LAMP技术在食源性病原微生物检测中的应用

针对常见引起食物中毒细菌的特异保守基因设计环介导恒等温扩增(LAMP)引物,并以此套引物建立食源性病原微生物的检测方法。特异性及灵敏性试验显示,LAMP法最低检出限为10-5,Real-time LAMP最低检出限为10-7,而普通PCR的检出下限仅为10-3;且LAMP全部反应在1 h内完成;LAMP反应结果可通过肉眼直接观测判定结果。LAMP快速检测常见食物中毒菌的方法初步建立,同时结合Real-time LAMP,可提供更准确的检测结果并可实现仪器在线式实时监测。     

家禽市场污水来源的H5N1亚型禽流感病毒NS基因分析

对长沙市家禽市场污水来源的H5N1亚型禽流感病毒(Avian influenza viruses,AIV)的非结构蛋白(Non-structural,NS)基因进行进化和分子特征分析,探讨污水中H5N1病毒的传播风险。9份家禽市场环境污水H5N1亚型AIV标本进行NS基因TA克隆测序,测序结果利用Lasergene和Mega5软件进行氨基酸(amine acid,aa)比对和进化树分析。共得到8个阳性克隆,进化树构建显示8个H5N1的NS基因均属于A亚群,其编码的NS1和NS2蛋白与A亚群代表株(A/chicken/Hubei/w h/1999)aa同源性分别为90.1%～92.5%和91.0%～92.6%,8个H5N1的NS1和NS2aa之间的同源性分别为93.8%～100.0%和98.4%～100.0%。8个H5N1的NS1蛋白均具有缺失80～84位aa、C末端携带有ESEV的PL基序和第92位aa为E的高致病性分子特征。家禽市场污水来源的H5N1亚型AIV的NS基因具有高致病性的分子特征,这种基因特征表明污水可能传播H5N1病毒。     

115例手足口病原学监测结果分析

目的:探讨长沙地区手足口病的病原学特征,为当地的疾病预防和控制提供科学依据.方法:使用肠道通用和EV71、CA16特异性引物,对2009年长沙市的115例手足口病患者的疱疹液、粪便、咽拭子标本,进行RT-PCR鉴定,并对手足口病疫情开展监测,采用流行病学方法对结果进行统计分析.结果:在采集到标本的115例患者中,84例患者检测结果为阳性,其中19例检测为EV71病毒核酸阳性(22.62%);30例检测CA16阳性(35.71%);35例检测到其他肠道病毒(41.67%).阳性标本中男女性别比为(1.27:1),发病年龄主要集中1-5岁儿童(90.47%),尤其是在3岁组(34.52%);发病季节主要集中于4-8月.结论:在长沙地区手足口病易发于1-5岁儿童,应在春夏季重点加强这一人群的预防和控制措施.     

长沙A(H1N1)亚型季节性流感暴发疫情的实验室诊断及其HA基因特性分析

对2009 年长沙麓山国际学校流感暴发疫情进行实验室诊断, 并探索新分离的A(H1N1)亚型流感病毒血凝素(HA)的基因特性。对流感暴发疫情的25 份鼻/咽拭子标本进行RT-PCR检测和流感病毒分离, 然后利用CEQ?8000 Genetic Analysis System对病毒分离株(A/Yuelu/314/2009)进行测序, 测序结果提交至GenBank(登录号: FJ912843)并用ClustalX和Mega4.1软件进行序列分析。结果显示, 分离出A(H1N1)亚型流感毒株18株, 检出21份A(H1N1)亚型流感病毒核酸阳性; A/Yuelu/314/2009(H1N1) HA基因序列与2008~2009 年疫苗株(A/Brisbane/59/2007)比较显示: 核苷酸和氨基酸同源性均为99%, 有6个位点的氨基酸发生了变异(V148A、S158N、G202A、I203D、A206T、W435R), 其中一个S158N氨基酸变异位于B抗原表位, HA基因序列上共有潜在糖基化位点9 个(27、28、40、71、151、176、303、497、536), 与A/Brisbane/59/2007相同且氨基酸序列保守。本实验诊断出此次流感暴发疫情的病原体为A(H1N1)型季节性流感病毒, 研究还发现A/Yuelu/314/2009(H1N1)长沙分离株与A/Brisbane/59/2007 疫苗株基因序列比较显示并未形成一个新的变种, 推测是由于分离株与疫苗株之间基因特性的改变和人群对A(H1N1)亚型流感病毒免疫力降低导致了此次长沙麓山国际学校A(H1N1)亚型流感的暴发。     

LAMP技术用于霍乱弧菌检测的研究

霍乱是由霍乱弧菌感染所引起的,属于甲类传染病.因此,建立一种快速、灵敏、特异的检测方法,对霍乱的预防和控制工作有十分重要的现实意义.通过霍乱弧菌外膜蛋白的ompW基因设计特异引物,建立霍乱弧菌的LAMP检测方法,同时对细菌进行扩增以检测该方法的灵敏度和特异性,并与普通PCR进行比较.实验的全部反应可在2 h内完成,且反应结果可通过肉眼观测直接判定;实验中霍乱弧菌的LAMP检测方法灵敏度是普通PCR的100倍,最低检出下限为10-5;检测霍乱弧菌均为阳性,其它13株非霍乱菌则全部阴性,特异度为100%.结果表明:该方法能快速、灵敏、特异性地检测霍乱弧菌,为快速检测病原微生物起到了很好的借鉴作用.