基于机器学习的药物-靶标相互作用预测*

近年来,随着计算机硬件、软件工具和数据丰度的不断突破,以机器学习为代表的人工智能技术在生物、基础医学和药学等领域的应用不断拓展和融合,极大地推动了这些领域的发展,尤其是药物研发领域的变革。其中,药物-靶标相互作用(drug-target interactions, DTI)的识别是药物研发领域中的重要难题和人工智能技术交叉融合的热门方向,研究人员在DTI预测方面做了大量的工作,构建了许多重要的数据库,开发或拓展了各类机器学习算法和工具软件。对基于机器学习的DTI预测的基本流程进行了介绍,并对利用机器学习预测DTI的研究进行了回顾,同时对不同的机器学习方法运用于DTI预测的优缺点进行了简单总结,以期对开发更加有效的预测算法和DTI预测的发展提供帮助。     

盐酸多奈哌齐联合综合康复训练对老年痴呆患者认知功能、事件相关电位及血清BDNF、IGF-1的影响

目的:探讨盐酸多奈哌齐联合综合康复训练对老年痴呆患者认知功能、事件相关电位及血清脑源性神经营养因子(BDNF)、胰岛素样生长因子1(IGF-1)的影响。方法:选取2017年3月~2020年3月期间来我院接受治疗的120例老年痴呆患者,根据随机数字表法分为对照组(n=60,盐酸多奈哌齐治疗)和联合组(n=60,盐酸多奈哌齐联合综合康复训练治疗)。对比两组疗效,治疗前、治疗3个月后的认知功能评分、事件相关电位、血清BDNF和IGF-1水平变化,以及治疗期间不良反应发生情况。结果:联合组的临床总有效率为91.67%,高于对照组的70.00%(P<0.05)。两组治疗3个月后日常生活能力评估量表(ADL)、临床痴呆量表(CDR)评分降低,且联合组低于对照组(P<0.05);简易精神状态量表(MMSE)评分升高,且联合组高于对照组(P<0.05)。两组治疗3个月后N1潜伏期、P2潜伏期均缩短,P3波幅均升高,且联合组治疗3个月后P2潜伏期短于对照组,P3波幅高于对照组(P<0.05);两组治疗3个月后N1潜伏期比较未见统计学差异(P>0.05)。联合组治疗3个月后BDNF水平高于对照组(P<0.05);两组治疗3个月后IGF-1水平比较未见统计学差异(P>0.05)。对照组与联合组不良反应发生率对比无统计学差异(P>0.05)。结论:老年痴呆患者在盐酸多奈哌齐基础上联合综合康复训练,认知功能可得到明显改善,同时还可调节患者事件相关电位及血清BDNF、IGF-1水平。     

伊曲康唑和羟基伊曲康唑体外抗菌活性比较

目的了解伊曲康唑和羟基伊曲康唑对临床常见深部感染真菌的体外敏感性,并对两者抗菌活性进行比较分析。方法酵母菌分离自血液和无菌体液标本,曲霉菌分离自气管插管吸取物、支气管肺泡灌洗液和保护性毛刷;酵母菌采用显色培养基和API 20C鉴定到种,曲霉菌用乳酸酚棉兰压片镜检鉴定到种;微量肉汤稀释法进行药敏试验。结果全国10家医院共收集到338株真菌,包括念珠菌281株,曲霉菌37株,新生隐球菌18株和其他酵母菌2株。伊曲康唑(ITZ)对白念珠菌、热带念珠菌、近平滑念珠菌、克柔念珠菌的敏感率分别为83.8%,70.8%,78.6%,38.5%;50%以上克柔念珠菌为剂量依赖性敏感;伊曲康唑对光滑念珠菌敏感性较差;而对于新生隐球菌、黄曲霉和烟曲霉的MIC50/MIC90分别为0.5/0.5、1/1、1/1μg/mL;羟基伊曲康唑与伊曲康唑有相似的抗菌活性。结论伊曲康唑对大部分深部感染真菌的敏感性较好,光滑念珠菌对伊曲康唑耐药株增多;伊曲康唑主要代谢产物有体外抗菌活性。     

斑马鱼心脏发育候选基因Pygo1多克隆抗体的制备及检测

Pygo1是心脏发育候选基因,可能在斑马鱼心脏发育过程中起着重要的调控作用.利用生物信息学选择斑马鱼Pygo1基因抗原亲水区,将扩增出的PCR片段克隆到原核表达pGEMT-4T-1载体中,转入E.coli中后通过IPTG(Isopropylβ-D-thiogalactoside)分别诱导表达GST融合蛋白.蛋白经纯化分离后用于免疫新西兰大白兔制备多克隆抗体.用Western Blot检测抗体的效价和特异性.     

粒重差异显著的两种水稻颖果发育比较

为了探讨控制水稻(Oryza sativa L.)颖果发育的因素,选择了颖果干重有显著差异的Ootikara (大粒,36mg/粒)和Habataki (小粒,18 mg/粒)两个水稻品种,比较颖果重量、胚乳细胞数、果皮和胚乳的结构以及某些生理活性等变化。结果指出:与Habataki相比, Ootikara子房壁细胞和颖果的持续生长期长,最终颖果的胚乳细胞数目和每个细胞的平均干重大; Ootikara颖果的脱氢酶和H2O2酶活性、穗的呼吸速率、剑叶的绿色程度和光合速率等维持高水平的时间长;Ootikara子房背部维管束失去功能的时间也较迟。结果表明,大粒品种的库容大和生理活性期长是其颖果能显著增大的生理原因。     

无粪便生活污水SMBR快速处理技术

针对传统生活污水水质相对复杂,处理与回用较为困难的问题,提出在收集时排除粪便水,选择厨房、洗漱、洗澡、洗涤的污水,利用浸没式膜生物反应器(SMBR)技术实现无粪便污水的快速处理,再生水回用于冲厕.结果表明:此种污水COD、NH4+-N和TP含量低,具有良好的可生化性,可大大降低处理周期与处理成本.本技术优化的主要工艺条件为:污泥浓度范围7000～9100 mg·L-1,污泥龄(SRT)40～55 d,水力停留时间(HRT)为80min,气水比为12～15,处理效果好,微滤膜对稳定出水水质起到重要作用.在此条件下,COD、NH4+-N和TP去除率分别为85.5%、53.1%和44.9%.出水COD在20～30 mg·L-1,BOD5为1～5 mg·L-1,NH4+-N为2～3.08 mg·L-1,TP为0.59～0.9 mg·L-1,LAS为0.41～0.67 mg·L-1,去除效果较好,再生水水质可达到<城市污水再生利用城市杂用水水质>(GB/T 18920-2002)标准.     

绞股蓝对大鼠肝组织内细胞色素P450和GST、UGT活性的影响

SD 大鼠自由饮用绞股蓝汁(绞股蓝汁每天新鲜配制,浓度为每100 g 水2 g 茶叶,100℃的水温浸泡30 min,取上清液),连续给药60 d,取出肝脏,用差速离心法制备肝脏胞浆液及肝脏微粒体,采用双光束紫外分光光度法测定 CYP3A、CYP2E1、NADPH-细胞色素 C 还原酶、UGT、GST 的活性及细胞色素 b5的含量,结果显示绞股蓝可显著升高细胞色素 b5的含量,显著诱导 CYP3A、UGT、GST、NADPH-细胞色素 C 还原酶的活性,但对 CYP2E1没有影响。提示绞股蓝与药物合用时,在体内可能会发生代谢性药物相互作用。     

住院精神分裂症患者生活质量调查及与认知功能和社会支持的关系分析

摘要 目的：调查住院精神分裂症患者生活质量情况,并分析生活质量与认知功能和社会支持的关系。方法：本次研究为回顾性分析,将2019年1月-2020年10月期间于我院住院的精神分裂症患者225例纳为病例组。通过宣传招募健康志愿者200例作为对照组。对比两组生活质量、社会支持评分和认知功能,住院精神分裂症患者生活质量的影响因素采用单因素和多因素Logistic回归分析。住院精神分裂症患者生活质量与认知功能和社会支持的关系采用Pearson 相关性分析。结果：病例组的健康状况调查问卷（SF-36）评分、社会支持评定量表（SSRS）评分均低于对照组（P<0.05）。威斯康星卡片分类测验（WCST）结果显示,病例组的错误应答数高于对照组,正确应答数低于对照组（P<0.05）,Stroop色词测验结果显示,病例数正确数低于对照组,错误数高于对照组（P<0.05）。Pearson相关性分析结果显示,住院精神分裂症患者SF-36评分与SSRS评分呈正相关（P<0.05）。住院精神分裂症患者生活质量与文化程度、性别、年龄、病程、药物治疗、住院时间情况有关（P<0.05）。多因素Logistic回归分析结果显示,年龄、病程、住院时间、药物治疗情况为影响住院精神分裂症患者生活质量的危险因素（P<0.05）。结论：住院精神分裂症患者的生活质量低于健康人群,影响其生活质量的因素主要包括社会支持以及患者的年龄、病程、住院时间、药物治疗情况。     

鸭肠炎病毒感染对鸭肠道黏膜组织转录组变化分析

为了探究鸭肠炎病毒感染对鸭十二指肠黏膜组织相关免疫基因的变化影响,本试验采用鸭肠炎病毒接种35日龄的健康樱桃谷鸭,将其分为3组(2个试验组和1个对照组),在感染后24 h、48 h采集十二指肠,提取总RNA进行浓度、纯度及完整性检测后构建cDNA文库,使用BGISEQ-500平台对2个实验组和对照组黏膜组织测序,筛选差异表达基因,并用GO和KEGG数据库进行分析。结果显示,2个实验组感染鸭肠炎病毒后T24和T48分别筛选出共720个差异表达基因,其中T24表达上调58个,下调163个;T48表达上调77个,表达下调422个。GO功能注释结果显示,感染后差异基因都与代谢、免疫、炎症和调控途径等密切相关。KEGG通路富集分析发现,感染T24的差异表达基因富集到神经活性配体-受体相互作用、补体和凝血级联、氮代谢、cAMP信号通路和IL-17信号转导通路;感染T48的主要差异表达基因富集到神经活性配体-受体相互作用、细胞因子-细胞因子-受体相互作用、趋化因子信号通路、造血细胞谱系和补体和凝血级联。借助BGISEQ-500平台对鸭肠炎病毒感染后十二指肠黏膜组织相关因子的变化来探究其致病机制及其他生物学通路,弥补了非模式生物转录组研究中缺乏基因信息的不足。