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序列比对程序Blat在转录组数据分析中的应用 总被引:3,自引:1,他引:2
随着功能基因组学研究领域的快速发展,人们已经开始系统地研究全基因组的转录以及全部基因发挥功能的动态机制。为实现此目标,需要从海量的转录组数据中提炼出能够揭示基因功能以及表达调控的重要信息。采用高性能的序列比对程序以满足规模化的比对需求是其中的瓶颈环节。通过综合比较目前流行的各种序列比对软件的性能,并针对不同的转录组数据分析任务对Blat进行详细的应用分析,结果发现,Blat能够解决转录组数据分析过程中的序列比对这一瓶颈,可广泛应用于功能基因组相关的数据分析任务。 相似文献
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对一个中国汉族Gilbert综合征遗传家系致病基因突变位点进行鉴定,以期了解该病的分子遗传学基础。首先提取先证者基因组DNA,PCR扩增尿苷二磷酸葡萄糖醛酸转移酶UGT1A1基因的5个外显子,以琼脂糖电泳鉴定PCR产物,纯化后直接测序鉴定。基因扫描显示,与血清胆红素水平密切相关的UGT1A1基因在第1和第5外显子存在纯合突变,而 UGT1A1基因启动子区域和内含子/外显子剪接边界位点序列未检测到突变。进一步对其他家系成员该基因的相应位点进行突变检测,结果显示他们在第1和第5外显子也存在杂合突变,其中还有两个成员在启动子区域检测到(TA)插入突变。对家系成员未抗凝新鲜血液进行生化检测证实了基因突变分析的结果。综合以上结果发现该家系三种突变并存,致病因素为第1和/或第5外显子突变,为显性遗传,两种突变位点纯合导致先证者出现严重胆红素代谢功能障碍。该家系因此成为Gilbert综合征突变位点及其致病机理研究的一个典型临床病例。 相似文献
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双重编码(dual coding)是指一段mRNA序列同方向上存在两个开放阅读框架,从而可编码不同氨基酸序列的现象.双重编码现象在原核生物、噬菌体和病毒中作为一种可有效利用基因组的方式而普遍存在.新近报道,在真核生物中也存在双重编码现象,对于认识真核生物基因表达调控的机制提供了新的信息. 相似文献
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大多数真核基因能够发生可变剪接,其调控对于生理和病理状态下细胞功能的实现至关重要,而异常可变剪接则可导致多种疾病。虽然已知可变剪接能够在转录后水平调节基因表达,然而目前仍不清楚特定的可变剪接模式是如何被调控的。越来越多的研究发现细胞信号和外界环境刺激能够调控靶基因的剪接模式,并且已发现一些与可变剪接调控有关的信号转导通路,而后者能够通过修饰剪接因子进而改变剪接因子的亚细胞定位或者活性,从而实现对靶基因可变剪接模式的调控。由细胞信号转导通路所构成的网络能够灵活多样地调控基因剪接,一条信号通路可调控多个基因剪接,而多条信号通路也可调控同一基因剪接,对于理解信号转导过程的分子机制具有重要意义。 相似文献
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大鼠脑红蛋白(NGB)可溶性原核表达和单克隆抗体制备及鉴定 总被引:10,自引:0,他引:10
脑红蛋白 (NGB)是新发现的脑特异的携氧蛋白 .为了对其功能进行深入的研究 ,应用已构建大鼠NGB基因编码区原核表达载体pGEX 4T 2 NGB转化的大肠杆菌BL2 1 ,获得可溶性表达产物 .用谷胱甘肽S 转移酶 (GST)亲和层析柱纯化后作为抗原 ,免疫Balb c小鼠 .通过传统的细胞融合方法制备了抗大鼠NGB的单克隆抗体 ,并对全部 4株单抗进行了亚类和亚型、效价和特异性鉴定 .为NGB结构与功能的深入研究提供了重要工具 相似文献
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酵母双杂交相关方法的改良及应用 总被引:1,自引:0,他引:1
对酵母双杂交实验过程中较为耗时的阳性克隆鉴定过程进行改进,以期建立一种快速有效的鉴定方法。分别采用液氮冻融法、超声破碎法、渗透压破壁法以及煮沸裂解法裂解酵母细胞,获得质粒作为PCR模板,直接测序鉴定筛选到的相互作用蛋白。以液氮冻融法和超声破碎法裂解细胞获得的质粒为模板进行PCR,得到特异的产物,测序鉴定结果明确,与经典的鉴定方法相比效果相当,但更加经济快捷;而渗透压破壁法和煮沸裂解法则效果不好。说明前两种方法可代替常规方法用于阳性克隆的鉴定,从而加快酵母双杂交实验中大量阳性克隆的筛查工作。 相似文献
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Neuronatin(Nnat)是最近克隆的脑特异表达的新基因,在大脑发育过程中被选择性地剪接.人Nnat基因全长3 973 bp,含有3个外显子和2个内含子.Nnat mRNA有α和β两种剪接形式,分别编码81个和54个氨基酸,两者具有同一相位的开放阅读框架,差别在于β形式中间的外显子被剪切掉.人Nnat是单拷贝基因,定位于染色体20q11.2~12.小鼠Nnat基因定位于2号染色体末端.该基因是印记基因(imprinted gene),仅在父本来源的等位基因表达,而母本来源的等位基因则被甲基化不能表达.该基因在胚胎期及出生后早期大量表达,而在成年和衰老动物大脑中表达明显降低,因此推测该基因与大脑的发育和分化密切相关.成年动物中垂体前叶是Nnat mRNA唯一强表达的地方.推测其蛋白质产物具有疏水N端和亲水C端,是跨膜蛋白,其确切功能尚属未知. 相似文献
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TAT蛋白转导肽介导的秀丽线虫体内外源蛋白的跨膜转导研究 总被引:1,自引:0,他引:1
TAT蛋白转导肽是HIV-1病毒编码的一段富含碱性氨基酸序列的多肽,能够高效介导多种外源生物大分子通过多种膜性结构,如细胞质膜和血脑屏障等。为探索TAT蛋白转导肽介导的秀丽线虫体内外源蛋白跨膜转导作用,以EGFP为报告基因结合常规分子克隆技术构建了原核表达载体pET28b-EGFP和pET28-TAT-EGFP,继而利用诱导剂IPTG(终浓度1mmol/L)诱导表达了靶蛋白并结合荧光显微观察、SDS-PAGE和Western blot等鉴定技术获得表达靶蛋白的大肠杆菌BL21(DE3)细胞,最后将其涂布到含有Kana+的LB固体培养基上直接饲喂野生型N2株系线虫,利用荧光显微镜观察绿色荧光信号在线虫体内的分布。结果证明,TAT-EGFP融合蛋白较之于EGFP可高效、可溶性表达,而且通过直接饲喂秀丽线虫表达靶蛋白的大肠杆菌48小时后,TAT-EGFP荧光信号明显分布于线虫肠壁细胞,而EGFP荧光信号则分布在秀丽线虫肠腔,空载体对照组未见任何荧光信号,说明TAT蛋白转导肽能够高效介导外源蛋白在秀丽线虫体内跨膜转导。同时,通过比较空载体对照组与实验组线虫微分干涉图像,未见线虫出现明显的细胞形态变化,说明TAT蛋白转导肽介导的外源蛋白跨膜转导作用是安全的,为在秀丽线虫体内直接研究外源蛋白的功能以及进行蛋白药物的研发提供了重要参考。 相似文献
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序列同源性分析软件Blast的WEB界面构建及其应用 总被引:5,自引:1,他引:4
基于局域网(Intranet)内的PC/Linux服务器, 构建了序列同源性分析软件Blast的WEB界面. 局域网内的所有计算机均可通过WEB方式访问该服务器进行公共数据库和自建数据库的查询,具有保密、高效、免费的优点,能够满足实验室和研究院所的大规模、快速数据分析任务. 相似文献
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缺氧损伤是常见而又重要的病理过程,P53蛋白在缺氧调控中发挥的作用也逐渐为人们所认识。P53可在细胞核内富集并协助细胞快速应答缺氧信号,还能根据缺氧程度等因素间接决定缺氧损伤细胞的命运,促使细胞周期停滞、衰老或凋亡等。因此,P53是细胞缺氧损伤与保护过程中的重要影响因素。 相似文献