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1.
NA干涉 (RNAinterference ,RNAi)是一种特异性地导致转录后基因沉默的现象 ,在哺乳动物细胞中小分子干扰RNA双链体 (smallinterferingRNAduplexes ,siRNAduplexes)可以有效地诱导RNAi现象 ,为一些疾病的治疗开辟了新的途径 .针对SARS冠状病毒 (SARScoronavirus ,SARS CoV)中编码 5个主要蛋白质的基因 ,用生物信息学的方法设计了3 48条候选siRNA靶标 .在理论上 ,相应的siRNA双链体能特异地抑制SARS CoV靶基因的表达 ,同时不会影响人体细胞基因的正常表达 ,这为进一步siRNA类药物的实验研究提供了理论基础  相似文献   
2.
RNA的二级结构预测是生物信息学中一个已经有30多年历史的经典问题,基于最小自由能模型(MFE)的优化算法是使用最为广泛的方法.但RNA结构中假结的存在使MFE问题理论上成为一个NP-hard问题,即使采用动态规划等优化算法也会面临时间复杂度高的困难,同时研究还发现,由于受RNA折叠动力学机制以及环境因素的影响,真实的RNA二级结构往往并不处于自由能最小状态.根据RNA折叠的特点,提出了一种启发式搜索算法来预测带假结的RNA二级结构.该算法以RNA的茎为基本单元,采用启发式搜索策略在茎的组合空间中搜索自由能最小并且出现频率最高的RNA二级结构,该算法不仅能显著降低搜索RNA二级结构的时间复杂度,还有助于弥补单纯依赖能量预测RNA二级结构的不足.在多种类型的RNA标准数据集上进行了检验,结果表明,该算法在预测的精度上优于目前国际上几个著名的RNA二级结构预测算法并且具有较高的运行效率.  相似文献   
3.
正生物技术的迅猛发展推动了生命科学进入大数据时代,以新一代测序技术为代表的高通量生物技术加速了生物学与计算、信息等学科的融合,大大推进了生物信息学的发展.据美国国家生物技术信息中心(National Center for Biotechnology Information,NCBI)最新的数据统计,相较前一年,基因组测序项目增长了49.94%,以读长数据(read)为代表的高通量核酸测序数据增长了44.37%,蛋白质序列数据增长了39.85%[1].截止最新的数据发布(2017年9月),存储于GenBank数据  相似文献   
4.
针对SARS冠状病毒重要蛋白的siRNA设计(英)   总被引:4,自引:0,他引:4  
RNA干涉(RNA interference, RNAi)是一种特异性地导致转录后基因沉默的现象,在哺乳动物细胞中小分子干扰RNA双链体(small interfering RNA duplexes, siRNA duplexes)可以有效地诱导RNAi现象,为一些疾病的治疗开辟了新的途径.针对SARS冠状病毒(SARS coronavirus, SARS-CoV)中编码5个主要蛋白质的基因,用生物信息学的方法设计了348条候选siRNA靶标.在理论上,相应的siRNA双链体能特异地抑制SARS-CoV靶基因的表达,同时不会影响人体细胞基因的正常表达,这为进一步siRNA类药物的实验研究提供了理论基础.  相似文献   
5.
糖组学的研究与发展对生命科学及生物医药的发展具有重要的推动作用.寡糖结构的解析是糖组学中重要的研究课题之一.串联质谱分析技术以其具有高特异性及高灵敏度的特点成为了广为使用的寡糖结构解析方法.本文首先概述了串联质谱寡糖结构解析的研究背景;然后介绍了现有的寡糖结构解析策略及基于每种策略的经典解析方法,并对所列方法的原理和算法进行逐一分析讨论;最后,总结现有方法的优缺点,对串联质谱寡糖结构研究领域进行了研究展望.  相似文献   
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