粘液,其中所含抗菌肽对其免疫防御和适应两栖生活具有重要意义。为深入了解大弹涂鱼皮肤组织基因表达谱并从中筛选抗菌肽相关基因,采用新一代Illumina高通量测序平台对大弹涂鱼皮肤组织进行了转录组测序。利用Trinity软件从头组装,从测得的78 608 366条双端测序读长(paired-end read)共计6 GB的序列数据中获得119 848条高质量的蛋白质编码基因(unigene)。经公共数据库序列检索和比对,发现7个unigene编码的多肽与已知的鱼类5大家族的抗菌肽高度同源,即β-防御素(β-defensin)、hepcidin、NK-lysin、piscidin和肝表达抗菌肽-2(liver-expressed antimicrobial peptide-2,LEAP-2)。最后,对上述抗菌肽相关unigene开展了组织表达差异分析、序列比对及进化树分析。研究结果为进一步了解大弹涂鱼适应两栖生活的免疫防御机制和利用新鉴定的抗菌肽开发新型抗菌药物奠定了基础。     

两种合成抗菌肽的结构及抗菌作用机理

为深入了解两种新型人工抗菌肽mytilin-derived-peptide-1 (MDP-1) 和mytilin-derived-peptide-2 (MDP-2) 的溶液结构和抗菌机理并探讨两种抗菌肽之间活性差异的结构基础,采用二维核磁共振技术 (2-D NMR) 研究MDP分子的溶液结构;采用透射电镜技术 (Transmitted electron microscopy,TEM) 研究MDP分子对于大肠杆菌和藤黄叠球菌的作用机理。研究结果表明,MDP-1和MDP-2均采取了典型的β-发夹结构,其分子表面具有明显的疏水斑片,其分子中碱性氨基酸突出于分子表面;经MDP分子处理后的大肠杆菌以及藤黄叠球菌均出现细胞壁或细胞膜结构被破坏,并出现膜壁分离以及细胞质内缩现象。我们认为,MDP-1和MDP-2分子中的碱性氨基酸有助于MDP结合细菌表面的带负电荷的基团,同时其分子表面的疏水斑片有助于其插入到细菌细胞膜内;其疏水斑片面积以及碱性氨基酸在分子表面的拓扑结构差异是MDP-1和MDP-2活性差异的主要原因;电镜实验结果表明MDP-1和MDP-2的主要靶标是细菌细胞壁以及细胞膜;上述研究为深入了解MDP分子的结构与功能的关系以及将来基于MDP分子的药物研发奠定了基础。     

海水胁迫下CoCl2对油菜生长和抗氧化生理指标的影响

以 '高油605'油菜品种为材料,通过室内水培实验考察了不同浓度CoCl2处理对海水胁迫下油菜种子的萌发、幼苗生长及相关生理指标的影响.结果表明:(1)Hoagland+30%海水(CK3)处理的油菜种子萌发和生长受到显著抑制,但添加50~100 μmol·L-1 CoCl2处理的油菜种子发芽率比CK3显著提高31.98%～32.91%,发芽势极显著增加54.17%～59.03%(P＜0.01),鲜重显著增加25.49%～50.98%;而添加150~1 000 μmol·L-1 CoCl2则对油菜遭受海水胁迫的缓解作用减弱,抑制了油菜幼苗的根系生长.(2)CK3幼苗的抗坏血酸和叶绿素含量显著降低;但添加10~100 μmol·L-1 CoCl2处理的抗坏血酸含量比CK3极显著提高1.26～1.87倍,添加30、50和100 μmol·L-1 CoCl2处理的叶绿素含量比CK3显著提高;但200~1 000 μmol·L-1 CoCl2使油菜幼苗抗坏血酸含量显著降低,1 000 μmol·L-1 CoCl2使幼苗叶绿素含量显著下降.(3)10 μmol·L-1 CoCl2处理幼苗的POD和SOD活性分别比对照显著增加60.2%和18.19%,APX活性却降低6.20%;10~70 μmol·L-1 CoCl2使油菜幼苗POD活性降低,SOD和APX活性增加,MDA含量降低,显著缓解了海水胁迫压力;而100~1 000 μmol·L-1 CoCl2使POD先升后降,SOD和APX活性降低,MDA含量增加.研究发现,适宜浓度CoCl2能够显著提高海水胁迫下油菜幼苗的抗氧化酶活性,增强其清除活性氧能力,降低膜质过氧化作用,从而有效缓解海水胁迫伤害,诱导增强其耐盐性,促进幼苗生长;10~100 μmol·L-1 CoCl2对30%海水胁迫的缓解效果最好,更高浓度的CoCl2反而对油菜幼苗产生毒害作用.     

NaCl胁迫下SA浸种绿豆幼苗的生长及生理特征

以'中绿一号'绿豆品种为材料,对不同浓度水杨酸(SA)浸种绿豆种子在NaCl胁迫条件下的萌发、幼苗生长及相关生理指标变化进行分析.结果显示:(1)与未胁迫对照相比,未浸种对照绿豆在100～500 mmol·L-1 NaCl处理下的发芽率、芽长、根长和叶片叶绿素含量显著降低,而幼苗叶片丙二醛(MDA)与脯氨酸(Pro)含量水平显著上升(P＜0.05),且其升降幅度随NaCl胁迫浓度提高而增加;(2)与未浸种对照相比,未胁迫对照种子的萌发和幼苗的生长在20 mg·L-1 SA处理中受到抑制,而在40～80 mg·L-1 SA处理条件下得到促进,至100 mg·L-1 SA时又受到显著抑制.(3)适当浓度的SA浸种能够显著提高盐胁迫下绿豆幼苗的芽长、根长、叶绿素的含量,降低了MDA和Pro含量;在NaCl胁迫浓度为100～300 mmol·L-1时的SA适宜浓度浸种为60 mg·L-1,而500 mmol·L-1 NaCl时为80 mg·L-1.研究表明,适当浓度的SA浸种能有效缓解盐胁迫对绿豆幼苗的伤害,提高其耐盐性.     

灰椋鸟的繁殖生态

1994年 3月至 7月在吉林省左家自然保护区对灰椋鸟的繁殖生态研究发现 ,在 1 2 2hm2 的面积内共有 36个灰椋鸟巢 ,繁殖密度为 0 32 1巢 hm2 。繁殖期由 4月 2 4日持续到 7月 1 1日共 79d。平均窝卵数为 5 89(SD =1 1 7,n =36 ) ,窝卵数同繁殖季节呈显著负相关 (r=-0 75 72 ,P <0 0 1 )。平均孵化期为1 3 6d ,平均育雏期 2 1 6d。平均每巢出飞 5 1只幼鸟。幼体 (卵、雏鸟 )死亡的最主要原因是人为干扰。     

金黄杆菌ZHDP1菌株基因组分析及其蛋白酶活性特征与产酶优化

【背景】蛋白酶活性研究对于理解金黄杆菌属（Chryseobacterium）菌株的生态角色、工业价值及潜在致病机理十分重要。【目的】分析一株细菌的新型基因组序列,以此推断其中潜在的蛋白酶基因,并对其蛋白酶活性进行验证与优化,为后续研究提供数据支撑。【方法】利用高通量测序技术对菌株基因组序列进行测定与组装,并利用单因素优化方法对菌株的蛋白酶作用条件与产酶条件进行优化。【结果】分离得到一株蛋白酶活性菌株,通过分子生物学手段鉴定为金黄杆菌属菌株,并命名为Chryseobacterium sp. ZHDP1。该菌株基因组大小为4 917 748 bp,GC含量为35.95%,平均核苷酸相似性和DNA-DNA杂交指数分别为91.39和47.8。该菌株基因组中发现超过20条蛋白酶基因,上清液中也检测到蛋白酶活性,其最适反应温度和pH值分别为50℃和7.0。Zn²⁺、Mn²⁺和Cr₂O₇^2-对蛋白酶活性有强烈抑制作用。ZHDP1菌株在培养温度35℃、培养时间35 h、接种量4%、碳源和氮源为...     

厚壳贻贝Mytilus coruscus足丝盘及足丝的多巴分析

多巴(3,4-1-dihydroxyphenylalanine,DOPA)是贻贝足丝粘附蛋白中的一种特殊的氨基酸,由酪氨酸经羟化后生成,与贻贝足丝粘附蛋白的强粘附性能具有直接联系.目前,已鉴定的多种贻贝足丝蛋白序列中均发现有不同含量的DOPA存在.蛋白中DOPA的定量检测对于了解DOPA在蛋白粘附中的作用以及粘附蛋白的...     

利用蛋白质组学手段鉴定新型贻贝足丝蛋白

贻贝通过足腺分泌特有的足丝并以此粘附于水下各种基质表面.贻贝足丝中富含各种粘附蛋白,其优异的水下粘附性能使其成为开发新型生物粘合剂的候选分子.厚壳贻贝足丝粘附能力强,本文采用尿素及盐酸胍抽提结合二维双向电泳技术（two-dimensional electrophoresis, 2-DE）,分别对厚壳贻贝足丝纤维和足丝盘的蛋白质进行分离及染色;采用串联质谱技术结合常规搜库和表达序列标签（EST) 数据库搜索,对分离获得的蛋白质点进行鉴定,从中获得了mfp-3、mfp-6、胶原蛋白以及3种未曾报道过的新型贻贝足丝蛋白成分.上述研究为深入了解厚壳贻贝足丝蛋白的分子多样性、探讨其粘附机理以及从中筛选具有应用前景的贻贝足丝蛋白奠定了基础.