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1.
即使细菌基因组的基因结构较为简单,但在注释过程中也可能出现基因遗漏的现象。当潜在基因在高质量数据库中没有显著同源序列时,基于知识库的基因预测方法就会遇到困难。本文希望通过系统扫描基因组所有可能ORF的蛋白质序列模式来搜索遗漏基因。为验证该方法的可行性,作者系统分析了重要的工业发酵微生物谷氨酸棒杆菌的基因组,发现了25个候选疑似基因。它们具有显著的蛋白质序列模式,但在Swiss-Prot中元显著同源序列,并且在GenBank中仍未注释。深入分析发现,25个候选疑似基因中19个为可能基因,3个为可能假基因,3个为疑似基因序列。这些结果说明本文的分析方法可以有效地用于无显著同源序列基因的搜索。  相似文献   
2.
同义密码子携带多少蛋白质二级结构信息   总被引:4,自引:0,他引:4  
应用信息论方法考察了大肠杆菌人两种生物的同义密码子用语和蛋白质二级结构的关联情况。研究结果表明:大肠杆菌和人的基因组中都存在着一些同义密码子明显携带有蛋白质二级结构信息,尽管这些信息量都很小;同义密码子与蛋白质二级结构的关联是种属特异性。  相似文献   
3.
全局极小化方法及其在结构生物学中的应用近年来取得了显著的进展.适当简化的分子对接问题是全局极小化方法的一个很好目标,并且是当前一个相当活跃的研究领域.对接可分为两类:主要用于从头配体设计的细致对接和用于已知化合物数据库筛选以发现药物的粗略对接,它们对全局极小化算法的要求是不同的.简要评述了新出现的适合于对接问题的随机和确定性全局极小化算法,其中势能平滑算法看来很有希望,值得密切关注.  相似文献   
4.
以2002年4月份的Culled Protein Data Bank数据库中的639条蛋白质多肽链为研究对象,统计分析了其含有的584条二硫键的形成特征,发现半胱氨酸氧化还原状态表现出明显的协同性现象:含有二硫键的蛋白质中几乎所有的半胱氨酸都以氧化态形式存在。这一协同性可以通过蛋白质全局水平上的20种氨基酸组分的百分含量很好地加以说明,由此来预测半胱氨酸的氧化还原状态准确率最高可达84.5%。结果表明半胱氨酸是否形成二硫键主要取决于蛋白质全局的而非局部的结构信息。  相似文献   
5.
随机聚点搜索算法是一种普遍的全局极小化方法,在目标函数自变量数目不很大时,计算效率较高。将该算法应用于分子对接,首先要通过模型分子对接,反复调整算法各控制参数使效率最高。对于HIV-1蛋白酶与苯甲醚配体的刚性对接,算法成功的找到了相互作用能量全局极小,与晶体结构的均方根偏差(RMSD)仅0.2?。这表明,该算法可高效率找到分子对接的能量最适构型。  相似文献   
6.
图聚类用于蛋白质分类问题可以获得较好结果,其前提是将蛋白质之间复杂的相互关系转化为适当的相似性网络作为图聚类分类的输入数据。本文提出一种基于BLAST检索的相似性网络构建方法,从目标蛋白质序列出发,通过若干轮次的BLAST检索逐步从数据库中提取与目标蛋白质直接或间接相关的序列,构成关联集。关联集中序列之间的相似性关系即相似性网络,可作为图聚类算法的分类依据。对Pfam数据库中依直接相似关系难以正确分类的蛋白质的计算表明,按本文方法构建的相似性网络取得了比较满意的结果。  相似文献   
7.
同义密码子用语的位置依赖   总被引:4,自引:0,他引:4  
研究了在大肠杆菌编码区不同位置上的同底密码子用语,发现许多氨基酸的密码子用语在转译起始区有显著的变化,仅有少数氨基酸在转译区有较弱的变化,由于密码子用语与基因表达关系密切。这些结果与实验发现的编码区5‘端密码子用对表达的重要性是一致的。更进一步的结果还暗示了哪些密码子在特定位置的使用可能会影响基因表达。  相似文献   
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