mRNA很可能携带三维遗传信息(英文)

ｍＲＮＡ很可能携带三维遗传信息ＭＥＳＳＥＮＧＥＲＲＮＡＰＲＯＢＡＢＬＹＣＡＲＲＩＥＳＴＨＥＴＨＲＥＥ－ＤＩＭＥＮＳＩＯＮＡＬＧＥＮＥＴＩＣＩＮＦＯＲＭＡＴＩＯＮＴｈｅｆｏｒｍｉｎｇｍｅｃｈａｎｉｓｍｏｆｔｈｅｔｈｒｅｅ－ｄｉｍｅｎｓｉｏｎａｌｓｔｒｕ...     

新型平均势函数在蛋白质反向折叠中的应用

利用蛋白质主链的极性分数及主链二面角为参量,构建了一种基于蛋白质结构数据库的势函数。将该势函数应用于蛋白质反向折叠研究中,发现该函数可成功地将蛋白质分子的天然构象从构建的构象库中识别出来;将一目标序列与构象库的每一可能的构象匹配,并用该势函数计算相应的能量,结果表明对绝大多数蛋白质分子来说,天然的构象的能量值总是最低。此外,该函数还将一些序列相似性较低,而结构相似性较高的蛋白质分子识别出来。我们认     

基于结构分类的蛋白质折叠模式识别方法

对用于折叠模式识别的蛋白质结构数据库进行结构分类,构建了四个分类库：Ａｌ－α库,Ａｌ－β库,α／β库,α＋β库和一个总库,然后分别统计出不同灵敏度的匹配评估函数（平均势）。对不同的平均势,不同结构类型的蛋白进行的检验发现：来源于α／β库的平均势预测能力最强,来源于Ａｌ－α库的平均势预测能力最弱;对α／β蛋白的预测成功率最高,对Ａｌ－α蛋白的预测成功率最低。这与α／β蛋白结构最规则,Ａｌ－α蛋白未加入辅基不能反映出结构的全部特征是相一致的     

SH2结构域:一个潜在的药靶

众多包含SH2结构域(src homology 2 domain)的蛋白质在细胞内信号传导过程中起到重要作用,它们通过SH2结构域特异性结合包含磷酸化酪氨酸的蛋白质.sH2结构域保守的结构特征和重要的功能使它成为一种潜在的药物作用靶标.基于其结合靶蛋白序列设计的sH2结构域的抑制剂为治疗胞内信号通路异常引起的疾病提供了很好的方向.本文简述了sH2结构域的结构特征,结合特异性和抑制剂设计的进展.     

寡糖的构象分析

糖在生物体内具有极为重要的生物学功能,其在细胞及分子识别等许多过程中的作用已日益得到重视,糖的结构特征已成为研究识别过程的重要依据.集中介绍了有关寡糖结构的基本概念、理论研究热点及现状,并对有关研究方法进行了评述．寡糖结构理论研究的发展方向之一是研究糖与蛋白质的相互作用以及糖蛋白中糖链的结构与功能.     

应用死端排除法考虑分子对接中的侧链柔性

假设分子对接面的紧密堆积类似于蛋白质内部的紧密堆积,因此用于蛋白质内部的侧链构象预测方法,如死端排除法,可应用于分子对接面内的侧链构象预测。应用９个晶体结构对这一假设进行检验。结果表明假设基本正确。对２个蛋白酶和抑制剂的应用比较成功。９个配体中的７个有正确的均方根差的趋势。还发现受体结构的柔性较小,说明由于对接面的紧密堆积产生的侧链构象变化很小。根据这些结果,提出一个新的分子对接流程图,即在刚体对     

生长激素分泌促进剂及构效关系研究进展

生长激素分泌促进剂是一类作用于垂体和下丘脑的具有专一性促生长激素释放作用的寡肽及其类似物.由于其分子质量小、活性高、可口服、作用专一而有可能成为新的生长激素治疗药物.目前已经发展了很多具有此类活性的多种结构的化合物,如肽、环肽、肽醇及非肽类似物等.尽管这类化合物的作用机制尚未完全明确,但已有证据表明存在新的调节生长激素分泌的途径和新的调节因子.     

蛋白质全新设计的现状和展望

对蛋白质全新设计的方法、设计原则、迄今为止取得的成就和存在的问题及目前面临的困难进行了综述.     

应用死端排除法考虑分子对接中的侧链柔性

假设分子对接面的紧密堆积类似于蛋白质内部的紧密堆积,因此用于蛋白质内部的侧链构象预测方法,如死端排除法,可应用于分子对接面内的侧链构象预测。应用９个晶体结构对这一假设进行检验,结果表明假设基本正确。对２个蛋白酶与抑制剂的应用比较成功。９个配体中的７个有正确的均方根差的趋势。还发现受体结构的柔性较小,说明由于对接面的紧密堆积产生的侧链构象变化很小。根据这些结果,提出一个新的分子对接流程图,即在刚体对接后加入对接面中氨基酸残基的侧链构象预测。对一个蛋白酶与抑制剂的复合结构的应用表明对接中的正确解的信号与噪音比相对错误解增加了。