桔小实蝇肽聚糖识别蛋白基因BdPGRP-SB1的克隆及功能鉴定

【目的】为探究肽聚糖识别蛋白(PGRP)基因BdPGRP-SB1在桔小实蝇Bactrocera dorsalis免疫中的作用。【方法】本研究利用PCR克隆桔小实蝇BdPGRP-SB1全长cDNA序列;利用生物信息学软件对该基因核苷酸序列及其编码的氨基酸序列特征进行分析。采用RT-qPCR分析BdPGRP-SB1在桔小实蝇不同发育阶段(卵、幼虫、蛹、成虫)及5日龄成虫不同组织(中肠、马氏管、后肠、脂肪体、卵巢和精巢)中的表达模式;对桔小实蝇5日龄雌成虫分别注射大肠杆菌Escherichia coli 0111:B4肽聚糖(PGN-EB)和金黄色葡萄球菌Staphylococcus aureus肽聚糖(PGN-SA)后检测BdPGRP-SB1表达水平变化。利用RNAi沉默BdPGRP-SB1的表达,测定大肠杆菌和金黄色葡萄球菌诱导后桔小实蝇雌成虫的死亡率及大肠杆菌诱导后抗菌肽(AMP)基因attacin-A, defensin和diptercin表达变化情况。【结果】克隆获得桔小实蝇BdPGRP-SB1的全长cDNA序列(GenBank登录号: MN892482),开放阅读框长558 bp,编码185个氨基酸,其编码蛋白预测分子量为21.45 kD,等电点为8.57。序列分析表明,BdPGRP-SB1无跨膜结构域,具有PGRP保守结构域,前端具有信号肽,为分泌型蛋白;具有Zn²⁺依赖性酰胺酶活性和DAP型肽聚糖识别位点。系统进化分析发现,BdPGRP-SB1与辣椒实蝇B. latifrons的PGRP-SB1亲缘关系最近,氨基酸序列一致性达96%。发育表达模式表明,BdPGRP-SB1在桔小实蝇3日龄幼虫和成虫期高表达;组织表达谱结果显示BdPGRP-SB1在5日龄成虫各组织中均有表达,在脂肪体内表达量最高。PGN-EB和PGN-SA均能诱导桔小实蝇雌成虫体内BdPGRP-SB1表达水平变化。通过RNAi抑制BdPGRP-SB1表达后,注射大肠杆菌导致桔小实蝇雌成虫死亡率显著升高,以及attacin-A, defensin和diptercin表达量显著上调。【结论】结果说明桔小实蝇BdPGRP-SB1参与识别革兰氏阴性细菌,并可能参与桔小实蝇Imd途径调控其免疫反应。     

紫茎泽兰高分子量核DNA制备方法的研究

以紫茎泽兰暗培养幼嫩叶片为材料,在细胞核提取缓冲液中加入PVP、抗坏血酸和氨基甲酸钠3种强抗氧化剂,较好地去除了多糖多酚等次生代谢物,经低熔点琼脂糖包埋细胞核及蛋白酶K原位裂解DNA胶块,以获得大分子量DNA;最后分别采用2种不同的限制性内切酶(BamH Ⅰ和HindⅢ)和5个浓度梯度(0 U、0.2U、0.4U、0.6U、0.8 U)进行酶切,并对不同的回收方法进行比较分析.结果表明:经脉冲电泳检测,本方法提取的DNA片段长度＞600 kb,基本无细胞器DNA和蛋白质污染;酶切条件以0.4U酶浓度HindⅢ的效果最好,酶切后的DNA片段主要集中在100～300 kb之间,DNA片段大小满足构建BAC文库的要求;对回收方法进行比较分析,电洗脱法回收的大片段DNA浓度远远大于琼脂糖酶切法,大于8mg·L-1,这完全能够满足构建大片段基因组文库对DNA浓度的要求.     

单倍型分析技术研究进展

单倍型是指共存于单条染色体上的一系列遗传变异位点的组合,每条染色体都有自己独特的单倍型。单倍型分析技术作为一种常用的数据分析方法,是寻找单染色体上杂合SNP变异位点的有效方法,也对挖掘致病基因、寻找疾病治疗新方法有重要作用。它主要包括间接推断法和直接实验法。文中介绍了各种单倍型分析方法及应用,尤其详细介绍了单分子稀释法和保留邻近性的转座酶测序法,同时对单倍型分析技术的应用前景进行了展望。