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PCR-DGGE技术在农田土壤微生物多样性研究中的应用 总被引:49,自引:6,他引:43
变性梯度凝胶电泳技术(DGGE)在微生物生态学领域有着广泛的应用。研究采用化学裂解法直接提取出不同农田土壤微生物基因组DNA,并以此基因组DNA为模板,选择特异性引物F357GC和R515对16S rRNA基因的V3区进行扩增,长约230bp的PCR产物经变性梯度凝胶电泳(DGGE)进行分离后,得到不同数目且分离效果较好的电泳条带。结果说明,DGGE能够对土壤样品中的不同微生物的16S rRNA基因的V3区的DNA扩增片断进行分离,为这些DNA片断的定性和鉴定提供了条件。与传统的平板培养方法相比,变性梯度凝胶电泳(DGGE)技术能够更精确的反映出土壤微生物多样性,它是一种有效的微生物多样性研究技术。 相似文献
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好氧甲烷氧化菌生态学研究进展 总被引:10,自引:0,他引:10
好氧甲烷氧化菌是一群以甲烷为碳源和能源的细菌。好氧甲烷氧化菌在自然环境中分布广泛,人类已从土壤、淡水和海洋沉积、泥炭沼泽、热泉、海水和南极环境分离到甲烷氧化菌的纯培养。好氧甲烷氧化菌可分为14个属,包括研究较为深入的隶属于变形菌门Alpha和Gamma纲的细菌,以及属于疣微菌门的极端嗜热嗜酸甲烷氧化菌。最近,好氧甲烷氧化菌还被发现存在于苔藓类植物(尤其是泥炭苔藓)共生体中,兼性营养好氧甲烷氧化菌也被发现。本文通过对好氧甲烷氧化菌的分类、生理生化特征、分子生物学检测方法以及微生物生态学中的研究成果的总结与分析,以及对甲烷氧化菌研究所面临的问题进行讨论,以期为今后进一步开展好氧甲烷氧化菌及其在碳循环中的作用研究提供参考。 相似文献
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对草酸青霉菌(Penixillium oxalicum)BZH-2002菌株固体发酵果胶酶的特性及浸提条件进行了研究,确定其最佳产酶时期为72—92h,利用干物质量最快的时期为24—72h发酵产酶期间培养基介质中pH值呈“V”字形变化。该菌株以甜菜渣、葵花盘为碳源,以(NH)2SO4为氮源时产酶率最高,分别高达4.33万和4.56万U/g干物质,(NH4)2SO4最佳用量0.9g/10g甜菜渣。此外,浸提方法对果胶酶产率也有一定影响,1%NaCl作为浸提液的效果最好,最佳浸提时间1h,浸提温度25—40℃。 相似文献
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以甜菜渣、果胶、海藻酸钠为原料 ,与表氯醇在碱性条件下交联 ,制备了果胶酶亲和吸附剂并应用这几种亲和吸附剂对草酸青霉果胶酶和黑曲霉果胶酶进行亲和层析实验。结果表明 :用小于 60目的甜菜渣粉末和海藻酸钠制备的果胶酶亲和吸附剂 (分别简写为SBP吸附剂和SA吸附剂 )具有较好的纯化果胶酶性能 ,其中SBP吸附剂性能稳定 ,而SA吸附剂膨胀系数较大 ,在流动相改变时引起流速不稳。 相似文献
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利用聚合酶链式反应-变性梯度凝胶电泳(PCR-DGGE)技术和磷脂脂肪酸(PLFA)分析方法,比较了北京通州、顺义、昌平、延庆地区甘薯叶际细菌的多样性和生物量,并调查了通州地区甘薯叶际细菌群落在不同生长季节的变化情况。PLFA分析结果发现所有检测样品中,革兰氏阳性细菌生物量均高于革兰氏阴性细菌生物量。PCR-DGGE方法与PLFA方法聚类分析结果较一致,甘薯叶际细菌群落结构受到时空因素、甘薯生理特性等的影响,不同地点、不同生长季节甘薯叶际细菌群落结构有较大差异,DGGE条带测序分析表明,Pseudomonas sp.在不同地点的甘薯叶际均为保守菌群,Bacillus sp.,Acinetobacter sp., 相似文献
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在PCR-DGGE研究土壤微生物多样性中应用GC发卡结构的效应 总被引:30,自引:1,他引:29
应用普通细胞裂解法提取 3株实验菌株 (Escherichia coli DH5α,Staphylococcus aureus SA- 1和 A-grobacterium tumerfaciens 1 31 2 9)的基因组 DNA和应用基于高盐和长时高热的细胞裂解法提取 7种不同土壤样品中的微生物的基因组 DNA,两组不同结构的引物 F3 57GC,R51 8(在正向引物的 5′端有 GC发卡结构 )和 F3 57,R51 8,分别对实验菌株和土壤样品中微生物的 1 6Sr RNA基因 V3区进行扩增 ,均得到了目的片段。比较了不同引物扩增的 1 6S r DNA片段在 DGGE中的不同电泳行为 ,结果表明 ,含 GC发卡结构的PCR扩增产物在 DGGE中能够得到很好的分离 ,而无 GC发卡结构的 PCR产物则不能在 DGGE中获得满意分离。引入 GC发卡结构 ,使得对不同微生物的定性和分类更深入细致 相似文献
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【目的】自由生活的棘阿米巴属(Acanthamoeba spp.)和哈曼属原虫(Hartmannella vermiformis)普遍存在于自然界的土壤和各种水体中,这两个属中的某些种类被认为对人和动物具有潜在的致病性,应用染料法实时荧光定量PCR技术建立特异性强、灵敏度高及重复性好的快速检测阿米巴虫的方法具有实际意义。【方法】采用非培养方法选择适合低拷贝基因检测的荧光染料BRYT Green? dye用于农村生活污水处理厂不同工艺阶段水样中Acanthamoeba spp.和H. Vermiformis 18S rRNA基因的检测和定量分析。【结果】在整个处理工艺流程中均检测到Acanthamoeba spp.和H. Vermiformis,并呈现出不同的变化趋势,进水中分别达到8.70×105拷贝/L和1.84×106拷贝/L。与进水相比,调节池、好氧池和膜池中阿米巴原虫的数量均降低了1?2个数量级,但是出水中Acanthamoeba spp. 则出现增加趋势。【结论】对阿米巴原虫可能造成的潜在健康危害应引起重视,并有必要作为污水处理达标的补充标准。 相似文献