基于比较基因组学方法的丝状子囊菌同源序列分析

为探讨丝状子囊菌基因组的同源保守序列作为标记基因,利用Standalone BLASTN方法将构巢曲霉全基因组基因分别与30种丝状子囊菌基因组比较.构巢曲霉与每个丝状子囊菌基因组之间的同源匹配基因数量似乎可反映子囊菌之间的进化关系,构巢曲霉（10,560个基因）与15种散囊菌纲其他真菌间的匹配基因数量为5,179-7,747个,其中与另外7个同属的种匹配的基因数量为7,434-7,747个,而与亲缘关系较远的2种锤舌菌纲真菌灰葡萄孢和核盘菌的匹配基因数量分别仅有4,318个和4,242个.构巢曲霉的10,560个基因与20余种子囊菌基因组同时匹配的基因数为3,509个,占33.2％,构巢曲霉基因与30种子囊菌共同匹配的基因仅924个.此外,E值大小在10-30_0.1范围的同源序列变异性大,而在0-10-100范围的同源序列高度保守.随着基因组序列数据的增加,比较基因组方法将会在真菌系统学研究领域发挥更大的作用.     

春兰菌根的显微结构及菌根真菌的分离

以盆栽春兰和野生春兰的根为材料,通过切片观察菌根真菌的分布特点和菌根的显微结构。同时采用组织分离方法从盆栽和野生春兰根分别分离得到6个和15个真菌菌株,分离菌株的出现频率分别为16．7％～50％和6．7％～73．3％,并由此判断CGP-3为盆栽春兰菌根的优势菌种,CGW-3为野生春兰菌根的优势菌种。经形态学观察将其初步分为6个分类单元,其中CGP-2和CGW-2分别具有拟日本曲霉（Aspergillus japonicus-like）和拟木霉属（Trichoderma sp.-like）的形态特征。此外,对兰科棺物与内生真菌间的专一件讲行了讨论。     

中国二头孢盘菌属的分类研究（英文）

提供了中国二头孢盘菌属的分类研究概况和已知种类。对属的概念进行了修订;基于形态学特征和序列分析的结果,将兰斯盘菌属的3个种转入二头孢盘菌属,建立3个新组合(黄二头孢盘菌、黄山二头孢盘菌、暗丝二头孢盘菌);描述了一新种(缩孢二头孢盘菌)。该属目前已知的10个种中,在我国分布9个种。编制了该属世界已知种的分种检索表。     

丛赤壳科4个中国新记录种

报道了采集于山东、河南、四川和云南的丛赤壳科4个中国新记录种：乌列沃光赤壳、假赤壳、瘤顶乳突赤壳和悬钩子乳突赤壳。对我国材料的宏观和微观特征进行了详细描述和图示,并与上述种的原始描述以及ITS和28S rDNA序列进行了比较。     

真菌基因组de novo测序组装的方法与实践

真菌基因组较其他真核生物基因组结构简单,长度短,易于测序、组装与注释,因此真菌基因组是研究真核生物基因组的模型。为研究真菌基因组组装策略,本研究基于Illumina HiSeq测序平台对烟曲霉菌株An16007基因组测序,分别使用5种de novo组装软件ABySS、SOAP-denovo、Velvet、MaSuRCA和IDBA-UD组装基因组,然后通过Augustus软件进行基因预测,BUSCO软件评估组装结果。研究发现,5种组装软件对基因组组装结果不同,ABySS组装的基因组较其他4种组装软件具有更高的完整性和准确性,且预测的基因数量较高,因此,ABySS更适合本研究基因组的组装。本研究提供了真菌de novo测序、组装及组装质量评估的技术流程,为基因组<100 Mb的真菌或其他生物基因组的研究提供参考。     

真菌基因组学研究进展

<正>真菌为低等真核生物,种类庞大而多样。据估计,全世界约有真菌150万种,已被描述的约8万种(Kirk et al.2001)。真菌在自然界分布广泛,存在于土壤、水、空气和生物体内外,与人类生产和生活有着非常密切的关系。许多真菌在自然界的碳素和氮素循环中起主要作用,参与淀粉、纤维素、木质素等     

DNA分子标记技术在真菌系统学研究中的应用及影响

DNA分子标记技术为真菌系统进化研究提供了许多新的方法,真菌分子系统学已成为一门成熟的学科。简述了真菌分子系统学的发展简史和代表性的研究方法以及对真菌系统学的主要贡献,包括将广义的真菌划分为3个类群,粘菌和卵菌不再属于真菌界成员。真菌生命之树项目的研究结果对真菌界高阶分类系统作出重大调整,将先前的4个门(壶菌门、接合菌门、子囊菌门和担子菌门)变为7个门(微孢子虫门、壶菌门、新丽鞭毛菌门、芽枝霉门、球囊菌门、子囊菌门和担子菌门)和4个亚门,并对真菌各类群概念作出修订。此外,DNA分子标记技术对真菌种概念的认识、有性型-无性型关联及分子生态学等研究领域产生了重要影响。     

丛赤壳科5个中国新记录种

对采自安徽、河南、湖北、云南和西藏等地的丛赤壳科标本进行系统分类研究,综合形态解剖、培养性状、DNA序列和无性阶段特征,报道5个中国新记录种：肯达拉赤壳Cosmospora khandalensis,翠绿赤壳C. viridescens,剑孢新赤壳Neocosmospora protoensiformis,罗杰森假赤壳Pseudocosmospora rogersonii和瘤顶赤壳Tumenectria laetidisca,对它们的宏微观特征和菌落形态进行了描述及图示。     

菌寄生属研究进展

菌寄生属通常寄生于其他真菌子实体上,是子囊菌的重要类群之一,在生物医药和工农业等方面具有经济重要性。简述了菌寄生属在资源与分类、系统发育和寄主专化性等方面的研究现状及进展。已有的分子系统学研究表明,菌寄生属是多谱系类群,形成多个分支,各分支与其无性型特征和寄主种类有关。今后需进一步澄清属种概念,建立稳定的有性阶段-无性阶段对应关系,在全面了解其物种多样性和地理分布特点基础上,深入探讨种间系统发育关系。     

子囊具四个孢子的皱赤壳属一新种

描述了分布于中国热带、亚热带地区的丛赤壳科皱赤壳属Rugonectria一新种。对中国材料进行形态学和DNA序列分析相结合的研究表明,它们与日本报道的栗生皱赤壳R. castaneicola较为接近,但存在形态学和DNA序列上的明显差异,代表该属一个新种。