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基于高通量测序技术对山羊盲肠细菌多样性的分析 总被引:4,自引:0,他引:4
【背景】由于反刍动物特殊的生理结构,以往研究者主要集中对其瘤胃微生物的结构与组成进行了大量研究,严重忽略了盲肠微生物在营养物质消化和肠道健康方面发挥的重要作用。【目的】采用高通量测序技术分析山羊盲肠细菌的多样性及菌群结构。【方法】选用12只10月龄健康母羊,其平均体重为20.70±1.60kg,饲喂20d后,采集每只山羊的盲肠内容物,提取微生物总DNA,用细菌通用引物对细菌16S rRNA基因的高可变区进行PCR扩增,利用Illumina MiSeq平台对扩增子进行高通量测序,并用QIIME等软件对测序序列进行生物信息学分析。【结果】山羊盲肠微生物测序共获得813 496条有效序列与6 883个OTU,并且稀释曲线和Coverage指数反映此次测序结果比较全面的覆盖了山羊盲肠微生物群落。α多样性和β多样性分析表明,山羊个体之间盲肠微生物的多样性存在差异。在门水平,各样品的优势菌门均为厚壁菌门(Firmicutes)和拟杆菌门(Bacteroidetes);属水平,核心菌群由梭菌属(Clostridium)、瘤胃球菌属(Ruminococcus)和6个未分类的细菌组成。PICRUSt基因预测表明,山羊盲肠微生物以代谢功能为主,主要包括:碳水化合物代谢、氨基酸代谢、能量代谢和脂质代谢等。【结论】山羊盲肠与瘤胃细菌的多样性存在显著差异,与粪便微生物组成相似;与单胃动物相比,两者盲肠微生物的组成既有共性,也存在差异。 相似文献
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中国傣族、景颇族人群中与艾滋病相关的CCR5△32、CCR2b-64I、SDF1-3'A等位基因多态性分布 总被引:1,自引:0,他引:1
为了调查HIV-1感染相关的等位基因CCR5△32、CCR2b-64I、SDF1-3'A在我国云南省德宏州傣族景颇族人群中的频率和多态性分布,此课题以101例傣族和113例景颇族人群为研究对象,应用PCR、PCR-RFLP(聚合酶链反应-限制性片段长度多态性)分析方法进行检测,计算突变基因频率;并对其群体分布、性别分布进行统计学分析.结果表明,中国傣族景颇族人群中未发现CCR5△32等位基因突变;傣族CCR2b-64I、SDF1-3'A基因突变频率分别为0.2130和0.2030,景颇族CCR2b-64I和SDF1-3'A基因突变频率分别为0.1637和0.1770;与中国汉族人群相比较,傣族和景颇族中SDF1-3'A突变频率较低(P值分别为0.0322和0.0021);两个民族的CCR2b-64I和SDF1-3'A等位基因群体分布符合Hardy-Weinberg平衡,在性别之间分布无显著差异.中国傣族景颇族人群的CCR2b-64I等位基因的突变频率与汉族人相似,SDF1-3'A等位基因的突变频率比汉族人低,此两种突变基因在艾滋病发病过程中的影响值得进一步研究.由于未发现CCR5△32基因突变,中国傣族景颇族人群对HIV-1感染可能有较大的遗传易感性. 相似文献
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为了调查HIV 1感染相关的等位基因CCR5△32、CCR2b 64I、SDF1 3′A在我国云南省德宏州傣族景颇族人群中的频率和多态性分布,此课题以101例傣族和113例景颇族人群为研究对象,应用PCR、PCR RFLP(聚合酶链反应 限制性片段长度多态性)分析方法进行检测,计算突变基因频率;并对其群体分布、性别分布进行统计学分析。结果表明,中国傣族景颇族人群中未发现CCR5△32等位基因突变;傣族CCR2b 64I、SDF1 3′A基因突变频率分别为0.2130和0.2030,景颇族CCR2b 64I和SDF1 3′A基因突变频率分别为0.1637和0.1770;与中国汉族人群相比较,傣族和景颇族中SDF1 3′A突变频率较低(P值分别为0.0322和0.0021);两个民族的CCR2b 64I和SDF1 3′A等位基因群体分布符合Hardy Weinberg平衡,在性别之间分布无显著差异。中国傣族景颇族人群的CCR2b 64I等位基因的突变频率与汉族人相似,SDF1 3′A等位基因的突变频率比汉族人低,此两种突变基因在艾滋病发病过程中的影响值得进一步研究。由于未发现CCR5△32基因突变,中国傣族景颇族人群对HIV 1感染可能有较大的遗传易感性。 相似文献
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通过线粒体控制区序列的分析,研究采自中国南海及东海5个群体102尾细鳞鯻的遗传多样性。发现在962 bp序列中有205个变异位点,其中135个为简约信息位点,共定义102个单倍型。中国近海细鳞鯻总体呈现出较高的遗传多样性特征(Hd=1.000,Pi=0.022),其中博鳌最高(Hd=1.000,Pi=0.028),平潭最低(Hd=1.000,Pi=0.014)。不同地理群体间无明显分化,基因交流频繁(Fst=-0.014—0.041,P0.05);中性检验均为显著负值,推测在16.9万年—5.06万年前,即中-晚更新世出现种群扩张。系统邻接树和单倍型网络图均出现3个显著分化的谱系(谱系间Fst=0.508—0.698,P0.001;净遗传距离Da=0.024—0.031),且各谱系中均有不同地理来源的群体。3个谱系间分歧时间大约在1.07百万年—0.24百万年前,推测可能是更新世冰期边缘海的出现导致群体隔离而产生分化。谱系A(Lineage A)包含85.3%的个体,其总体遗传多样性较高(Hd=1.000,Pi=0.012),其中平潭最高(Hd=1.000,Pi=0.014),合浦最低(Hd=1.000,Pi=0.010);群体间Fst在-0.021—0.068之间,P0.005;AMOVA分析显示只有1.97%的变异来自于种群间,表明群体间也无明显分化;中性检验均为显著负值,推测在25.4万年—7.6万年前出现种群扩张。中国近海细鳞鯻主要受到中-晚更新世海侵和海退的影响而出现种群扩张使得谱系间发生二次接触,最终形成具有显著谱系结构但无地理分化的情况。 相似文献
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视网膜色素变性(retinitis pigm entosa,RP)是一组与多个基因相关而任一单基因突变可致病的视网膜退化疾病,是造成失明的常见病因之一。患者多初起夜盲,随之发现周边视野逐渐缩小,成为管状视野,最终至完全失明。它以视网膜进行性感光细胞和色素上皮功能丧失为共同表现。临床上以眼底色素沉着和视网膜电图异常或无波为特征。不同基因所致的RP病在临床上无特征性差异。全球约有400 万人患有此病,我国的发病率约是1/3500。该病的遗传方式有:常染色体隐性(Autosom alRecessive,AR);常染色体显性(Autosom alDom inant,AD);X连锁隐性(X-linkedRecessive,XR)和X连锁显性(X-linked Dom inant,XD);Y连锁RP家系也有报道。X连锁RP发病率较低,在我国约为7.7% (美国为6% ),但它发病早,进展快,病情严重,30- 45 岁就有严重视力损伤甚至失明。临床上大部为隐性,散发病例可以认为属于隐性遗传,因为无先辈病史的患者可以认为是新突变,无后代患者的不会是显性遗传,而隐性纯合体患者的配偶若不携带同一突变基因,则后代无患者,本人于是表现为散发。未成年无家史患者则难以判断。照此计算,这部分约占患者总数的81.3% (美国为84% );其次为常染色体显性遗传,约占11% (美国为10% )[1,2]。已发现的RP相关基因有27个。位于X染色体上的RP基因有5 个。RP3 位于X染色体短臂Xp21.1,是一种隐性遗传RP病。RPGR(retinitis pigm entosa GTPase regulator,视网膜色素变性GTP酶调节物)基因是RP3的致病基因,已于1996 年被克隆
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新型小片段基因表达载体构建方法 总被引:1,自引:0,他引:1
介绍一种新型快速构建小片段基因表达载体的方法。该方法省去了目的基因酶切和酶切后纯化步骤,并省去了载体酶切后胶回收纯化步骤,具有简单快速,节省试剂费用,连接效率高等特点。应用该方法已经完成了4个小片段基因(67bp)表达载体的构建。 相似文献
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澄黄滨珊瑚、大管孔珊瑚和丛生盔形珊瑚排卵前后分别采集珊瑚小穗,在实验室条件下进行为期60 d的养殖,观察其生长特性,结果表明:3种珊瑚排卵前后骨骼密度变化在1.541—2.137 g/cm3之间,差异不显著。3种珊瑚小穗的生长率表现出相对一致的变化趋势,同一规格珊瑚小穗排卵前期生长率明显高于排卵后期;同一时期大规格珊瑚小穗生长率明显高于小规格珊瑚小穗,而且养殖中后期生长较快,养殖前期生长较慢,差异显著(P0.05)。澄黄滨珊瑚小穗边缘组织延伸度排卵后期大于排卵前期,大管孔珊瑚小穗边缘组织延伸度排卵前期大于排卵后期,以上两种珊瑚的小规格珊瑚小穗与大规格珊瑚小穗组织延伸度相当。随着养殖时间的持续,丛生盔形珊瑚小穗螅体增殖速率加快,各养殖阶段螅体数差异显著(P0.05),珊瑚小穗规格和养殖季节对其小穗螅体增殖数量没有显著影响。3种珊瑚小穗生长指标间多呈显著正相关,仅大管孔珊瑚小穗初始直径、初始重量与组织延伸度间,以及丛生盔形珊瑚小穗初始重量与初始螅体数量、生长率间相关性不明显。 相似文献