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为了解四川核桃(Juglans)种质资源的遗传多样性,利用RAD二代测序技术对42份核桃良种资源进行测序,分析其遗传结构和遗传多样性。结果表明,共获得70G clean data,Q30平均为96.3%,并获得160 309个多态性SNPs。聚类、遗传结构和主成分分析结果高度一致,42份种质资源聚为两大类,基本反映了两个原始祖先血统,即普通核桃类(AJR,33份)和泡核桃类(AJS,9份),两类群具较高的遗传分化(FST=0.285),且分类与地理位置分布和种群相关;且修正了‘威薄01’、‘白龙1号’和‘石棉巨核’3个品种的类群认定。AJS和AJR类群中分别有9和14个良种为纯血统且亲缘关系较远,而其余的良种均为两个血统的混杂。42个核桃良种资源的核苷酸多样性[Pi(π)]和期望杂合度(He)分别为0.029和0.286,表明这些资源具有丰富的遗传多样性,相对于AJR类群,AJS类群的杂合率(He)与核苷酸多态性更大,而SNP数更少,AJS遗传多样性更丰富。这些为四川的核桃种质资源保存和杂交育种研究奠定了基础。  相似文献   
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四川核桃良种SSR指纹图谱构建及遗传多样性分析   总被引:1,自引:0,他引:1       下载免费PDF全文
为构建四川核桃良种指纹图谱,分析遗传多样性,增强品种间的区分能力,该研究利用SSR标记技术,对四川29个核桃良种进行遗传多样性和聚类分析。结果表明:(1)11对SSR引物共检测到121个基因型和80个等位基因,平均每个位点7.273个等位基因和11个基因型。(2)11个位点的平均有效等位基因数为3.644,平均观察杂合度为0.645,平均期望杂合度为0.718,平均香农信息指数为1.518,平均多态信息含量为0.680。(3)采用引物组合法利用引物wga001、wga032和zmz02构建了29个核桃品种的指纹图谱。(4)聚类分析结果表明,29个核桃品种按照品种类型优先聚类,四川本地核桃品种聚类关系与地理来源没有明显的相关性。研究认为,选用的11个SSR标记能够较好地运用于四川核桃品种的遗传多样性研究(PIC0.5);29个四川核桃品种间亲缘关系较近,遗传基础相对较窄。  相似文献   
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