NDV山东分离株的生物学特性及其HN基因的克隆与序列分析*

2004年从山东某鸡场发病蛋鸡群中分离到一株新城疫病毒(编号:ShD-2-04),对其生物学特性进行了研究,并对其HN基因进行了克隆和序列分析。结果表明:该病毒的最小致死量病毒致死鸡胚的平均时间(MDT)为50.4,1日龄SPF鸡脑内接种分离病毒致病指数(ICPI)为1.85,6周龄SPF鸡静脉接种致病指数(IVPI)为2.42,表明该病毒具有新城疫强毒株的一些特征;其HN基因开放性阅读框架(ORF)为1,716bp,编码571个氨基酸;与国外发表的部分新城疫病毒强毒株和弱毒株之间相应序列进行比较,核苷酸     

新城疫病毒非编码序列的遗传演化趋势

【目的】探讨新城疫病毒全基因序列中非编码序列的分子演化规律。【方法】结合本研究室2012年自产蛋下降鸭群中分离测序的一株鸭源新城疫病毒全序列,从GenBank下载35株不同基因型新城疫病毒全长cDNA序列,获取非编码序列,分别绘制引导序列、尾随序列、F-HN及HN-L基因间隔序列(IGS)的遗传进化树,比较编码基因内5’及3’UTR序列核苷酸序列替代特点。【结果】非编码序列的长度及位置高度保守,而其核苷酸基因序列在不断发生变异,且变异趋势与编码基因序列相一致。【结论】新城疫病毒在整个基因组上编码和非编码序列同步发生变异。     

新城疫分离毒HN基因的分子特性和片段同源相关性

选取国内1997-2005年分离的新城疫病毒(Newcastle disease virus,NDV)24株,经蚀斑纯化克隆其血凝素-神经氨酸酶(HN)基因,与在GenBank发表的36株国内外不同时期的NDV毒株,进行氨基酸遗传变异分析,并利用SPSS8.0软件对其不同片段的氨基酸进行同源相关比较。结果显示:国内所有NDV分离毒株氨基酸高度同源,同源性为94.4%-99.4%;与LaSota、Clone30疫苗株等的氨基酸同源性为86.9%-89%;与强毒株F48E9的氨基酸同源性为87.9%-89.9%;与国外NDV的氨基酸同源性为87.2%-96.2%。系统发育分析表明:国内NDV分离毒HN遗传距离较近,而与LaSota、Clone30和F48E9遗传距离较远。国内NDV分离毒均缺乏538-540位糖基化位点。不同片段与全长的氨基酸同源性高度相关,且与前80个氨基酸相关最密切。     

1999～2013年山东H9N2亚型禽流感病毒HA基因的演化和HI抗原性差异分析

利用生物信息学方法和血凝交叉抑制(HI)试验比较研究了山东地区低致病性禽流感H9N2亚型病毒的分子遗传变异和抗原性变化.对1999~2013年在山东地区分离并鉴定的35株H9N2病毒进行了HA基因测序和同源性分析,绘制了系统发育树.同源性比较显示,同一时期的毒株同源性较高,而不同年代的H9N2流行毒相差较大,如2010~2013年的H9N2流行毒之间核苷酸(氨基酸)同源性为94.5%~100%(96.1%~100%),但与疫苗株SD-6的核苷酸(氨基酸)同源性已降至90.0%~92.5%(91.8%~95.0%).系统发育树显示,35株H9N2病毒均属欧亚谱系,其中28株属于S2-like亚群,表明该类型毒株是山东地区最主要的流行株.重要氨基酸位点分析表明,2010年以后的H9N2流行毒,其HA蛋白裂解位点基序为PSRSSR↓GL,334位点均由原来的A变为S;与受体结合位点相关的234位点,则由Q变为L.选择不同亚群的H9N2代表毒株制备单因子血清,进行HI交叉抑制实验,结果发现,H9N2不同毒株之间均可发生一定的交叉反应,但相关指数最低已降至0.31,表明病毒已出现明显的抗原性变化.本研究证实,山东H9N2亚型禽流感病毒在分子和抗原水平上均已发生一定程度的变异.     

新城疫病毒HN和F基因遗传变异相关性的研究

选取国内1999~2005年发生的NDV毒株,经CEF蚀斑纯化和SPF鸡胚增殖,对其融合蛋白(F)和血凝素-神经氨酸酶(HN)基因分别进行克隆测序,结合在GenBank中发表的具有F和HN基因的NDV序列,利用DNAStar软件,对其不同毒株的F或HN基因片段和全长、F和HN基因全长分别进行遗传变异的研究,利用统计学软件SPSS8.0进行同源性相关分析。结果表明:不同NDV毒株F或HN基因片段与其全长之间,核甘酸r≥0.973,氨基酸:0.911≤r≤0.968,遗传变异高度相关,但F与HN基因全长之间核甘酸的遗传变异呈现弱相关(r=0.312)。国内NDV野毒株之间HN核甘酸高度同源(同源率97%以上),而与La Sota同源率仅为79.2%~80.7%,且显示出明显的地域性。     

多个SPF鸡品系的RAPD分析

目的用RAPD方法分析三个品系SPF鸡的遗传变异,以指导SPF鸡群的育种工作.方法对三个SPF鸡品系F、M及B系和对照H纯系分别采血样30个,等量混匀为三个混合样,提取DNA,筛选随机引物,优化反应体系后进行PCR扩增,计算品系内平均相似系数,根据品系间遗传距离进行聚类分析并绘制树状聚类图.结果60个随机引物中有13个产生清晰稳定的多态条带,B系品系内平均相似系数为0.903,F系和M系分别为0.673和0.755,H系为0.968;聚类分析的结果是每个品系的三个样品先聚为一类,然后F系与M系、B系与对照H系分别聚为一类.结论F系和M系的纯合程度均较低,而B系较高;F系与M系的遗传距离较近,而与B系之间距离较远,三者亲缘关系以F系与M系较近,这与各个品系的引种背景相一致.     

近20年中国部分地区鸡源H9N2亚型禽流感病毒HA基因遗传演化及其变异频率北大核心CSCD

【目的】通过比较不同时期的H9N2亚型禽流感流行毒株HA基因的分子特征和变异频率,揭示免疫压力下病毒的遗传演化趋势。【方法】选取源于课题组的40株鸡源H9N2毒株,以及从Gen Bank下载的136株中国鸡源H9N2流行毒株和7株经典毒株的序列,利用Lasergen 7.1和MEGA 5.1等软件,对其HA基因进行系统演化、分子特征和变异频率分析。【结果】系统发育分析表明,近20年的鸡源H9N2流行株分属于BJ94、Y280和S2等谱系,优势流行株的分布与年代密切相关。氨基酸序列比较显示,H9N2病毒不同谱系之间具有各自的特征,且存在着明显的氨基酸变异积累。以Ck/BJ/1/1994 HA基因为参照,1994–2014年间,H9N2流行株核苷酸和氨基酸的年均进化率分别为5.73×10^(–3)和4.25×10^(–3)。其中,2011–2014年的核苷酸(氨基酸)年均进化率为6.35×10^(–3)(5.32×10^(–3)),明显高于2006–2010年5.22×10^(–3)(3.70×10^(–3)),更显著高于疫苗推广初期1999–2005年的0.74×10^(–3)(0.50×10^(–3))。【结论】H9N2疫苗株和流行毒株的不匹配是病毒变异频率加快的重要原因。     

浅议肠道健康与长寿的相关性

本研究阐述了肠道健康与人类长寿的关联性和影响,并从防治疫病、抗癌、药物代谢、肠道保健、胃肠激素、肠道相关性疾病等分别论述了与长寿的关联性。     

一株源自孔雀的新型支原体的鉴定及其致病性和基因组分析

【背景】Mycoplasma gallinaceum (MGC)是禽源支原体的一种,仅在南非、英国等地发生,我国鲜有报道。【目的】从患呼吸道病的孔雀气管中分离到一株支原体,命名为Peacock20181011,确定其分类、致病性和基因组特征。【方法】利用微生物学常规方法,结合分子生物学检测和基因组序列,对其进行鉴定;通过对Special pathogenic free(SPF)鸡、鸡胚的致病性研究和最小抑菌浓度(minimal inhibitory concentration,MIC)测定,确定其致病性和药敏性。【结果】通过对分离菌的培养、纯化、形态学和染色观察,结合生化试验和16SrRNA基因测序证实,该菌为一株新的MGC,与模式菌株NCTC10183的16S rRNA基因相似性高达99.86%,系统发育树显示该菌与MGC属同一分支;人工感染实验表明该菌对SPF鸡无致病性,但可造成SPF鸡胚发育迟缓,爪部蜷缩;MIC结果显示该菌对单硫酸卡那霉素和氟苯尼考等敏感。基因组序列表明,该菌基因组长度为1 183 913 bp,(G+C)mol%含量为28.7%,含有898个Coding sequences (CDS),拥有4个拷贝的16S rRNA基因和6个质粒,预测有20个毒力因子基因和2个耐药基因。【结论】明确了MGC在我国的存在,丰富了中国禽源支原体的种类,为支原体病的防控提供了依据。     

NDV山东分离株的生物学特性及其HN基因的克隆与序列分析

2004年从山东某鸡场发病蛋鸡群中分离到一株新城疫病毒（编号：ShD-2-04）,对其生物学特性进行了研究,并对其HN基因进行了克隆和序列分析。结果表明：该病毒的最小致死量病毒致死鸡胚的平均时间（MDT）为50．4,1日龄SPF鸡脑内接种分离病毒致病指数（ICPI）为1．85,6周龄SPF鸡静脉接种致病指数（IVPI）为2．42,表明该病毒具有新城疫强毒株的一些特征;其HN基因开放性阅读框架（ORF）为1,716bp,编码571个氨基酸;与国外发表的部分新城疫病毒强毒株和弱毒株之间相应序列进行比较,核苷酸序列的同源性在81．6％-87．2％之间,氨基酸同源性在87．6％-90．7％之间。