ETA基因作为荧光定量PCR靶基因设计TaqMan探针快速检测铜绿假单胞菌的研究

铜绿假单胞菌是临床上常见致病菌, 传统的检测方法有各种弊端。本研究对该细菌的ETA基因用生物信息学方法加以分析, 选取相对保守且高度特异的DNA序列, 设计一对特异性引物和一个TaqMan探针, 建立FQ-PCR (fluorescence quantitative PCR)检测PA的方法。通过对梯度浓度的铜绿假单胞菌基因组DNA样品进行FQ-PCR检测和对多种细菌的DNA进行扩增, 来检测其灵敏度和验证引物和探针的特异性。试验结果表明, 对比现有的检测方法, 以ETA基因为靶基因, 基于TaqMan探针的快速FQ-PCR检测技术有更高的灵敏度和更好的特异性等优点, 具有很好的研究价值和应用前景。     

toxR基因作为荧光定量PCR靶基因设计TaqMan探针快速检测副溶血弧菌

以toxR基因为靶基因,通过优化反应条件建立了快速检测副溶血弧茵的TaqMan实时荧光PCR方法.特异性试验表明,该方法能选择性检测副溶血弧茵,而与金黄色葡萄球菌、沙门氏菌、单增李斯特杆菌等多种常见的食源性病原茵没有交叉反应:灵敏度试验表明,该方法最少可检测到25个拷贝的toxR基因重组质粒,对纯培养物和模拟食品样品直接检测的灵敏度分别为21 cfu/mL和210 cfu/g;重复性试验表明,同一样品于试验内及试验间的变异系数分别为0.9%和1.3%:所制作的标准曲线在2.5 × 101～2.5 × 106拷贝数之间有较好的线性关系,能对副溶血孤菌进行准确的定量分析.结果表明,本研究所建立的副溶血弧菌实时荧光PCR检测方法具有特异性好,灵敏度高、重复性好的特点,能进行定量检测,而且检测时间从核酸抽提到出实验结果仅需要3 h.是快速检测副溶血弧菌的有效手段.     

沙门氏菌荧光实时定量PCR检测试剂的研制及应用

荧光实时定量PCR技术是近年来广泛应用于沙门氏菌快速检测的现代方法之一,本研究建立了检测沙门氏菌快速、敏感、特异以及准确定量的FQ-PCR方法。采用沙门氏菌fimY基因序列,设计特异引物和探针,通过对Taq酶、Mg2 和引物探针浓度等反应体系和条件的优化,然后进行特异性和适用性实验。最优化结果为:Taq酶用量2.5U;Mg2 浓度为3.75×10-3mol/L;引物浓度为0.65×10-6mol/L,探针浓度为0.30×10-6mol/L;循环条件为step1:95℃2min,step2:95℃5s,60℃40s,40cycles。结果表明该FQ-PCR检测试剂具有快速、简单、灵敏度高、特异性强和适用范围广等优点,可应用于食品卫生监管、商品检验检疫以及临床诊断等领域。     

内标多重荧光RT-PCR同时检测肠道病毒71型和柯萨奇病毒A16型

【目的】为对当前爆发的手足口病进行快速准确的检测, 【方法】本研究建立了含内标的同时检测EV71和CA16的多重荧光RT-PCR方法,对该方法的特异性、灵敏度等进行评估,并对400多份临床样品进行了检测。【结果】实验结果表明,该检测方法特异性强,对10株EV71病毒、8株CA16病毒和25株其他人类病毒进行了检测,特异性为100%;该检测方法对EV71和CA16的检测灵敏度分别达到0.1 TCID50和1 TCID50;将0.1-104TCID50/ml EV71和CA16样本进行重复性实验,其变异系数分别为0.9-2.0%和0.9-2.3%。对400多份临床样品分别进行荧光RT-PCR检测和传统方法检测,结果显示,荧光RT-PCR对EV71和CA16的阳性检出率平均为46.1%和14.2%,比传统方法（34.5%和12.8%）的阳性检测率高。另外,实验数据显示,在粪便、直肠拭子、咽喉拭子样本中,PCR抑制物存在的比例为1.8%-3.4%,表明内标对监控PCR抑制物的存在具有重要作用。【结论】本方法能同时对EV71和CA16进行快速检测,并且灵敏度高,特异性好,由于加入了内标,能有效地监控假阴性的出现,适合于手足口病的临床检测。     

选择性富集沙门氏菌、副溶血弧菌和霍乱弧菌的共增菌培养基SVV

本研究通过单因素试验和响应面分析试验建立了能够选择性富集沙门氏菌、副溶血弧菌和霍乱弧菌的共增菌培养基SVV,采用平板计数法及三重荧光PCR技术验证了SVV的增菌效果。结果表明:SVV能同时富集以不同浓度比例混合的3种目标菌,37oC振荡培养18h后,菌体浓度达到105~108CFU/mL;SVV强烈抑制大部分的非目标菌;用荧光PCR方法检测经过37oC振荡培养18h的10份人工接种样品和608份实际样品,结果表明目标菌在SVV中增殖18h后菌量达到检测限以上,SVV联合荧光PCR检测方法的检出率为4.06%,比传统检测方法(3.78%)高,无假阴性和假阳性。SVV可望应用于水产品中沙门氏菌、副溶血弧菌和霍乱弧菌检测前的增菌处理,可简化检测过程,有效克服漏检,提高检出率。     

禽流感H5、H7、H9亚型多重实时荧光RT-PCR检测方法的建立

为了对致病性强、危害性大的H5、H7、H9亚型禽流感病毒进行同时集成化快速检测,通过对GenBank已报道的禽流感病毒的HA基因进行序列分析比较,设计了H5、H7、H9 3个亚型的特异性引物和分别用3个荧光基团标记的Taqman MGB核酸探针。将各个亚型引物与探针优化组合,筛选出能够同时检测禽流感病毒H5、H7、H9 3个亚型、且对Ct值和扩增效率影响不大的3组引物和探针,建立了三重实时荧光RT-PCR方法。该方法特异性好,在我们检测的样品中,没有发现假阳性和假阴性现象。同时敏感性高,检测禽流感病毒H5、H7、H9亚型的敏感性分别达到1 0001、000、500个模板拷贝数;此外抗干扰能力强,对禽流感H5、H7、H9 3个亚型的不同模板浓度进行组合,仍可有效地同时检测3个病毒亚型。所建立的方法对保存的89个禽流感病毒样品进行检测,结果与经典检测方法(病毒分离鉴定、HA、HI)的符合率达100%。用上述建立的方法与鸡胚分离法同时对新鲜采集的4 000多份临床样品进行检测,两种方法的检测结果符合率为100%。     

一种能同时富集沙门氏菌、金黄色葡萄球菌和单增李斯特菌的培乔基

[目的]设计制备一种能够同时富集沙门氏菌、金黄色葡萄球菌及单增李斯特菌的复合增菌肉汤.[方法]挑选合适的添加剂进行单因素实验,确定增菌肉汤的成分及配比,采用平板计数法及三重荧光PCR技术验证肉汤的增菌效果.[结果]结果得到一种能同时富集沙门氏菌、金黄色葡萄球菌及单增李斯特菌的选择性增菌肉汤(SSL),经验证SSL可使得3种目标菌以相对一致的速度进行富集,经过37℃ 150 r/min振荡培养24 h后,菌体浓度到达10~7～10~8 CFU/mL,非目标菌生长受到抑制.应用荧光PCR扩增样品,可同时得到3种目标菌的扩增曲线.在710份实际样品检测中,无假阳性及假阴性报告.[结论]研究结果表明,SSL肉汤可用于沙门氏菌、金黄色葡萄球菌及单增李斯特菌的共增菌,可用于多重PCR检测的前增菌.     

一种能同时富集沙门氏菌、金黄色葡萄球菌和单增李斯特菌的培养基

摘要：【目的】设计制备一种能够同时富集沙门氏菌、金黄色葡萄球菌及单增李斯特菌的复合增菌肉汤。【方法】挑选合适的添加剂进行单因素实验,确定增菌肉汤的成分及配比,采用平板计数法及三重荧光PCR技术验证肉汤的增菌效果。【结果】结果得到一种能同时富集沙门氏菌、金黄色葡萄球菌及单增李斯特菌的选择性增菌肉汤（SSL）,经验证SSL可使得3种目标菌以相对一致的速度进行富集,经过37℃ 150r/min 振荡培养24h后,菌体浓度到达107~108CFU/mL,非目标菌生长受到抑制。应用荧光PCR扩增样品,可同时得到3种