联合TCGA和GEO数据库筛选乳腺癌易感基因

本研究是利用公共基因芯片数据库筛选乳腺癌的预后基因,预测和探索这些基因在乳腺癌进展中的可能机制和临床价值.首先,我们筛选了公共基因芯片数据库(gene expression omnibus,GEO)GSE22820和癌症基因组图谱(the cancer genome atlas,TCGA)乳腺癌数据库的重叠差异表达基因,联合R语言分析乳腺癌组织与癌旁正常组织差异表达的基因;其次,基于STRING数据库及Cytoscape软件构建蛋白质相互作用网络图,分析并识别了中枢基因和前3个模块;之后进行了更多的功能分析,包括基因本体(gene ontology,GO)和京都基因与基因组百科全书(kyoto encyclopedia of genes and genomes,KEGG)通路分析以及基因集富集分析(gene set enrichment analysis,GSEA),以研究这些基因的作用以及潜在的潜在机制;最后进行了Kaplan-Meier分析和Cox比例风险分析,以阐明这些基因的诊断和预后效果.相关数据分析表明15个基因的表达水平与生存预后相关,高表达基因患者的总生存时间短于低表达患者(P＜0.05);Cox比例风险分析表明UBE2T、ER-CC6L和RAD51这3个基因是预后生存的独立因素(P＜0.05);GSEA分析表明在UBE2T、ERCC6L和RAD51基因中细胞周期、基础转录因子和卵母细胞减数分裂明显富集.最终,我们得出结论,这3种基因标志物的高表达是乳腺癌预后不良因素,可作为预测乳腺癌患者转移和预后的有效生物标志物.     

TGF-β1和FBRS可指示肝纤维化发展程度

为了探讨转化生长因子(TGF-β1)、外周血纤维化蛋白(FBRS)表达水平变化与肝纤维化发生发展的相关性,本研究选取自2015年5月至2017年6月间在我院诊治的慢性病毒性肝炎患者120例,设为肝炎组。采用免疫组化法检测肝组织TGF-β1的表达水平,酶联免疫分析检测血清中TGF-β1的含量,RT-PCR检测外周血单个核细胞FBRS mRNA的表达水平,分析TGF-β1、FBRS与肝纤维化程度的相关性。研究结果表明:随肝纤维化程度的不同,肝组织TGF-β1、血清TGF-β1表达水平、FBRS mRNA表达水平与肝脏胶原含量同步性升高(p<0.05)。进一步的相关分析表明:肝组织TGF-β1水平、FBRS mRNA与肝纤4项检查,即血清Ⅲ型前胶原(PC-Ⅲ)、Ⅳ型胶原片段(Ⅳ-C)、层粘连蛋白(LN)和透明质酸(HA)水平之间均呈正相关。本研究结果初步得出结论,慢性病毒性肝炎肝组织TGF-β1、血清TGF-β1表达水平、外周血FBRS的表达水平与肝组织纤维化程度呈正相关。