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研究两种不同的样本标记方法对人全基因组高密度60mer寡核苷酸芯片背景信号的影响。收集5对患病与健康人外周血单个核细胞,分别提取总RNA后,采用限制性显示技术(restriction display,RD)进行样本双色(Cy3/Cy5)荧光标记,与5张Agilent 60mer高密度(22K)Human 1B寡核苷酸芯片进行杂交。芯片全部杂交点分3组:基因探针组、阳性对照组和阴性对照组。阳性对照采用荧光标记寡核苷酸直接掺入法进行标记。对全部杂交信号点的Cy3和Cy5背景信号值,用SPSS软件进行数据转换、正态性检验、方差齐性检验、变异系数分析和重复数据的方差分析。数据分析结果显示,Cy3 标记的背景信号值均高于 Cy5标记的背景信号值。重复测量数据的方差分析表明,在Cy3 和Cy5标记中,两种不同标记方法间的背景信号值的差异极显著(PCy3<0.01, PCy5<0.01),且RD标记点的背景信号平均值低于荧光标记寡核苷酸直接掺入标记法标记的阳性对照点。RD标记方法是一种有用的低背景信号的高密度长链寡核苷酸芯片样本标记方法。 相似文献
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DNA测序中常见影响因素的研究 总被引:1,自引:0,他引:1
对测序中的模板、引物、测序反应条件及测序反应纯化方法和仪器操作等进行研究。结果显示测序模板的纯度影响测序的质量 ,浓度对测序的长度有影响。引物设计时除符合一般设计原则外 ,Tm值最好在5 0℃~ 6 0℃之间 ,且无成串的G、C。改变变性、退火、延伸的时间和温度对特殊DNA模板的序列测定有较好的效果。测序反应产物的纯化有几种方法 ,以 70 %乙醇沉淀法最经济、方便。因此模板的纯度和浓度对测序成功与否起决定作用。最佳反应条件可降低成本 ,提高测序成功率 ,乙醇沉淀法是首选的测序反应产物纯化方法。仪器操作熟练、正确与否也会影响测序结果。 相似文献
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目的:探索利用酿酒酵母系统表达乙型肝炎病毒(HBV)preS/S基因。方法:利用PCR技 术,以HBV病毒DNA为模板,体外扩增HBV preS/S基因。然后构建重组表达载体pESC-preS/S。 用LiAc法转化酿酒酵母YPH50,选取重组菌进行培养,并诱导表达外源蛋白。提取蛋白浓缩后 进行SDS-PAGE分析,并经Western blot分析鉴定。结果:实验结果表明重组菌能够表达HBV preS/S蛋白。结论:利用酿酒酵母系统可成功表达HBV preS/S基因,为制备新型预防性疫苗提供 条件。 相似文献
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利用基因芯片技术筛选HIV-1F亚型基因限制性显示探针 总被引:2,自引:0,他引:2
为筛选限制性显示技术制备的HIV 1F亚型基因探针 ,应用基因芯片打印仪将其有序地打印在玻片上制备基因芯片 .在随机引物延伸的过程中进行HIV样品的荧光标记 ,然后与芯片进行杂交 .杂交后清洗玻片并干燥 ,对芯片进行扫描 ,分析各探针的杂交信号 .从中筛选了 14个基因片段作为芯片下一步研究的探针 .实验证明 ,限制性显示技术是一种制备基因芯片探针的实用方法 相似文献
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应用RD-PCR技术制备HIV基因芯片探针 总被引:14,自引:2,他引:12
利用限制性显示 (RD PCR)技术快速分离HIV 1基因片段制备DNA芯片探针 .以Sau3AⅠ酶切HIV基因 ,得到许多大小适合芯片的限制性酶切片段 .然后在片段两端接上接头 ,根据酶切位点、接头的序列设计通用引物 .在该通用引物的 3′端分别延伸一个碱基后 ,通过引物间的两两组合 ,将PCR反应分成 10个亚组 .纯化各组PCR产物 ,克隆到T载体上 .阳性克隆经鉴定、扩大培养后提取质粒 .以质粒为模板扩增靶片段并进行序列分析 .每个亚型得到了十几个 10 0~ 10 0 0bp的HIV基因片段 .研究表明 ,RD PCR技术是一种有效的快速制备基因芯片探针的方法 相似文献
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用限制性cDNA文库制作K562细胞基因表达谱芯片探针 总被引:1,自引:0,他引:1
以人红白血病K562细胞为材料,应用限制性显示PCR(RD-PCR)技术构建cDNA文库,该文库通过PCR引物3′端延伸两个不同碱基形成136对引物对cDNA进行限制性扩增,得到136组不同的PCR扩增产物,纯化后与载体连接并转化细菌,即为限制性cDNA文库,根据不同的分组进行克隆的鉴定和分离。并进行大量扩增制备cDNA芯片探针,该方法构建的文库因经过了限制性分组扩增,每组均含有特定的cDNA,因而大大加快了随后克隆的分离 和鉴定的速度,为基因芯片探针制备提供了一个新方法。 相似文献