临床分离志贺菌中CRISPR/Cas系统的分布及其与毒力基因的关系

【目的】了解临床分离志贺菌中CRISPR/Cas系统的分布特征并分析其与毒力基因的关系。【方法】以聚合酶链式反应(PCR)方法,采用10对引物分别对57株临床分离志贺菌中CRISPR1、cas2-cas1、cas6e-cas5、cas7、cse2、cse1-cas3基因和毒力基因ipaH、ial、ipaBCD、virA进行检测。对CRISPR1的PCR结果进行测序,并用CRISPR finder在线软件对CRISPR1基因座进行分析。通过卡方检验初步分析CRISPR/Cas系统与毒力基因的关系。【结果】测序结果显示,CRISPR1基因座中间隔序列数目较少且在不同菌株间一致性较高;57株志贺菌中,84.2% (48/57)的志贺菌中可检测到CRISPR/Cas系统,其中68.8% (33/48)的志贺菌中cas6e-cas5基因或(和) cse2基因中发现插入序列;毒力基因ipaH、ial、virA、ipaBCD的检出率依次为100%、100%、98.2%和87.7%;毒力基因ipaBCD的阳性率与活性CRISPR/Cas系统的分布无关(P>0.05)。【结论】CRISPR/Cas系统广泛存在于临床分离志贺菌中;部分cas基因中有插入序列;并未发现志贺菌中活性CRISPR/Cas系统与毒力基因的分布有关。     

喜马拉雅旱獭种群微卫星变异及遗传多样性

为了解不同地理种群喜马拉雅旱獭(Marmota himalayana)的种群数量变化并探讨其内在的遗传学机制,通过构建部分基因组文库的方法筛选出8个高变异微卫星位点,根据微卫星位点的测序结果设计相应引物,PCR扩增检测了青藏高原4个地理种群(德令哈、乌兰、沱沱河、安多)喜马拉雅旱獭的遗传多态性及其种群结构.研究结果显示:8个位点在喜马拉雅旱獭种群中均为高度多态,观察等位基因数、有效等位基因数、多态信息含量分别为4.75、3.033 2、0.610 2;喜马拉雅旱獭种群总的期望杂合度和观察杂合度分别为0.670、0.699;3个喜马拉雅旱獭种群显著(P＜0.05)或极显著(P＜0.01)偏离H-W平衡状态,且这些偏离平衡的位点均由杂合过度导致(FIS＜0);喜马拉雅旱獭种群的部分位点已经偏离了突变-漂移平衡.结论:筛选出的8个微卫星位点适合于喜马拉雅旱獭种群遗传多样性的研究,所研究的喜马拉雅旱獭种群有较高的遗传多样性,安多地理种群在近期可能经历过瓶颈效应,种群数量曾经下降.     

斑马鱼 HO1 基因的表达特征及功能研究简

实验对血红素加氧酶1(HO1)在斑马鱼发育中的功能进行了研究。多重序列比对结果显示,斑马鱼HO1与哺乳类、鸟类及其他鱼类的HO1氨基酸序列的总体相似性为44.1%—86.8%,血红素结合标签相似性为87.5%—95.8%。对斑马鱼早期胚胎和成鱼各组织进行RT-PCR检测,结果显示HO1转录本母源存在,HO1mRNA的表达水平在尾芽期前较低,到咽囊期迅速上升并稳定在较高水平。HO1基因在斑马鱼成鱼多个组织中均有表达,在肝脏、脾、鳃、肾中的表达量较高。WISH结果显示,HO1基因在斑马鱼胚胎的卵黄合胞层、眼和血液中的表达量较高。利用超表达和基因敲降技术发现,注射HO1 mRNA使HO1基因过表达对斑马鱼早期胚胎发育无明显影响。注射HO1 MO使HO1基因表达抑制可导致斑马鱼胚胎出现发育迟缓、围心腔水肿、尾部消失等不同程度的畸形。HO1 MO导致的斑马鱼胚胎发育异常可被HO1 mRNA回复。利用Real-Time PCR研究发现,HO1基因表达抑制可导致IGF1表达量显著下降,IGFBP1表达量显著升高。这些结果表明斑马鱼HO1基因可通过调节IGF信号途径调控胚胎的正常发育。     

白藜芦醇通过下调MEK/ERK/c-Jun信号通路抑制H2O2诱导的肺癌细胞增殖

目的:探讨白藜芦醇(Res)是否通过下调ERK激酶/胞外信号调节激酶/原癌基因(MEK/ERK/c-Jun)信号通路抑制小剂量过氧化氢(H2O2)诱导肺癌细胞增殖。方法:采用MTS实验检测小剂量20μM H2O2以及分别加入MEK阻断剂U0126和Res后H2O2对肺癌细胞NCI-H1395增殖的影响,采用Western Blot检测H2O2对ERK1/2和Akt蛋白磷酸化水平以及加入Res后H2O2对MEK、ERK1/2和c-Jun蛋白磷酸化水平的影响。结果:小剂量H2O2对肺癌细胞NCI-H1395具有促增殖作用,H2O2通过活化ERK1/2和Akt蛋白的磷酸化水平促进肺癌细胞NCI-H1395增殖,加入MEK阻断剂U0126后H2O2对肺癌细胞NCI-H1395增殖作用降低(P<0.05)。Res可抑制H2O2诱导的肺癌细胞NCI-H1395增殖,加入Res后,H2O2引起的MEK、ERK1/2和c-Jun蛋白磷酸化水平均降低(P<0.05)。结论:小剂量H2O2对肺癌细胞NCI-H1395具有促增殖作用,Res通过抑制MEK/ERK/c-Jun信号通路来抑制H2O2对肺癌细胞NCI-H1395的促增殖作用,其具体机制还需进一步研究。     

随机森林算法基本思想及其在生态学中的应用——以云南松分布模拟为例

通常来讲,生态学者对于解释生态关系、描述格局和过程、进行空间或时间预测比较感兴趣。这些工作可以通过模拟输出值(响应)与一些特征值(即解释变量)的关系来实现。然而,生态数据模拟遇到了挑战,这是因为响应变量和预测变量可能是连续变量或离散变量。需要解释的生态关系通常是非线性的,并且解释变量之间具有复杂的相互作用关系。响应变量和解释变量存在缺失值并不是不常有的现象,奇异值也经常出现在生态数据中。此外,生态学者通常希望生态模型即要易于建立又易要于解释。通常是利用多种统计方法来分析处理各种各样情景中出现的独特的生态问题,这些模型包括(多元)逻辑回归、线性模型、生存模型、方差分析等等。随机森林是一个可以处理所有这些问题的有效方法。随机森林可以用来做分类、聚类、回归和生存分析、评估变量的重要性、检测数据中的奇异值、对缺失数据进行插补等。鉴于随机森林本身在算法上的优势,将就随机森林在生态学中的应用进行总结,对建模过程进行概述,并以云南松分布模拟研究为例,对其主要功能特点进行案例展示。通过对随机森林的一般术语、概念和建模思想进行介绍,有利于读者掌握本方法的应用本质,可以预见随机森林在生态学研究中将得到更多的应用和发展。     

白细胞介素-2对离体大鼠心脏的作用及其机理

本实验研究免疫调节因子IL-2对心脏的生物学作用及其机制.实验结果显示,hrIL-2增加离体心脏的室性早搏个数,增加心率,影响左室发展压、左室舒张末压和冠脉流量;热失活的hrIL-2对心脏无作用;Ryanodine预处理不改变hrIL-2的致心律失常作用和增加心率的作用,但取消了hrIL-2增加左室发展压、左室舒张末压和冠脉流量的作用;Nifedipine和低钙均取消了hrIL-2的致心律失常作用,部分取消了hrIL-2增加心率、左室发展压、左室舒张末压和冠脉流量的作用.结果提示,IL-2可导致离体心脏心律失常和正性变时变力作用,其心脏作用与其正常的空间结构有关,作用机制涉及跨膜内流钙和胞浆内钙.     

鼹科长吻鼩鼹和库氏长吻鼹的首次转录组分析

现生的鼹科动物分布于欧亚大陆和北美大陆,包括54种已知物种。鼹科动物有丰富的生态类型,是研究适应性进化的较好模型。本研究通过二代测序的方法分别获得了长吻鼩鼹和库氏长吻鼹两个物种心脏和肺脏以及脾脏和肺脏的转录组数据。这两个物种分别代表了分布于中国西南部、缅甸北部的没有特化的原始类群鼩鼹亚科以及高度适应地下生活的鼹亚科鼹族。我们首次报道了库氏长吻鼹在中国的分布。通过从头拼接,分别获得长吻鼩鼹和库氏长吻鼹197 092个和225 956个转录本,以及125 427个和94 023个unigene。通过与GenBank中的基因组注释文件比对,得到鼹科物种同源基因家族8 376个,及鼹科鼩鼱科同源基因家族8 114个。差异表达基因中各组织的高表达基因中均找到10个以上组织特异性基因。然而BUSCO分析确定完整单拷贝基因在两个物种中分别为43.0%和56.6%,提示死后mRNA迅速降解并影响转录组拼接。比较两个物种肺部基因的表达差异发现库氏长吻鼹335个相对高表达的基因,其中包括HMGB1、HSPD1、SF3B1、COL3A1、SUMO1和JUNB等,有报道上述基因可能与低氧或高海拔适应有关。     

水果干与人体健康的研究进展

水果干是新鲜水果去除大量水分后的浓缩品,富含矿物质、膳食纤维、抗氧化物质和多种其他植物化学物。近期研究表明,水果干对血糖控制、心脑血管健康、骨质健康、便秘缓解等方面均有积极作用。作为一类高营养素密度的食材,水果干可以成为零食的健康选择,它们在膳食模式中的贡献应当得到更多关注。     

肾病综合征患者血清同型半胱氨酸、D-二聚体和B型钠尿肽水平表达及与血栓栓塞的关系分析

摘要 目的：探讨肾病综合征（NS）患者血清同型半胱氨酸（Hcy）、D-二聚体（D-D）和B型钠尿肽（BNP）水平及与发生血栓栓塞（TE）的关系。方法：选取2017年1月~2019年1月我院收治的241例NS患者,根据是否并发TE分为TE组56例,非TE组185例,另选取65名体检健康者为对照组,对比各组血清Hcy、D-D和BNP水平,多因素Logistics回归分析NS患者并发TE的影响因素,ROC曲线判断血清Hcy、D-D和BNP水平对NS患者并发TE的诊断价值。结果：三组血清Hcy、D-D和BNP水平比较差异有统计学意义（P＜0.05）。TE组血清Hcy、D-D和BNP水平明显高于非TE组,非TE组血清Hcy、D-D和BNP水平明显高于对照组,差异均有统计学意义（P＜0.05）。TE组高血压史、利尿剂使用史、糖皮质激使用史比例和BUN、24hUPQ水平明显高于非TE组,差异均有统计学意义（P＜0.05）。多因素Logistics回归分析显示,Hcy、D-D、BNP、24hUPQ为NS患者并发TE独立影响因素（P＜0.05）。ROC曲线显示,血清Hcy+D-D+BNP水平诊断NS患者并发TE的AUC明显大于血清Hcy、D-D和BNP单独诊断,敏感度和特异度也高于各指标单独诊断。结论：NS患者血清Hcy、D-D和BNP水平明显提升,合并TE后进一步提高,且血清Hcy、D-D和BNP水平为NS患者发生TE的危险因素,联合测定可提高诊断价值。     

益生菌抑制肠上皮细胞凋亡与新生儿坏死性小肠结肠炎

新生儿坏死性小肠结肠炎（NEC）是新生儿时期严重的肠道炎症性疾病,早产儿低出生体重儿尤为高危,死亡率居高不下,其病理生理复杂,目前公认的病因包括早产、肠壁缺氧缺血、肠道喂养和肠道细菌感染等,其病理改变以肠黏膜片状坏死甚至肠壁全层坏死为特征。近年研究发现,肠上皮细胞凋亡是NEC早期肠上皮细胞死亡的主要形式,是NEC进一步发展的必经阶段。