广东金山温泉沉积物中原核与真核微生物多样性初步分析

[目的]本研究旨在采用不同的PCR引物对广东省恩平市金山温泉的高温水底沉积物微生物多样性进行初步的分析.[方法]采用改进的玻璃珠法抽提温泉沉积物中环境基因组DNA,通过对用4对引物分别扩增得到的原核微生物16S rRNA基因和真核微生物ITS序列的分析,将所得到的数据与国际基因数据库GenBank进行相似性比较并构建系统发育树.[结果]研究发现原核类群G的 14个优势克隆中7个都属于蛭弧菌属(Bdellovibrio).与它们最相似的序列是从海洋中分离到的两个菌株 Bacteriovorax sp. NE1 (EF092445)和Bdellovibrio sp. JS5 (AF084859),相似性分别为96%和99%.原核类群X的4个序列主要属于蓝细菌类群,其中JS-X2与在美国黄石公园温泉发现的Uncultured Cyanobacterium (L35331)有95%的相似性,并且与已经全基因组测序的嗜热蓝细菌聚球藻Thermosynechococcus elongatus BP-1 (47118315)有89%的相似性.真核类群Z有三个类群,分别是Penicillium sp.,Lodderomyces sp.和Gloeotinia sp..其中大部分序列与青霉属相似性在88%～ 90%之间.[结论]所得到的结果显示金山温泉中的微生物多样性十分丰富.     

人DNA 拓扑异构酶Ⅰ在毕赤酵母中的表达及发酵条件优化

为了在体外以人DNA拓扑异构酶Ⅰ（hTopo Ⅰ）为靶位进行抗肿瘤化合物的快速筛选,用RT-PCR法从Hela细胞中克隆了hTopo Ⅰ基因ORF并在毕赤酵母中首次成功表达,表达产物可分泌到发酵上清,易于制备。蛋白酶A缺陷的重组酵母（SMD-hTopoI）分泌重组酶的能力比具有蛋白酶A活性的重组酵母（X33-hTopoI和KMhTopoI）更高。通过发酵条件的优化,使用BMMY（pH 7.25）,于20℃,每隔24h补加0.5% (V/V)的甲醇和3% (V/V)的营养液,SMD-hTopo Ⅰ诱导72h后可表达最高的酶活力（43000u/mL）,发酵上清中hTopo Ⅰ可达11 mg/L,约占总蛋白的10%。SDS-PAGE和Western blot分析显示,表达的hTopo Ⅰ为91kD蛋白,无糖基化修饰。     

人DNA 拓扑异构酶Ⅰ在毕赤酵母中的表达及发酵条件优化

为了在体外以人DNA拓扑异构酶Ⅰ(hTopoⅠ)为靶位进行抗肿瘤化合物的快速筛选,用RT-PCR法从Hela细胞中克隆了hTopoⅠ基因ORF并在毕赤酵母中首次成功表达,表达产物可分泌到发酵上清,易于制备。蛋白酶A缺陷的重组酵母(SMD-hTopoⅠ)分泌重组酶的能力比具有蛋白酶A活性的重组酵母(X33-hTopoⅠ和KM-hTopoⅠ)更高。通过发酵条件的优化,使用BMMY(pH7．25),于20℃,每隔24h补加0．5％(V/V)的甲醇和3％(V/V)的营养液,SMD-hTopoⅠ诱导72h后可表达最高的酶活力(43000u/mL),发酵上清中hTopoⅠ可达11mg/L,约占总蛋白的10％。SDS-PAGE和Westem blot分析显示,表达的hTopoⅠ为91kD蛋白,无糖基化修饰。     

水稻内生真菌Fusarium moniliform ZSU-1次级代谢产物研究

为了探索内生镰刀菌对稻田病害生物防治的物质基础,对一株来自健康水稻茎部的串珠镰刀菌Fuscrium moniliform ZSU-1进行发酵培养,用色谱技术分别对其菌体提取物、发酵液提取物进行活性次级代谢产物分离,得到4个化合物,通过1D、2D NMR、质谱等波谱分析,分别鉴定为镰刀菌酸(1)、镰刀菌酸·脱氢镰刀菌酸缔合物(1:1)(2)、白僵菌素(3)和甘露醇(4).鉴于镰刀菌酸、镰刀菌酸·脱氢镰刀菌酸缔合物(1:1)有较强的抗菌活性,推测这两个化合物对稻田病害生物防治可能有一定的意义.     

嗜水气单胞菌AH-1 quorum sensing 负调控Ⅲ型分泌系统的表达

通过构建嗜水气单胞菌AH-1 Quorum Sensing(QS)2个关键调节基因ahyI,ahyR的突变菌株,来系统分析嗜水气单胞菌AH-1Ⅲ型分泌系统基因,揭示它们由QS系统调控.在ahyI突变菌中,TTSS分泌效应因子(effector)aexT量显著提高.通过构建LacZ-TTSS基因启动子融合表达,进一步表明QS系统负调控编码TTSS组分的基因.     

一个新的细胞粘菌肌动蛋白基因

本文分析了一个细胞粘菌(Dictyostelium discoideum)基因组克隆的核苷酸顺序。这段顺序编码259个氨基酸,并含有一基因5’端非编码区结构。非编码区结构特点及氨基酸顺序表明这是一个新的肌动蛋白基因。基因组中约有15个内切酶消化所得的片段含有与此克隆同源的顺序。     

宏基因组学在微生物活性物质筛选中的应用

采用传统分离培养筛选微生物新活性物质的方法受到很大制约,自然界99%以上的微生物不能培养,其资源开发受到很大限制。环境微生物宏基因组技术应用避开了微生物分离纯培养问题,极大拓展了微生物资源的利用空间,增加获得新活性物质的机会和途径。本文着重介绍宏基因组的概念、研究策略包括DNA提取、文库构建与筛选等及在微生物活性物质筛选中的应用,并对宏基因组研究中存在的问题进行探讨。     

四个类群海洋蛭弧菌类生物生长特性的比较

研究了噬菌弧菌科(Bacteriovoracaceae) 4个类群共12株海洋蛭弧菌类生物(Bdellovibrio- and-like organisms, BALOs)的生长温度和盐度范围及其对6种常见对虾病原弧菌的裂解能力, 并通过透射电镜分析了其中4个代表菌株的形态特征。结果表明, 同一群或亚群内菌株的生长温度或盐度相同, 即类群IV、VI、IX、X菌株的生长温度范围分别为20°C~35°C、15°C~35°C、15°C~ 40°C和10°C~40°C, 最适生长温度为30°C或35°C; 生长盐度范围分别为5‰~40‰、2.5‰~30‰、5‰~60‰和5‰~60‰, 最适生长盐度分别为10‰、5‰、20‰和20‰。测试的6种弧菌中有3种可被全部BALOs裂解, 而其它弧菌仅被部分BALOs裂解, 但即使同一类群菌株, 对某些弧菌也表现不同的裂解能力。形态上, 4株不同类群BALOs均呈典型的弧状细胞, 具极生单鞭毛。     

聚合酶链式反应快速鉴定啤酒有害菌研究

建立了PCR快速鉴定啤酒有害菌的新方法。用基于抗酒花基因horA部分序列的特异引物对啤酒污染乳酸菌进行PCR检测,灵敏度可达到3个细胞(CFU),样品的预培养需12~16h。啤酒有害菌检测所需时间从传统的5d减少到24h。     

水稻植物内生链霉菌中线型和环型质粒的检测

以广东番禺和五山地区水稻植株中分离到的内生链霉菌为对象,调查可能存在的内源质粒.利用脉冲电泳技术从8个菌株中检测到大小在60 kb～410 kb的线型质粒,其中4个菌株的线型质粒可能有保守的端粒复制基因.该结果与土壤链霉菌中检测到线型质粒和具有保守端粒复制基因的比例相似,表明水稻植物组织内部的独特环境不会造成链霉菌线型质粒的多样性分布产生大的变化.此外,从13个菌株中检测到6 kb～60 kb的环型质粒.