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1.
三维结构模体,常是蛋白质中离散残基片断组成的功能性子结构,传统的序列依赖结构比较方法无法对其搜索。本文采用序列无关的结构比较算法,实现了搜索程序。经多例测试,证明本程序是快速和良好的识别三维结构模式的工具,在小分子设计和多肽模拟中有重要的应用  相似文献   
2.
继前面的工作把测试蛋白从三族扩大到十一族,寻求联配参数的普适“缺省值“;比较不同的主链曲率和挠率的计算方法,进一步确认主链的折红红分几何刻划方法的有效性;寻找有效的可变缺失突变惩罚函数的形式。结果表明,编制的蛋白质多重联配软件系统是满意的,可用于蛋白质三维结构预测。  相似文献   
3.
蛋白质核心设计的序列组合文库筛选方法   总被引:2,自引:1,他引:1  
本文提出一种新的蛋白质序列组合文库筛选方法,异型自系统最优法,用于从头设计蛋白质核心。经λ-阻遏蛋白、噬菌体434CRO蛋白、白介素-4、硫氧还蛋白、泛肽等的检验,表明此方法用于从头设计蛋白质的核心是可行的。  相似文献   
4.
蛋白质与类药分子的柔性对接   总被引:1,自引:0,他引:1  
本文利用“禁忌搜索”算法和Gehlhaar简化能量势函数实现蛋白质与类药分子之间的柔性对接。对包含100个复合物的检验集进行了计算检验,得到了满意的结果,89%预测复合物结构的误差小于0.25nm。与利用遗传算法进行柔性对接的GOLD程序相比,本方法的成功率高,局限性小,计算时间也短。  相似文献   
5.
用于蛋白质分子设计的三维模体搜索   总被引:2,自引:0,他引:2  
三维结构模体,常是蛋白质中离散残基片断组成的功能性子结构,传统的序列依赖结构比较方法无法地其搜索,本文采用序列无关的结构比较算法,实现了搜索程序,经多例测试,证明本程序是快速和良好的识别三维结构模式的工具,在小分子设计和多肽模拟中有重要的应用。  相似文献   
6.
随着大规模技术的进步,收录到数据库中的序列很快,其中大多是未知功能的ESTs(表达序列标签,Expressed Sequence Tags),一般通过蛋白南-EST序列联配来实验EST的功能提示。由于EST含有5%左右的误差,特别严重的是其中的移框误差,用通常的方法将EST按6个框翻译为蛋白南序列再进行联配难以处理移框误差问题。通过考虑EST序列各种可能的误差,将氨基酸序列反翻译为核苷酸序列,在核  相似文献   
7.
用于串联质谱鉴定多肽的计量方法   总被引:1,自引:0,他引:1  
目前已有多种对串联质谱与数据库中多肽的理论质谱的一致性进行评估的高通量计量算法用于鸟枪法蛋白质组学 (shotgunproteomics)研究。然而这些方法操作时存在大量错误的多肽鉴定。这里提出一种新的串联质谱识别多肽序列的计量算法。该算法综合考虑了串联质谱中不同离子出现的概率、多肽的酶切位点数、理论离子与实验离子的匹配程度和匹配模式。对大容量的串联质谱数据集的测试表明 ,根据算法开发的软件PepSearch比目前最常用的软件SEQUEST有更好的鉴定准确性。PepSearch可从http : compbio.sibsnet.org projects pepsearch下载。  相似文献   
8.
统计了110族同源蛋白质的多重结构联配结果,得到了局部环境依赖的氨基酸相似分数表。按此表可实施快速和优质的蛋白质结构刚性叠加,用于蛋白质工程。跟目前最好的遗传算法比较,此法可达到相同的品质(尽可能多的拓扑等价残基对和尽可能小的均方根距离),但CPU时间降了1个到2个数量级,对大蛋白更为明显。  相似文献   
9.
基于结构比较的蛋白质模建系统及其评估   总被引:4,自引:1,他引:3  
对蛋白质三维结构的同源模建的所有关键模块作了详细研究后,现已整合成蛋白质结构模建的软件系统PMODELLING。它分主链模建和侧链安装两部分,共七个模块组成。经11族同源蛋白的模建实验的回顾性检表明,与目前流行的商品软件相比,具有操作自动化,模建精度高和运行时间少的优点。文中还对蝮蛇蛇毒磷酯酶,细胞因子受体CD40的配体gp39,小鼠巨细胞蛋白酶和人白介素13等至今未知结构的蛋白作了预测性模建。  相似文献   
10.
用自洽系综最优法预测溶剂化蛋白质突变体的结构   总被引:3,自引:1,他引:2  
ChristopheLee等发展的自洽系综最优化方法(self-consistentensembleoptimization,SCEO),在预测核内残基突变体的结构中取得了很好的效果。我们在Lee的基础上发展了该方法,且在自洽最优化过程中,引入水的溶剂化效应,使自洽最优化方法能更好用于表面残基突变体结构的预测。9个表面残基突变体的结构预测表明这个新方法是有效的。  相似文献   
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