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继前面的工作把测试蛋白从三族扩大到十一族,寻求联配参数的普适“缺省值“;比较不同的主链曲率和挠率的计算方法,进一步确认主链的折红红分几何刻划方法的有效性;寻找有效的可变缺失突变惩罚函数的形式。结果表明,编制的蛋白质多重联配软件系统是满意的,可用于蛋白质三维结构预测。 相似文献
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蛋白质核心设计的序列组合文库筛选方法 总被引:2,自引:1,他引:1
本文提出一种新的蛋白质序列组合文库筛选方法,异型自系统最优法,用于从头设计蛋白质核心。经λ-阻遏蛋白、噬菌体434CRO蛋白、白介素-4、硫氧还蛋白、泛肽等的检验,表明此方法用于从头设计蛋白质的核心是可行的。 相似文献
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蛋白质与类药分子的柔性对接 总被引:1,自引:0,他引:1
本文利用“禁忌搜索”算法和Gehlhaar简化能量势函数实现蛋白质与类药分子之间的柔性对接。对包含100个复合物的检验集进行了计算检验,得到了满意的结果,89%预测复合物结构的误差小于0.25nm。与利用遗传算法进行柔性对接的GOLD程序相比,本方法的成功率高,局限性小,计算时间也短。 相似文献
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用于串联质谱鉴定多肽的计量方法 总被引:1,自引:0,他引:1
目前已有多种对串联质谱与数据库中多肽的理论质谱的一致性进行评估的高通量计量算法用于鸟枪法蛋白质组学 (shotgunproteomics)研究。然而这些方法操作时存在大量错误的多肽鉴定。这里提出一种新的串联质谱识别多肽序列的计量算法。该算法综合考虑了串联质谱中不同离子出现的概率、多肽的酶切位点数、理论离子与实验离子的匹配程度和匹配模式。对大容量的串联质谱数据集的测试表明 ,根据算法开发的软件PepSearch比目前最常用的软件SEQUEST有更好的鉴定准确性。PepSearch可从http : compbio.sibsnet.org projects pepsearch下载。 相似文献
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