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耐辐射球菌转录因子DdrO 的基因克隆与生物信息学分析 总被引:1,自引:0,他引:1
目的:克隆耐辐射球菌ddrO基因,并对其进行生物信息学分析,预测其功能。方法:根据耐辐射球菌ddrO基因序列,由Primer Premier 5设计一对引物,以提取的耐辐射球菌基因组为模板,PCR扩增获得耐辐射球菌ddrO基因,序列测定并利用生物信息学软件对ddrO基因的理化性质、高级结构及生物学功能等进行分析与预测。结果:成功获得了ddrO基因。生物信息学分析发现,ddrO基因核苷酸序列长度为396bp,编码一个131aa组成的相对分子质量为14.993kD的预测的DdrO转录因子。核酸同源性搜索及比较分析仅在与耐辐射球菌同属的Deinococcus geothermalis和Deinococcus deserti中发现高度相似的序列;蛋白同源性搜索发现一些与DdrO显著同源的蛋白,如Deide20570(95%),Dgeo0336(90%),Deide3p02170(82%)等;结构域分析发现DdrO含有HTH(helix-turn-helix)DNA结合结构域。结论:根据生物信息学结果预测DdrO蛋白可能具有转录调控作用,参与DNA修复和复制,在耐辐射球菌的DNA损伤修复过程中发挥一定作用。 相似文献
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目的:研究可溶性凝血酶调节蛋白(Soluble thrombomodulin,sTM)结合的血浆低密度脂蛋白对细胞胆固醇代谢的影响,探索sTM参与或影响动脉粥样硬化发病过程的初步机制。方法:以THP-1巨噬细胞为模型,通过油红O染色、高效液相色谱检测胆固醇含量等方法,以体外重组人可溶性凝血酶调节蛋白结合的低密度脂蛋白(sTM-LDL)作用于巨噬细胞,观察sTM-LDL对细胞胆固醇代谢的影响。结果:研究发现:正常人LDL对细胞内胆固醇代谢影响较小;而sTM-LDL处理细胞72小时后,细胞内大量脂滴形成,细胞内胆固醇含量明显增多,符合典型泡沫细胞的特征;运用NH-1单抗中和/干扰sTM的作用,不能阻断sTM-LDL诱导的THP-1细胞内胆固醇聚集。结论:sTM对LDL的修饰可能改变了LDL的理化特性和代谢途径,可导致细胞内胆固醇聚集和泡沫细胞的形成,且这种作用与sTM本身对细胞的影响可能无明显关系。 相似文献
3.
目的研究人参皂苷水解脱糖产物DS-1226对慢性限制活动大鼠的抗抑郁作用,为抗抑郁药物的研发提供实验数据。方法将90只雄性Sprague-Dawley大鼠随机分为6组,每组15只,分别为对照组(control)、模型组(model)、西酞普兰组(citalopram,100 mg/kg)、低剂量组(DS-1226,18.75 mg/kg)、中剂量组(DS-1226,37.5mg/kg)、高剂量组(DS-1226,75 mg/kg)。预防7 d给药后进行每天14 h连续28 d的限制活动造模并连续给药。造模过程中每周监测体重并在造模完成后进行糖水偏爱、新奇事物、自主活动实验,测试完成后处死动物取血清检测皮质酮含量。结果经过慢性限制活动应激后,模型组大鼠的体重和糖水偏爱指数降低,对新奇事物的探索行为以及自主活动尤其是中央区的活动减少,血中的皮质酮含量升高。但中剂量、高剂量的DS-1226和西酞普兰能不同程度的提高慢性限制活动大鼠的体重和糖水偏爱指数,增加对新奇事物的探索次数、探索时间、降低潜伏期时间,增加自主活动尤其是中央区的活动,降低血中皮质酮的含量。结论 DS-1226具有改善慢性限制活动大鼠抑郁行为的作用。 相似文献
4.
巨噬细胞源性泡沫细胞转化被认为是动脉粥样硬化(atherosclerosis,AS)形成与发展的早期变化,其细胞内蓄积的过量脂质可通过促进血管内膜生长与坏死核形成,继而诱发斑块破裂及血栓形成等严重后果.近期研究发现,雷公藤红素可显著调节脂质代谢,对泡沫细胞转化进程具有潜在的治疗意义.本研究表明,雷公藤红素(Celasrol,CeT)呈浓度依赖性减少巨噬细胞Raw264.7内的脂滴积蓄,并上调胆固醇转运关键分子ABCA1、LXRA蛋白质表达.进一步研究显示,CeT可逆转ABCA1敲低介导的脂质蓄积与ABCA1表达下调.此外,CeT处理Raw264.7细胞24 h时观察到自噬标志物LC3Ⅱ/Ⅰ增加、p62减少,且采用自噬抑制剂3MA可恢复细胞内脂质水平.综上,CeT可能通过上调LXRα/ABCA1信号及激活荷脂细胞自噬,抑制巨噬细胞内脂质蓄积.因此,深入探究CeT在巨噬细胞源性泡沫细胞转化及AS发生发展中的作用,是研究AS治疗新的着力点,并为药物干预提供新的靶点. 相似文献
5.
亲环素A(eyelophilinA,cyPA)是一种胞质蛋白,属于亲免素家族(Cyclophilins)成员.它广泛存在并且大量表达于各种组织中,高度保守,具有肽脯氨酰顺反异构酶活性,能够参与多种信号转导途径.亲环素A具有很多生物学功能,包括血管疾病和免疫调节、肿瘤发生等.本文就Cyciophilin A蛋白在心脑血管疾病中的研究进展进行综述. 相似文献
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目的:克隆耐辐射球菌ddrO基因,并对其进行生物信息学分析,预测其功能。方法:根据耐辐射球菌ddrO基因序列,由Primer Premier 5设计一对引物,以提取的耐辐射球菌基因组为模板,PCR扩增获得耐辐射球菌ddrO基因,序列测定并利用生物信息学软件对ddrO基因的理化性质、高级结构及生物学功能等进行分析与预测。结果:成功获得了ddrO基因。生物信息学分析发现,ddrO基因核苷酸序列长度为396bp,编码一个131aa组成的相对分子质量为14.993kD的预测的DdrO转录因子。核酸同源性搜索及比较分析仅在与耐辐射球菌同属的Deinococcus geothermalis和Deinococcus deserti中发现高度相似的序列;蛋白同源性搜索发现一些与DdrO显著同源的蛋白,如Deide_20570(95%),Dgeo_0336(90%),Deide_3p02170(82%)等;结构域分析发现DdrO含有HTH(helix-turn-helix)DNA结合结构域。结论:根据生物信息学结果预测DdrO蛋白可能具有转录调控作用,参与DNA修复和复制,在耐辐射球菌的DNA损伤修复过程中发挥一定作用。 相似文献
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DNA聚合酶高保真机理的新发现及其在SNP分析中的应用 总被引:3,自引:0,他引:3
高保真DNA聚合酶在遗传与进化等生命活动中具有十分重要的生理与病理意义。高保真聚合酶除具有广为人知的校正功能外,最近的实验进一步表明, 由不能及时校正或难于纠正的错配碱基引发的“关”闭DNA聚合反应的效应, 同样保证了DNA聚合反应终产物的纯度。高保真聚合酶这一“关”闭DNA聚合反应的能力, 促成了其与耐外切酶消化的3´末端碱基特异性引物共同构成一个SNP敏感性纳米级复合分子“开/关”,高保真聚合酶分子中相距三纳米的聚合中心和3´→5´外切酶酶解中心则既合作又独立地起到了复合分子开关中“开”和“关”的效能:对于配对的引物,则直接在该酶的聚合中心进行聚合反应,即“开”的效应;而对于3´末端错配的引物,则从该酶的聚合中心转移至3´→5´外切酶的酶解中心,由于引物修饰了的3´末端耐外切酶的特点,继而出现了一种长时间无酶解产物的酶解过程,最后因酶的聚合中心空转而“关”闭DNA聚合反应,即“关”的效应。这一新的复合分子“开/关”在很大程度上满足了后基因时代对SNP分析的要求。该SNP分子开关的应用, 使基因诊断提高到单碱基水平。同时, 利用该方法通过SNP对基因组扫描, 在单基因遗传病病因研究及法医学鉴定上具有很强的理论和实用价值。 相似文献
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目的:研究survivin在二烯丙基二硫(diallyl disulfide,DADS)诱导HepG2细胞凋亡中的作用。方法:MTT法检测细胞的生长活性;流式细胞仪检测细胞周期;RT-PCR法检测survivin mRNA水平;Western blot法检测survivin蛋白水平。结果:用药组HepG2细胞活性与正常组相比,随着药物浓度的增加(25,50,100,200μmol/l),分别下降了9.3%、10.4%、21.6%、31.2%,HepG2细胞凋亡率分别增加0.83%、1.97%、6.0%、9.9%,低浓度(25,50μmol/l)的DADS可以诱导survivin mRNA和蛋白表达升高,而高浓度的(100,200μmol/l)DADS可以降低survivin mRNA和蛋白表达。结论:DADS诱导HepG2细胞survivin表达增加,抵抗DADS诱导HepG2细胞的凋亡作用。 相似文献
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我们研究发现,有些果蝇基因的外显子和插入序列的碱基组成没有明显区别.这种基因编码的蛋白质C-末端氨基酸序列与其转录的mRNA尾随片段高度亲和.这种母基因与其编码的子蛋白质高度亲和的特性,我们称为母子相亲机制.用这些基因的尾随片段进行同源搜索,然后再分析同源序列所在位置的RNA结构,结果发现:1)位于基因启动子位置的,其结构为茎环结构,说明该同源序列是基因启动子的重要组成部分;2)位于插入序列中的,出现了一种象钥匙一样的结构,它的一端为回文形成的茎环结构,为钥匙的柄,另一端为单链结构,为钥匙的舌.这两种序列可能参与了基因的调控.由此,我们建立了一个的V形的基因调控模型.这个模型包括3个主体:被控基因、编程基因、启动基因.编程基因提供蛋白质与被调控基因的启动子序列结合,决定被调控基因是否可以表达的.而启动基因转录成的RNA通过剪切等加工,产生一种结构象钥匙的microRNA(miRNA),它可以启动被调基因.根据母子相亲机制和V形调控模型,以及回文规则,我们设计出了一种尾随片段搜索筛选法,预测真核生物基因的互控关系. 相似文献