广东地区宽鳍(鱼巤)种群遗传变异和亲缘地理

通过分析88尾采自广东境内9条水系的宽鳍(鱼巤)(Zaccop,platypus)线粒体DNA(mtDNA)细胞色素b(Cyt b)基因全序列,初步研究其种群遗传变异和地理格局,所测定的Cyt b基因全序列长1140 bp,其中变异位点98个,简约信息位点75个.共检测到33个单倍型,除鉴江种群只有1个单倍型外,其余8条水系均有多个单倍型.北江、流溪河、鉴江、北流河和罗定江等5个种群有共亭单倍型Hap11,罗定江和北流河之间共享了单倍型Hap4,东江与流溪河共享Hap6,而韩江和榕江共享单倍型Hap29.种群单倍型多样性的平均值(h)为0.908,核苷酸多样性的平均值(π)为0.01961,表现出较高的遗传多样性.系统发育分析(NJ树)显示,宽鳍(鱼巤)种群33个单倍型可分为2个分支,其中来自珠江水系(北江、东江、流溪河、罗定江和北流河)和广东西部独立人海水系(鉴江和漠阳江)的宽鳍(鱼巤)种群聚为一支(分支A),广东东部独立入海水系(韩江和榕江)种群聚为另外一支(分支B).2分支间的遗传距离和碱基差异率均较高(0.0517-0.0549,5.35%-_6.49%),明显大于分支A内(O.0012-0.0099,0.26%-2.11%)和分支B内的值(0.0027,1.58%),但远小于宽鳍(鱼巤)与外类群间的遗传距离和碱基差异率(0.0945-0.1912,8.77%-17.11%).这表明分支A与B之间已有明显的遗传分化,但分化程度来达到物种级水平,韩江和榕汀的种群相对独立,推测可能与莲花山脉的阻隔有关.根据单倍型网络图推测,流溪河可能是广东中西部地区宽鳍(鱼巤)的扩散中心,分别向珠江水系的西江、北江和东江扩散,再向鉴江和漠阳江扩散:另外由扩散中心经东江到榕汀再向韩江扩散.分子变异分析(AMOVA)表明,种群间的遗传变异占38.50%,种群内的遗传变异占66.24%.中性检验和歧点分布分析皆表明广东境内9条水系的宽鳍(鱼巤)在整个种群上保持相对稳定,没有发生明显的种群扩张.     

华南地区黒眶蟾蜍的遗传变异和地理分化

黒眶蟾蜍Bufo melanostictus(Anura,Bufonidae)是亚洲常见的蟾蜍,广泛分布于中国华南地区。由于华南地区分布着众多的大陆架岛屿及其地貌的复杂性与多样性,因而不同地区的黑眶蟾蜍种群可能存在地理上的遗传变异。本文首次采用DNA序列分析方法,检测了采自我国华南6个省市地区(福建、广东、广西、海南、香港、台湾),包括4个主要大陆架岛屿(海南岛、大屿山、南澳岛、台湾岛)的12个黑眶蟾蜍种群共84个个体,获得mtDNA控制区序列长956bp的片段,共有75个变异位点(26.3%为单个多态位点,73.7%为简约信息位点),12个插入/缺失。所获得的44个单倍型中有5个为种群间共享的单倍型。华南地区黒眶蟾蜍较高的的遗传多样性(单倍型多样性h=0.977)不但表现为海岛种群内普遍具有较高的遗传变异,而且遗传分化指数(FST)、基因流(Nm)、Amova和Samova等分析均表明种群之间已经发生了明显的遗传分化。从Amova分析和分子系统发育分析结果来看,华南地区分布于大陆与分布于海岛的种群之间并未发生明显的遗传分化,说明由陆缘浅海造成的阻隔作用(isolation by barrier)并不能很好地解释华南地区黑眶蟾蜍种群之间遗传分化的原因。遗传距离与地理距离的低度相关(Mantel测试R=0.192,P<0.001)说明华南地区黑眶蟾蜍的种群分化並不完全符合距离决定分化(isolation by distance)的假说。Samova的结果表明华南沿海大陆东部的3个种群(广东汕头、福建莆田和东山)与其它地区9个种群之间的变异最大(FCT=0.35097),因此,推测黑眶蟾蜍这2个地理区域组之间应该存在着其它地理隔离屏障,对两地黑眶蟾蜍的迁移有一定的阻隔作用,产生此隔离效应的天然地理屏障可能为莲花山脉。黑眶蟾蜍种群在历史上曾发生多次局部扩张,时间大约在距今0.025MYA左右,这与最后一次冰期结束的时间相吻合,而位于我国华南大陆周边的4个主要大陆架岛屿(海南岛、大屿山、南澳岛、台湾岛)可能是华南地区黒眶蟾蜍在第四纪冰期的"避难所"。南澳岛种群所存在的特殊单倍型验证了这一岛屿避难所的存在。本研究揭示的地理种群之间的遗传变异和分化,对进一步了解华南地区乃至亚洲的黒眶蟾蜍的生物地理关系有重要意义。     

华南沿海西部美丽小条鳅基于线粒体控制区的种群遗传变异及亲缘地理格局

为研究其种群遗传变异和亲缘地理格局,分析了107尾采自华南西部和海南岛的12条水系的美丽小条鳅(Micronoema-cheilus pulcher Nichols)控制区934-938 bp的序列,其中有79个核苷酸变异位点。分子变异分析(AMOVA)表明,种群间的遗传变异占46.88%,种群内的遗传变异占55.06%。基于36个单倍型的系统树显示,12条水系的种群聚成两支。其中,广西沿海诸独立水系(防城河、峒中河、北仑河、南流江)和西江水系与广东漠阳江和潭江水系关系密切,而海南岛万泉河和南渡江与广东鉴江水系关系密切。根据嵌套进化枝系地理分析(NCPA)推测,防城河周边地区可能是美丽小条鳅的扩散中心,该物种可由此区域通过两条途径扩散:(1)沿西江水系向广西沿海独立水系至广东漠阳江和潭江水系扩散;(2)向海南岛诸水系再至雷州半岛的鉴江水系扩散。在演化过程中,曾发生片断化事件、长距离建群和持续的分布区扩张。