基于单细胞ATAC测序技术对18-三体综合征染色质开放性区域转录因子的分析

18-三体综合征是常见的常染色体非整倍体疾病之一,长期以来人们对18-三体综合征疾病的临床表型(如智力障碍、心脏、肾脏异常等)发生及发展相关的基因调控知之甚少。为探索影响该疾病表型的调控因子,本研究利用单细胞ATAC测序技术,对18-三体综合征和对照组的脐带血单个核细胞的开放性染色质区域的转录因子进行分析。捕获11,611个细胞构建的单细胞文库鉴定得到7种主要免疫细胞群,细胞数量统计的结果提示18-三体综合征的免疫系统异常。通过分析开放性染色质区域,筛选得到14个转录因子(P<0.05,|FC|>1.2)。采用实时荧光定量PCR验证其中4个转录因子(TEAD1、TEAD2、TEAD4、Twist2)的相对表达量的结果符合预期。上述研究结果表明这4个转录因子可能与18-三体综合征患者心脏和骨骼发育的异常相关,为18-三体综合征表型的发生及发展的机制研究提供候选分子。     

长链内含子非编码RNA在基因表达过程中的调控作用

在绝大多数人类基因中都存有非蛋白编码RNA（non-coding RNA,ncRNA）.长链内含子ncRNA（long intronic non-coding RNA,lincRNA）是众多ncRNA中的一员,而内含子区域则是具有调节性的ncRNA的关键源.长链内含子ncRNA可通过作为短链RNA的前体、或是与启动子元件的交互作用、组蛋白甲基化修饰、蛋白编码RNA选择性剪接以及蛋白质编码RNA的稳定性,从而对基因表达进行调控.至此我们可以逐步揭示出基于长链内含子ncRNA的调控系统模式.     

FlightlessⅠ与核质转运蛋白Importin β及核孔蛋白Nup88的相互作用

Fightless I(FLII)是一个在肿瘤中高表达的蛋白,前期研究提示FLII可能参与核质转运过程,为鉴定FLII是否与核膜结合蛋白相互作用,构建GST-FLII、GST-LRR融合蛋白重组质粒并转化至大肠杆菌Rosetta进行诱导表达,使用GST琼脂糖珠进行融合蛋白的纯化。通过SDS-PAGE对纯化蛋白进行验证之后,利用GST-pull down及免疫共沉淀技术证明了FLII与Importinβ、Nup88蛋白的相互作用,并鉴定FLII上的LRR结构域为相互作用区域。研究结果提示FLII可能参与了Importinβ的部分生物学作用,为进一步分析FLII与Importinβ、Nup88的生物学功能奠定了基础。     

UV照射和MMS诱导下PCNA表达的变化及相关研究

目的：建立DNA损伤的模型,在蛋白水平和mRNA水平研究PCNA的表达变化情况。方法：uV照射和MMS处理细胞后利用Westernblot和实时荧光定量PCR检测PCNA蛋白表达水平和mRNA水平的变化,以及利用倒置荧光显微镜观察细胞的形态变化。运用ShRNA干扰技术降低泛素E3连接酶RAD18和CUIAA的表达,检测内源PCNA蛋白表达水平的变化。结果与结论：uV照射和MMS处理细胞后,细胞形态发生变化,随着时间的延长,大部分细胞趋于死亡。实时荧光定量PCR的结果发现PCNA的mRNA水平下降,但是PCNA蛋白水平的表达无明显变化,说明DNA损伤时PCNA蛋白的稳定性增加,暗示细胞中存在着一定的机制,维持PC—NA蛋白表达量的稳定。干扰E3连接酶CUIAA和RAD18的表达时,PCNA蛋白水平有所升高,提示二者参与了PCNA的降解过程。