用生物信息学方法寻找肝癌特异性表达基因转录调控模式

为了对肝癌(hepatocellularcarcinoma,HCC)的分子发病机理进行研究,首先对肝癌基因表达谱数据用t-检验算法进行了分析,找到了肝癌中特异性表达基因(characteristicgenes).然后把这些基因结合已知的肝HNF家族转录因子染色质免疫共沉淀结合DNA启动子芯片(ChIP-chip)实验数据用SAEM算法进行分析,得到了肝癌特异性表达基因的转录调控关系,并寻找到了多个HNF家族转录因子调控单基因的转录调控模式.结果表明HNF家族转录因子对大量具有重要功能的肝癌特异性表达基因进行了转录调控,并且多个HNF家族转录因子调控单基因可以形成前馈环和多输入调控等模式.     

棉花脱水应答元件(DRE)结合蛋白GhDBP1的原核表达、纯化及其DNA结合活性

棉花是一种重要的经济作物,其生产和产量要受到干旱、低温和高盐等环境胁迫的影响,因此提高棉花对这些胁迫的抗性非常重要.脱水应答元件(DRE-dehydrationresponsiveelement)结合蛋白(DBP)在调节植物对环境胁迫的抗性中起到非常重要的作用.而且过量表达DBP类基因的转基因植株能够很好抵抗这些环境胁迫,所以研究棉花中此类DRE元件结合蛋白对棉花生产有非常重要的意义.在以前的工作中,从棉花中分离一个DBP基因,命名为GhDBP1并在转录水平上分析它在棉花植株中的表达特征.在研究中,报道了GhDBP1的原核表达、纯化和它的DNA结合特性.GhDBP1基因的编码区用PCR技术扩增出来插入到原核表达载体pET28a中,并转化到大肠杆菌菌株BL21(DE3)中.经过IPTG诱导,GhDBP1融合蛋白在BL21(DE3)菌株中成功进行表达.利用Ni-NTA亲和层析技术得到了纯化的融合蛋白.在非同位素的凝胶滞留实验中,纯化的GhDBP1融合蛋白能够结合到含有DRE元件的DNA片段上.另外,用SWISS-MODEL软件对GhDBP1蛋白的DNA结合区的三维结构进行了计算机模拟.模拟的结果显示,GhDBP1蛋白的DNA结合区的主链结构和折叠模式与已知的拟南芥GCC盒结合蛋白AtERF1的DNA结合区结构很相似.这些结果显示了GhDBP1是一个脱水应答元件(DRE)结合的转录因子,并可能运用与AtERF1的DNA结合区相似的结构和它的目标序列脱水应答元件(DRE)相结合.     

血液或无菌体液培养阳性标本中病原菌检测结果分析

目的：了解血培养（包括血液、无菌体液培养,下同）阳性标本中病原菌的分布及阳性报警时间,为临床及时明确病原菌和正确用药提供参考依据。方法：无菌条件下采集血培养标本注人相应的培养瓶,经仪器扫描后放入血培养仪进行检测,报警后及时进行菌种鉴定和药敏试验。结果：364例阳性报警标本中真阳性标本为176例,其中革兰阳性菌占61．7％,革兰阴性菌占35．0％,真菌占3．3％;188例为假阳性标本,其中革兰阳性菌占54％,革兰阴性菌占41．9％,真菌占4．0％;新生儿科的感染阳性率最高;不同种类病原菌的阳性报警时间多重叠;临床医生经验用药正确或根据药敏结果更换用药的百分比为78．2％。结论：本院引起血液、无菌体液感染的病原菌以革兰阳性细菌为主,病原菌种类较多,存在一定的污染;当新生儿有局部感染时要警惕脓毒血症;单独靠血培养仪报警时间来鉴定区分病原菌与污染菌不一定可靠,及时了解血培养结果及标准药敏结果可以辅助找出感染性疾病的病因,尽早正确合理的使用抗菌药物,从而优化抗菌治疗。     

祛瘀散烫疗对髋部骨折术后下肢深静脉血栓预防效果观察

目的观察中药制剂祛瘀散烫熨术对髋部骨折术后下肢深静脉血栓(DVT)的预防价值。方法选取髋部骨折术后患者100例,随机分为对照组和观察组各50例。对照组患者术后按常规方法护理,观察组患者术后在常规护理基础上于术后24h拔除引流管后加用中药祛瘀散对术肢进行烫熨,观察比较两组患者术前、术后组内及组间血浆D-二聚体指标变化情况。结果两组患者术前血浆D-二聚体比较,差异无统计学意义(P0.05);术后两组患者血浆D-二聚体比较,观察组明显低于对照组(P0.05)。结论中药制剂祛瘀散烫熨术对髋部骨折术后下肢DVT形成有预防作用,可降低术后下肢深静脉血栓形成的风险,减少髋部骨折术后并发症的发生。     

WBSCR22在脑胶质瘤中的表达与临床病理特征及预后关系

摘要 目的：探索WBSCR22在脑胶质瘤中的表达及与临床病理特征和预后的关系。方法：通过生物信息学数据库,分析WBSCR22表达与脑胶质瘤生存的关系、在不同种族脑胶质瘤表达差异。通过免疫组织化学法检测WBSCR22在171例脑胶质瘤组织芯片中的表达,分析其与脑胶质瘤患者临床病理特征及总生存期的关系。结果：生物信息学分析显示脑胶质瘤WBSCR22表达高的患者生存期较表达低的患者短（P<0.05）。亚洲人群脑胶质瘤中WBSCR22表达较高加索人、非洲人种表达升高（P<0.05）。组织芯片学结果显示：不同肿瘤分级、复发与否的脑胶质瘤患者WBSCR22的表达存在差异,差异具有统计学意义（P<0.05）。不同性别、年龄患者脑胶质瘤细胞 WBSCR22表达率比较,差异无统计学意义（P＞0.05）WBSCR22高表达患者的总生存期明显短于WBSCR22低表达患者的总生存期（P<0.01）。结论：WBSCR22在亚洲人群脑胶质瘤中表达较高,其表达水平与肿瘤分级相关,且脑胶质瘤细胞WBSCR22表达水平越高,总生存期越短。     

颅内动脉瘤夹闭术、血管内栓塞术治疗颅内动脉瘤的疗效及安全性研究

目的:探讨颅内动脉瘤夹闭术、血管内栓塞术治疗颅内动脉瘤的疗效及安全性。方法:回顾性分析2016年9月-2019年1月接受手术治疗的76例颅内动脉瘤患者的临床资料,根据手术方式的不同分为接受颅内动脉瘤夹闭术治疗的A组40例和接受血管内栓塞术治疗的B组36例。对比两组患者的动脉瘤完全闭合率、住院费用及血清炎性因子[C反应蛋白(CRP)、白介素-1β(IL-1β)、白介素-6(IL-6)、肿瘤坏死因子-α(TNF-α)]、脑氧饱和度水平及日常生活能力量表(ADL)评分值,记录并发症发生情况。结果:两组患者的动脉瘤完全闭合率比较差异无统计学意义(x~2=0.515,P=0.473)。A组患者的住院费用低于B组患者(t=17.732,P=0.000);A组患者术后血清中CRP、IL-1β、IL-6、TNF-α的水平高于B组(t=10.580、12.904、9.355、19.176,P均=0.000);A组患者术后脑氧饱和度水平低于B组(t=2.113,P=0.019),两组ADL评分值的差异无统计学意义(t=1.211,P=0.115);A组术中再破裂、脑血管痉挛发生率高于B组患者(x~2=4.817、5.383,P=0.028、0.020)。结论:颅内动脉瘤夹闭术应用于颅内动脉瘤患者,动脉瘤完全闭合率与血管内栓塞术无明显差异,住院费用更低,但对目标血管的刺激较大,可能存在术中再破裂、脑血管痉挛等风险。     

蛋白质亚细胞定位的生物信息学研究

细胞中蛋白质合成后被转运到特定的细胞器中,只有转运到正确的部位才能参与细胞的各种生命活动,如果定位发生偏差,将会对细胞功能甚至生命产生重大影响.蛋白质的亚细胞定位是蛋白质功能研究的重要方面,也是生物信息学中的热点问题,数据库的构建和亚细胞定位分析及预测加速了蛋白质结构和功能的研究.     

CH50真核表达载体pCH503的构建及小鼠体内表达的趋化与抗肿瘤活行

构建重组FN多肽CH50真核表达载体并在小鼠体内表达,研究其趋化与抗肿瘤作用.采用重组DNA技术构建表达质粒;体内进行基因转染,采用RT-PCR鉴定导入基因的表达;通过肝素亲和层析、SDS-PAGE和Western blot鉴定表达产物;腹腔细胞计数、Giemsa染色分析以及肌肉组织切片与染色观察体内基因转染后的趋化作用;小鼠黑色素瘤模型研究基因转染抑制肿瘤的作用.从CH50原核表达载体获得重组多肽的cDNA,5＇端加上小鼠IFN-γ5＇端非编码区和信号肽编码区的cDNA,3＇端加上人FN cDNA的3＇端非编码区;将重组cDNA插入pREP8质粒,即构建出pCH503质粒.巨噬细胞在体内经pCH503转染,然后在体外培养,能够产生CH50多肽.以pCH503分别进行腹腔基因转染和肌肉内基因转染,均可对免疫细胞产生趋化作用;pCH503体内转染可以使小鼠腹腔内黑色素肿瘤结节数降低50%～601.CH50真核表达载体pCH503可在小鼠体内表达,体内基因转染可趋化免疫细胞和抑制肿瘤结节形成,在肿瘤综合治疗中有重要意义.     

CH50真核表达载体pCH503的构建及小鼠体内表达的趋化与抗肿瘤活性

构建重组 FN多肽 CH50真核表达载体并在小鼠体内表达 ,研究其趋化与抗肿瘤作用 .采用重组 DNA技术构建表达质粒 ;体内进行基因转染 ,采用 RT- PCR鉴定导入基因的表达 ;通过肝素亲和层析、SDS- PAGE和 Western blot鉴定表达产物 ;腹腔细胞计数、Giemsa染色分析以及肌肉组织切片与染色观察体内基因转染后的趋化作用 ;小鼠黑色素瘤模型研究基因转染抑制肿瘤的作用 .从 CH50原核表达载体获得重组多肽的 c DNA,5′端加上小鼠 IFN- 5′端非编码区和信号肽编码区的 c DNA,3′端加上人 FN c DNA的 3′端非编码区 ;将重组 c DNA插入 p REP8质粒 ,即构建出p CH50 3质粒 .巨噬细胞在体内经 p CH50 3转染 ,然后在体外培养 ,能够产生 CH50多肽 .以p CH50 3分别进行腹腔基因转染和肌肉内基因转染 ,均可对免疫细胞产生趋化作用 ;p CH50 3体内转染可以使小鼠腹腔内黑色素肿瘤结节数降低 50 %～ 60 % . CH50真核表达载体 p CH50 3可在小鼠体内表达 ,体内基因转染可趋化免疫细胞和抑制肿瘤结节形成 ,在肿瘤综合治疗中有重要意义 .     

重组FN多肽CH50抑制黑色素瘤B16细胞体内转移的研究

目的研究重组纤黏连蛋白（FN）多肽CH50对小鼠黑色素瘤B16细胞体内转移的影响,以探讨CH50多肽抑制肿瘤转移的可能分子机制。方法体外培养黑色素瘤B16细胞,用荧光染料CFSE标记,接种脾脏后24h取脾、肝、肺做冰冻切片,观察肿瘤细胞在3种组织中的侵袭情况。从脾脏接种B16细胞,建立体内肿瘤转移动物模型,采用基于流体动力学的体内基因转染方法于小鼠体内表达CH50多肽,RT-PCR检测CH50mRNA在肝组织的表达,Western印迹检测CH50多肽的表达。通过比较原位肿瘤结节及转移结节在数量、大小、分布上的差异及检测原位肿瘤组织中MMP-2、MMP-9表达差异,观察CH50多肽的治疗效果。结果注射24h后即可在脾脏形成荧光结节。pCH510质粒通过尾静脉注射后,可在肝组织中检测到CH50mRNA及CH50多肽的表达。从脾脏接种B16细胞后第14天可在脾脏形成原发肿瘤,至第35天肝脏表面已形成转移瘤结节,成功建立了体内器官问（脾转肝）肿瘤转移动物模型。体内转染表达CH50多肽能抑制肿瘤生长、侵袭和转移,抑制原位肿瘤结节中MMP-2、MMP-9的表达。结论CH50多肽可以通过对MMP-2、MMP-9蛋白表达的抑制作用来抑制黑色素瘤B16细胞的成瘤能力和体内侵袭、转移能力。