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黄绿卷毛菇(Floccularia luteovirens)是广泛分布于青藏高原高寒草甸的一种重要的可食用的菌根真菌。先前的研究利用EST-SSR引物已经对该物种的遗传多样性及群落结构进行了研究,但研究表明EST-SSR位点多态性较低,因此想要进一步探讨形成现有遗传分布格局的机制(该物种小尺度空间范围内基株的密度及大小)需要重新开发具有更高多态性的基于核基因的微卫星位点。本研究利用RAD测序技术使用直接测序分析的方法重新开发了12对具有多态性的引物。测序结果去接头拼装后共获得46 036条重叠群。在这些序列当中共扫描到342条含有重复单元的序列,在这当中70.47%为三碱基重复(241),8.19%为二碱基重复(28)。随机选取48对检测,12对具有多态性且测序结果良好,基于3个居群63个个体的遗传多样性研究显示,所有样品中共获得60个单倍型,每个位点的单倍型数量介于2 (GSSR26L)至9 (GSSR7L,GSSR11L)之间。Gst值介于-0.03(GSSR46L)至0.28(GSSR6L)之间、Fst值介于-0.03(GSSR33L)至0.42(GSSR6L)之间。在引物GSSR47L扩增测序中发现,其扩增出的片段不仅具有重复单元数量的变化,重复单元本身也存在突变的现象,这是之前使用聚丙烯凝胶电泳所检测不到的。本研究获得的微卫星引物将为接下来小尺度空间下研究黄绿卷毛菇基株的密度、大小及动态变化提供有力的支持。 相似文献
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记载了中国虎耳草属Saxifraga二新种, 即班玛虎耳草S. banmaensis J. T. Pan和丁青虎耳草S. dingqingensis J. T. Pan。其中, 班玛虎耳草仅见于青海班玛, 与小伞虎耳草S. umbellulata Hook. f. &; Thoms.近缘, 但其萼片先端具软骨质短尖头, 花瓣线形, 非提琴状长圆形至提琴形, 基部无爪, 可资区别。丁青虎耳草见于西藏丁青, 与近加拉虎耳草S. llonakhensis W. W. Smith相似, 但其萼片3脉, 于先端汇合成1疣点, 花瓣具8痂体和4-5脉, 基部截形或近耳形, 可以区别。此两种均系中国特有种, 隶属于莲座状亚组subsect. Rosulares Gornall。 相似文献
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青藏高原红景天药材的HPLC指纹图谱 总被引:5,自引:3,他引:2
利用高效液相色谱法建立了青藏高原红景天的色谱指纹图谱。固定相采用C28反相色谱柱,流动相为甲醇:0.1%磷酸水(v/v=15:85);检测波长220nm;流速为1.0mL/min。通过比较发现红景天样品的8个主要共有峰.可作为鉴别红景天药材的主要依据。方法简便快速。为中药品种的鉴定提供了较全面的信息。 相似文献
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山羊臭组(Saxifraga sect. Ciliatae Haworth)隶属于虎耳草属(Saxifraga Tourn. ex L.),具有极高的物种丰富度,但山羊臭组内部的系统发育关系一直都未能很好解决。唐古拉亚组(S. subsect. Hirculoideae Engl.)是山羊臭组中最大的亚组,主要分布于青藏高原及其周边地区。根据形态特征,可将唐古拉亚组划分为3个复合群,其中叶背边缘有突起叶脉的物种被归入异叶虎耳草复合群(S. diversifolia complex)。本研究通过标本查阅,选取异叶虎耳草复合群24个物种、2变种共657份标本,对其24个定性性状信息进行主成分分析和聚类分析;获取443条地理分布信息,构建复合群的分布式样。特征值大于1的前7个主成分的累计贡献率较低,仅为67.748%。“茎生叶是否具柄”“中下部茎生叶形态”“花序类型”“中下部茎生叶大小”“萼片脉纹于先端汇合”“叶基心形”等性状对前3个主成分的贡献值大,可作为异叶虎耳草复合群物种分类与鉴定的关键性状。基于形态聚类结果和地理分布式样,可将异叶虎耳草复合群划分为3个分支:喜马拉雅山南坡分支、环四川盆地山区分支以及横断山分支(包含一个广布种S. egregia)。主成分分析结果支持将异叶虎耳草复合群划分为3个分支。 相似文献
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基于RAD-seq简化基因组测序技术获得椭圆叶花锚(Halenia ellipitica D.Don)简化基因组水平上的序列信息并开发SSR分子标记。利用SR search软件检测而得到双端各有至少100 bp的五种类型的SSR(二、三、四、五、六核苷酸)位点共6 201个,并成功设计其中3 865个SSR引物。在能成功设计引物的SSR位点中,三核苷酸SSR位点最多;重复序列长度包括17种(12~36 bp);重复序列的基序共达316种,其中五核苷酸基序种类最多(91种)。从中挑选65对可对应五种SSR类型的引物,经梯度PCR检验后,利用椭圆叶花锚的4个居群32个个对可扩增的引物进行PCR和聚丙烯酰氨凝胶电泳检测,其中14对引物能在绝大多数个体中扩增,且13对具多态性。13个多态性位点的等位基因数量均值为5.462,多态性较高且不连锁(P0.05);其中10个位点在多数居群中偏离哈迪温伯格平衡(P0.01)且存在较高的纯合子数量(观测杂合度Ho均值0.226);近交系数在-0.443~1,均值为0.656;基因流N_m为0.474。 相似文献
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双蝴蝶属和蔓龙胆属(龙胆科)种子表面特征的研究 总被引:4,自引:1,他引:3
在扫描电镜下观察了龙胆科双蝴蝶属8个种和蔓龙胆属6个种的种子表面纹饰,观察结果表明,2属的种子表面特征均为网状纹饰类型。其中Tripterospermun cordatum,T.volubile,T.chinense,T.discoideum,T.japonicum,T.filicaule,Crawfurdia delavayi和C.pri-cei的种子表面为细网状;T.hirticalyx,T.pingbianense,C.puberula,C.tibetica,C.campanu-lacea和C.crawfordioides的种子表面为粗网状,在龙胆属Gentiana的不同组中均存在网状纹饰,因此,从种子表面特征可看出,龙胆属,双蝴蝶属和蔓龙胆属3属间具较近的亲缘关系。同时,在双蝴蝶属中,种之间在种子表面特征上有分化。在表面纹饰的具体特征上存在较大差别,而在蔓龙胆属中种间差别很小,仅在一些种子表面有无附属物上存在差异。 相似文献
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虎耳草属Saxifraga山羊臭组sect. Ciliatae是该属中最大的一个组, 共有175种, 主要分布在喜马拉雅地区, 我国分布有166种, 占总种数的95%; 其中, 112种为中国特有。约80%的种类分布在我国青藏高原和西南地区, 是中国喜马拉雅植物成分的代表类群。山羊臭组内物种分化十分显著, 分类处理也很困难, 该组是否为单系类群, 组下的系统发育关系也不清楚, 均需进一步验证。本文测定了虎耳草属山羊臭组及其他组33种植物样品的核糖体DNA内转录间隔区ITS序列, 并从GenBank调取虎耳草组sect. Saxifraga等组和近缘属唢呐草属Mitella共22种植物的该序列。ITS分析结果表明: (1)所研究的山羊臭组类群聚为单独一支, 而且与垫状组sect. Porphyrion、虎耳草组、球茎组sect. Mesogyne和仅在欧洲分布的sect. Cymbalaria和sect. Cotylea等8个组聚成的另一分支构成姊妹群; (2)根据形态特征建立的山羊臭组的3个亚组即唐古拉亚组subsect. Hirculoideae、莲座状亚组subsect. Rosulares和具芽亚组subsect. Gemmiparae各自聚为一支, 但是莲座状亚组这一支的支持率较低。同时, 山羊臭组的鞭匐枝亚组subsect. Flagellares和subsect. Hemisphaericae的代表类群单独聚为一支, 位于具芽亚组类群分支内部而不能成立; (3)唐古拉亚组和莲座状亚组又聚为一亚分支与具芽亚组构成姊妹群, 而且具芽亚组最早从山羊臭组这一支中分化出来。我们的研究还发现山羊臭组内种间形态分化较大, 而ITS碱基变异较小, 这可能是山羊臭组类群在青藏高原及毗邻地区的高山环境下物种快速分化的结果。 相似文献
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莛子藨是莛子藨属的一种多年生草本植物,主要分布在青藏高原东北部及邻近高山地区和日本,为东亚特有种。本文基于叶绿体DNA基因间隔区rbcL-accD序列,对莛子藨物种水平的序列特征、分子遗传多样性和谱系地理结构进行研究。分析结果发现该区域莛子藨种群的遗传变异主要来自于居群间(72.28%),优势单倍型(H2)广泛分布,特有单倍型分散在多个居群。居群间遗传分化系数N_(ST)G_(ST),没有检测到显著谱系地理结构,而且居群间基因流较低(N_m=0.096),青藏高原及其邻近地区特殊地形和生态环境造成的地理隔离或者生境异质化可能是现有单倍型分布格局形成的原因。种群动态历史分析显示莛子藨经历过不显著的种群选择或者扩张事件,综合分析推测莛子藨居群应该是在间冰期或者冰期后从不同避难所扩散形成现在的分布格局,具体避难所还需进一步深入研究才能确认。 相似文献
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微卫星序列(SSR)具有多态性高、共显性遗传等特点,是一种极具价值的分子遗传标记。采用磁珠富集法从高山绣线菊基因组DNA中分离和筛选SSR标记。高山绣线菊基因组经限制性内切酶Mse I酶切后与接头连接,并与生物素标记SSR探针(AC)15和(AG)15杂交,然后通过链霉亲和素磁珠富集、洗脱、PCR扩增、克隆,完成微卫星文库构建。利用载体通用引物和探针序列引物进行PCR扩增,筛选重组克隆并测序,获得112条序列。随机挑选其中60条序列设计的引物,经初期筛选获得多态性引物16对。用所得16对引物对4个居群92个个体的蒙古绣线菊和高山绣线菊进行PCR扩增。统计分析PCR产物的毛细管电泳结果,发现4个居群的平均等位基因数、平均期望杂合度及平均观测杂合度都比较高。64个数据系列(4个居群×16个位点)中的26个显著偏离HardyWeinberg平衡,推测可能由于无效等位基因的存在所引起。分析显示研究开发的16对多态性SSR引物可以用于后续遗传多样性、物种进化与亲缘关系等方面研究,丰富了绣线菊遗传多样性研究的分子标记。 相似文献
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基于454测序技术的青藏高原黄绿蜜环菌微卫星引物的开发 总被引:1,自引:0,他引:1
【目的】本研究利用454焦磷酸测序技术,对青藏高原黄绿蜜环菌(Armillaria luteo-virens)转录组进行测序,从获得的Expressed sequence tags(EST)序列中开发EST-SSR引物。【方法】利用高通量测序获得的EST序列设计微卫星引物,通过PCR扩增、琼脂糖凝胶电泳和毛细管电泳检测筛选出合格的微卫星引物。【结果】共得到了1997121条reads,总数据量超过80Mb,序列平均长度为449bp。对于所获得的reads进行拼接后得到了22236条非冗余的EST序列,其中含有2024条contigs(平均读长974bp)和20212条singletons(平均读长404bp)。在所有序列中共找到321条符合条件的含有SSR的序列,从中随机选择98对,成功开发出27对具有多态性条带的微卫星引物。利用采集自3个不同居群的66个个体对上述27对引物进行验证,有17对引物符合Hardy-Weinberg平衡且没有连锁不平衡现象。【结论】首次成功利用高通量测序技术开发的EST-SSR引物将会对今后黄绿蜜环菌遗传多样性的研究以及种质资源鉴定、遗传图谱构建等打下了坚实基础。 相似文献