我国2002−2016年间鸡传染性支气管炎病毒基因组序列重组分析

【目的】传染性支气管炎病毒(Infectious bronchitis virus，IBV)主要引起鸡群呼吸道与肾脏疾病，是影响养禽业重要的病毒性病原之一。了解我国IBV的流行及基因重组情况。【方法】收集GenBank中我国2002?2016年间分离的92株IBV S1基因及55株IBV基因组序列，并对这些序列进行比对分析。【结果】IBV S1基因序列分析结果表明，2002?2016年间我国流行的92株IBV可以分为13个基因型，包括QX、4/91、Mass、tl/CH/LDT3/03、CK/CH/LSC/99I、TW-I、TW-II、TC07-2、Ck/CH/LDL/97I、N1/62-associated、Arkansas、New-I及一个新鉴定的基因分支New-II。值得注意的是，属于美国相关基因分支的ck/CH/LSD/110712已在我国出现。RDP4方法进行重组分析显示，新出现的基因分支New-II病毒S1基因来源于tl/CH/LDT3/03型与QX型毒株重组，我国2002?2016年间流行的55株IBV中有52株IBV基因组存在重组事件，其中25个IBV分离株基因组中发现有疫苗型(Mass，tl/CH/LDT3/03及4/91型等)病毒基因组片段的重组，这一结果在SimPlot分析中进一步得到确认。【结论】根据生物信息学分析结果，证明流行于我国的IBV基因型众多，疫苗毒株基因频繁参与了IBV基因重组，导致IBV新的基因型或变异株出现，提示在防控IB时要注意合理使用IBV疫苗。