丙酮醛诱导细胞凋亡相关基因COX-VA的生物信息学分析

在用基因芯片技术检测丙酮醛诱导人牙周膜成纤维细胞凋亡的基因表达研究中，发现一个未知基因表现为显著下调，其名称是COX—VA，并推测该基因与细胞凋亡密切相关。因此利用生物信息学方法对COX—VA基因及其蛋白产物进行各种分析，发现COX—VA基因与细胞色素C氧化酶具有较高的相似性。COX—VA在细胞中低表达与丙酮醛造成线粒体DNA损伤所引发的细胞凋亡相关。     

落叶松八齿小蠹与长喙壳真菌间的种特异性伴生关系

小蠹虫与长喙壳类真菌(Ophiostomatoid fungi)在自然界中形成稳定的伴生关系,是森林生态系统内一种普遍的生态学现象。已有研究表明欧亚大陆的齿小蠹属(Ips)昆虫与多种长喙壳类真菌形成广泛的伴生关系,其中部分真菌是重要的针叶树病原菌。随着借助于DNA信息特征的系统发育分析,揭示出形态特征和亲缘关系十分接近的3种齿小蠹属昆虫,云杉八齿小蠹(I.typographus),欧洲落叶松八齿小蠹(I.cembrae)和亚洲落叶松八齿小蠹(I.subelongatus)确定为不同种之后,相应地与之稳定伴生的长喙壳类真菌Ceratocystis polonica也由过去一个种揭示为3个种的复合体,各自与3种小蠹虫稳定伴生,形成密切的种特异性伴生关系。小蠹虫与真菌的种特异性伴生被认为是处于同一森林生态系统内的生物协同进化的结果。通过对我国东北地区落叶松八齿小蠹虫体、坑道标本上伴生真菌菌株的采集、分离和生理学、形态学特征观察,以及基于ITS、β-tubulin、MAT-2 HMG box多位点DNA序列的系统发育分析,首次确定了长喙壳真菌Ceratocystis fujiensis在我国东北地区异域分布的3种落叶松林内普遍存在,与落叶松八齿小蠹形成稳定的伴生关系。作为亚洲落叶松八齿小蠹伴生的主要真菌,也是伴生菌区系中的先锋种和致病力最强的病原菌,C.fujiensis在我国落叶松人工林的广泛分布值得高度重视,将为制定防治病虫复合危害的有效策略和措施提供科学基础。研究结果进一步支持了齿小蠹属昆虫与长喙壳真菌间的种特异性伴生假说。同时,多基因序列特征表明落叶松八齿小蠹与C.fujiensis在亚洲范围内的不同地理种群存在着显著的遗传多样性,预示特异性伴生在不同种群间发生的可能,可以为种特异性伴生假说和小蠹虫-真菌间共生关系的研究提供良好的模式材料。     

丙酮醛诱导细胞凋亡相关基因SHMT2L的生物信息学分析

基因芯片是一种高通量地同时研究多个基因表达的有力工具.在用基因芯片技术检测丙酮醛诱导人牙周膜成纤维细胞凋亡的基因表达研究中.发现一个新基因SHMT2L,其表达为显著下调,并推测该基因与细胞凋亡密切相关.利用生物信息学方法对SHMT2L基因及其蛋白产物进行各种分析,结果发现SHMT2L基因与线粒体丝氨酸羟甲基转移酶具有较高的相似性.SHMT2L在细胞中低表达与丙酮醛造成DNA损伤所引发的细胞凋亡相关.