铁皮石斛GRAS转录因子家族基因SCL3克隆及表达分析

GRAS家族是一类植物特有的转录调控因子,参与调控植物生长发育及抵御逆境胁迫,并且在赤霉素(gibberellins, GAs)信号转导过程中具有重要作用。本研究采用RT-PCR结合RACE方法从铁皮石斛(Dendrobium officinale Kimura et Migo)原球茎中克隆到了一个转录因子GRAS家族基因SCL3 (scarecrow-like 3)并对其进行了表达分析。该基因cDNA序列全长2 278 bp,命名为DoSCL3 (GenBank注册号:MG252261),其编码425个氨基酸,分子量为47.88 kD,等电点(PI)为6.21。DoSCL3基因编码的蛋白不含跨膜域和信号肽,具有GRAS转录因子家族特有的保守结构域(22~422);多序列比对表明,DoSCL3与小兰屿蝴蝶兰的SCL3蛋白高度同源(相似性达到83%),同时进化树分析结果显示其与小兰屿蝴蝶兰亲缘关系非常相近。qRT-PCR实验结果显示,DoSCL3基因在铁皮石斛种子共生萌发中随着萌发进程的变化(1~3级,萌发至原球茎阶段)其表达量逐渐升高,并且在种子萌发至2级时,共生萌发组表达量显著高于无菌萌发组(为无菌组2.2倍),表明DoSCL3在兰科药用植物铁皮石斛种子共生萌发中菌根共生关系的建立过程起到重要的调控作用。     

鱼类生物群落对太子河流域土地利用、河岸带栖息地质量的响应

河流生态系统的退化是多空间尺度环境因子作用的结果。探讨不同尺度环境因子及水生生物之间的作用关系,识别影响水生生物群落完整性的尺度问题,是有效开展水生生物保护的基础。基于2009年对太子河流域15个样点的鱼类、河岸带栖息地质量评价,结合遥感影像解译的太子河流域土地利用情况(包括流域尺度和河段尺度),研究鱼类完整性指数(F-IBI)与两种尺度土地利用、栖息地质量参数之间的关系。结果表明太子河上游地区河岸栖息地质量较好,下游地区由于农业用地、城镇用地比例的增加河岸栖息地质量明显下降。F-IBI与自然用地比例呈正相关,与农业、城镇用地比例呈负相关。农业用地对F-IBI的影响体现在流域尺度,而城镇用地在两种尺度上都存在显著影响。相比于农业用地,城镇用地相同比例的增加会导致F-IBI更快的下降。底质、水质状况、人类活动强度是显著影响F-IBI的栖息地质量评价参数。3项参数均随农业和城镇用地比例增加而降低,农业用地主要在流域尺度上对3项参数产生影响,城镇用地主要影响底质和水质状况2项参数,而在两种尺度上的影响相差不大。     

辽河流域大型底栖动物耐污值

大型底栖动物耐污值是构建河流生物评价指标的基础。受自然地理区域影响,同一分类单元的耐污值会出现地域上的差异,因此计算和修订适用于某一研究区域的耐污值是准确评价该区域河流健康状况的前提。目前尚未有针对我国北方河流大型底栖动物耐污值计算和修订的报道,基于2009年春季、秋季和2010年夏季在辽河流域308个样点的大型底栖动物数据,采用Simpson多样性指数的水质分级标准对所有样点的水质等级进行了划分,并利用累积分位数法计算获得了辽河流域大型底栖动物195个分类单元的耐污值;同时参考专家经验和相关文献核定了其余71个分类单元的耐污值。依据耐污值敏感特征划分标准,辽河流域大型底栖动物优势类群以敏感种和一般耐污种为主,两者几乎占到总分类单元数的84%,耐污类群种类较少,仅占16%。其中敏感类群有齿蛉科Corydalidae,襀科Perlidae,原石蛾科Rhyacophilidae,细裳蜉科Leptophlebiidae等;一般耐污类群有纹石蛾科Hydropsychidae,四节蜉科Baetidae,扁蜷螺科Planorbidae等;耐污类群有颤蚓科Tubificidae、石蛭科Erpobdellidae等。     

灰毡毛忍冬LmCCoA OMT基因的全长克隆及功能初步分析

绿原酸是灰毡毛忍冬生长发育过程中产生的重要的次级代谢产物,而CCoA OMT是绿原酸合成过程中的关键基因.为进一步揭示灰毡毛忍冬LmCCoA OMT基因的功能,本研究利用RACE技术克隆LmC-CoA OMT全长基因,通过生物信息学进行分析,并在大肠杆菌中表达该蛋白.此外,通过RT-qPCR和HPLC的方法研究CCoA OMT基因表达量和绿原酸的含量之间的相关性.结果显示LmCCoA OMT基因全长1 096 bp(GenBank:MN103348),ORF 735 bp,编码245个氨基酸.系统进化树分析发现LmCCoA OMT与藤本植物牵牛花的亲缘关系最近.生物信息学分析表明LmCCoA OMT的氨基酸序列不具有跨膜结构,其蛋白三级结构主要以α-螺旋和无规卷曲的形式存在.在大肠杆菌BL21(DE3)中表达结果显示,其分子量为31.36 kD.RT-qPCR及HPLC结果表明,CCoA OMT基因在灰毡毛忍冬和金银花早期花中表达量最高,在末期表达量最低,且表达量与绿原酸含量有相关性.本研究为深入研究LmCCoA OMT基因功能及阐明灰毡毛忍冬绿原酸合成的分子机制提供了科学依据.     

浑河流域2010-2014年的鱼类群落和水生态健康变化分析

为了解浑河流域鱼类群落结构的变化趋势和水生态健康变化,分别于2010年和2014年对浑河流域46个采样点进行了鱼类和环境因子调查。其中2010年采集到鱼类15039尾,隶属于6目9科32种;2014年采集到鱼类10483尾,隶属于6目10科41种。Mann-Whitney U检验表明从2010年到2014年鱼类总物种数、香农多样性指数、底层物种数百分比、植食性和肉食性个体数百分比等鱼类特征参数显著上升。典型对应分析（CCA）结果表明,2010年显著影响鱼类群落结构的环境因子为流速、电导率、河流等级和钙离子浓度;而2014年显著影响鱼类群落结构的环境因子则为电导率、河流等级和氨氮浓度。2010年和2014年的鱼类完整性指数（FIBI）评分分别为48.7624.82和50.4117.35,与2010年的评价结果相比,2014年F-IBI结果稍有改善,其中极好和好的点位数分别少3个和1个,一般的点位数多9个,而极差和差的点位分别少4个和1个。     

牙鲆GH基因第1外显子区微卫星标记与幼鱼生长性状的相关分析

摘要：以牙鲆（Paralichthys olivaceus）一个养殖群体中的100个个体为研究材料,分析了其GH基因第1外显子区域中微卫星座位的多态性,同时对各基因型与其体重、体长等生长性状进行了关联性分析。结果表明,该外显子微卫星座位具有一定的多态性,共检测到3个等位基因(A、B、C)、5种基因型,这3个等位基因的频...