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1.
动物及其肠道菌群的协同进化研究   总被引:1,自引:0,他引:1  
动物自身合成一些关键营养物质的能力缺失,转而依赖体内的共生物来完成相应功能,如动物体内共生细菌能帮助宿主从食物中提取营养物质,并能合成一些关键代谢反应的化合物。结合国内外在动物及其肠道菌群的协同进化的研究进展,从三个方面进行了归纳:(1)动物及其肠道微生物组成与功能的协同进化研究;(2)动物行为与肠道微生物的关系;(3)共生肠道微生物在人类或动物自身消化食物、营养获取、健康和疾病方面发挥的重要作用。  相似文献   
2.
鉴于黑鹏的分类归属一直未能有定论,本文中通过分析线粒体细胞色素b基因的序列,并重建鹏亚科的系统发生,在此基础上探讨黑鹏的分类归属。在重建的系统树中,鹏亚科物种之间表现为平行枝的关系;鹏亚科物种间的序列分歧在属内与两个属间之间变化不明显,提示鹏亚科的物种可能是来自于一个快速辐射演化事件的群体。对细胞色素b基因的序列分析结果以及重建的分子系统进化树提示,将黑鹏独立为Dupetor属是不适合的,因而我们支持Bock的观点,将黑鹏置于苇鹏属之内。  相似文献   
3.
长江下游地区夜鹭种群微卫星变异及遗传多样性   总被引:5,自引:0,他引:5  
利用微卫星位点对长江下游地区夜鹭3个地方种群的遗传多样性及其种群结构进行了分析。研究结果表明:除了Ah526位点外,其他7个位点在夜鹭种群中均为高度多态。在3个地方种群中,6个微卫星位点中经Bonferroni校正后南京大校场种群和芜湖四褐山种群中分别有2个及3个位点显示杂合不足,显著偏离了哈迪-温伯平衡,这可能与夜鹭繁殖后个体的扩散能力较强及长江下游地区夜鹭存在着替代型迁徙现象有关。突变-漂移平衡分析表明,长江下游地区夜鹭种群显著具有杂合过剩的位点,这表明长江下游地区夜鹭种群已偏离了突变-漂移平衡,近期可能经历了瓶颈效应,种群数量曾经下降。地方种群间Fst分析表明,长江下游地区夜鹭地方种群间遗传分化程度较低,并没有形成显著的遗传结构,在保护与管理上可以作为同一个保护单元(或管理)单元  相似文献   
4.
从12S rRNA基因序列推测鹭科13种鸟类的系统发生关系   总被引:11,自引:0,他引:11  
对鹭科12个种的线粒体12S rRNA基因全长约975bp的序列进行了测定,并从GenBank获得黄顶夜鹭12S rRNA基因全序列。比对后的序列长993bp,含363变异位点,288个多态位点,187个简约信息位点。使用邻接法和最大简约法重建的分子系统树将13种鹭聚为2支:第一支包括白鹭、中白鹭、大白鹭、池鹭、牛背鹭、苍鹭、草鹭、夜鹭、黄顶夜鹭,第二支由黄苇渴Gan、黑苇Gan、栗苇Gan、大麻Gan组成。结果提示将鹭科分为鹭亚科和Gan亚科的传统观点是合理的,不支持Payne将鹭科分为日鹭亚科(Ardeinae)、夜鹭亚科(Nycticracinae)、Gan亚科(Botaurinae)和虎鹭亚科(Tigrisomatinae)的观点。进一步的分析表明:白鹭在系统演化中要早于大白鹭和中白鹭分支出来,大白鹭和中白鹭与苍鹭、草鹭和牛背鹭间的亲缘关系较近,而与白鹭较远,支持Sibley(1990)将大白鹭和中白鹭作为独立的大白鹭属(Casmerodius)和中白鹭属(Mesophoyx)的建议;黑Gan、栗苇Gan与黄苇Gan在系统发生中构成一单系群,提示将黑Gan置于苇Gan属(Ixobrychus)是合适的[动物学报49(2):205—210,2003]。  相似文献   
5.
东北亚地区野猪种群mtDNA遗传结构及系统地理发生   总被引:7,自引:0,他引:7  
研究测定了中国东北、华北及四川西部72个野猪(Susscrofa)个体线粒体控制区全序列,并结合GenBank报道的日本野猪(S.s.leucomystax)、琉球野猪(S.s.riukiuanus)72个同源区序列,分析了东北亚地区野猪线粒体DNA的变异及系统地理格局。在东北亚地区野猪的线粒体控制区共发现42个变异位点,均为转换,共定义了34个单元型。单元型之间的系统发生分析表明,东北亚地区野猪来自同一祖先。东北亚地区野猪现生种群具有显著的种群遗传结构,其中日本野猪与分布于中国东北地区的东北野猪之间亲缘关系较近;而琉球野猪则与华北野猪间亲缘关系较近,与日本野猪和东北野猪间的关系相对较远。嵌套进化枝系统地理分析(Nestedcladephylogeographicalanalysis,NCPA)表明:东北亚地区野猪由同一祖先经过长距离的迁徙而形成现生各种群(或亚种);琉球野猪应起源于大陆野猪,其种群演化可能经历了片断化事件;华北野猪呈现南部种群遗传多样性高的特点,其种群内部曾经历了一次分布区由南向北的扩张  相似文献   
6.
鉴于黑的分类归属一直未能有定论 ,本文中通过分析线粒体细胞色素b基因的序列 ,并重建亚科的系统发生 ,在此基础上探讨黑的分类归属。在重建的系统树中 ,亚科物种之间表现为平行枝的关系 ;亚科物种间的序列分歧在属内与两个属间之间变化不明显 ,提示亚科的物种可能是来自于一个快速辐射演化事件的群体。对细胞色素b基因的序列分析结果以及重建的分子系统进化树提示 ,将黑独立为Dupetor属是不适合的 ,因而我们支持Bock的观点 ,将黑置于苇属之内。  相似文献   
7.
8.
基于12S rRNA基因的鹳形目系统发生关系   总被引:2,自引:0,他引:2  
采用分子系统学的方法探讨鹳形目5个科之间的系统发生关系.文中测出鹳形目鸟类7种mtDNA 12SrRNA基因全序列,并结合来自Genbank的鹳形目另外7个物种及原鸡的同源区序列,经Clustal W软件对位排列后共1 009位点,包含405个变异位点,其中多态性位点381个,260个简约信息位点.基于上述序列数据,以原鸡为外群,使用距离邻接法、最大简约法、最大似然法及贝叶斯法分别重建了鹳形目5科14种的系统发生树.重建的系统发生树显示,内群中的14个种聚合为4支:鹮科构成第一支,聚在系统树的基部;锤头鹳科与鲸头鹳科聚为一支;鹭科和鹳科各自聚成一支.在比较不同建树方法的结果并进行合意树分析后认为:在鹳形目的系统发生中,鹮科可能是最早分化出的一支;锤头鹳科与鲸头鹳科之间的亲缘关系最近,它们祖先与鹭科、鹳科之间的分歧在时间上可能非常接近.鹳形目5个科之间的系统关系可以表示为:(鹮科,(鹭科,鹳科,(锤头鹳科,鲸头鹳科))).  相似文献   
9.
非序列联配的序列分析方法,将序列中特定寡聚核苷酸的kmer统计频率作为特征,在序列间按特征进行比较和分析。这种方法综合考虑了所有变异类型对序列整体特征的影响,因而在组学数据分析上有独特的优势。但是,这类方法在复杂多细胞生物基因组系统发育中的适用性仍然有待检验。在本文中,我们使用基于非序列联配方法的CVTree软件,以45种哺乳动物的蛋白质组数据建立了系统发育关系NJ树,并据此探讨了哺乳动物系统发育的若干问题。在广受关注的真兽下纲四个总目的关系问题上,CVTree支持形态学的普遍结论即上兽类(Epitheria)假说。这与基于序列联配方法支持的外非洲胎盘类(Exafro-placentalia )假说不同。在哺乳动物内部目的层次上,CVTree树的结论与分子和形态所普遍接受的系统发育关系基本一致。但是在目的内部,CVTree树会有较多的差异。研究结果初步显示非序列联配方法在使用复杂多细胞生物的组学数据进行系统发育关系分析中的可行性。对非序列联配方法自身的改进及其与传统基于取代的序列联配方法之间的比较仍有待深入研究。  相似文献   
10.
通过对皖南山区和大别山区的101个小麂的线粒体D-loop区770bp序列的分析,探讨了两个种群的遗传多样性、有效种群大小、历史种群动态和种群间的基因流模式。在101个D-loop区序列中共发现34个单倍型,其中24个分布在皖南种群,10个分布在大别山种群,种群间无共享单倍型。皖南种群线粒体遗传多样性(h=0.952,π=0.0168)明显高于大别山种群(h=0.734,π=0.0077),雌性有效种群(NE=146830)亦大于大别山(NE=19840)。通过歧点分布分析表明在更新世第四间冰期,小麂皖南种群经历过一次大规模的种群扩张事件(在约15.7万年前)。基因流的分析结果显示皖南种群和大别山种群间存在着明显不对等的基因流(MWN→DB=0.36;MDB→WN=75.00)。这种不对称的基因流模式可能反映出在晚更新世冰期循环中,作为天然地理屏障的长江在盛冰期和间冰期对物种扩散的阻隔能力上的差异。  相似文献   
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