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1.
水稻与拟南芥PHD-finger蛋白的系统分析   总被引:2,自引:0,他引:2  
冯英  刘庆坡  薛庆中 《遗传学报》2004,31(11):1284-1293
PHD-finger(plant homeodomain finger)是具Cys4-His-Cys3特征结构的锌指蛋白结构域,它广泛存在于植物或动物转录调节蛋白中。此类蛋白在植物或动物蛋白质组中具有多个功能各异的家族成员,并在发育中扮演重要的角色。鉴定了水稻44个推定的非冗余PHD-finger蛋白,并与拟南芥蛋白质组中45个该家族成员进行了比较;所构建的2棵进化树涵盖了这89个蛋白质,暗示水稻、拟南芥与人的PHD-finger蛋白中存在共同祖先。  相似文献   
2.
拟南芥丝氨酸羧肽酶类蛋白家族的基因组学分析   总被引:2,自引:0,他引:2  
冯英  刘庆坡  贾佳  薛庆中 《遗传学报》2005,32(8):864-873
基于隐马可夫模型,利用已知丝氨酸羧肽酶(Serine Carboxypeptidases,SCP)氨基酸序列作为训练集,搜索拟南芥全蛋白质组数据库,鉴定了54个推定的SCPL(丝氨酸羧肽酶类,Serine Carboxypeptidase-Like)基因,详细分析了各基因的结构特征、染色体定位与编码的蛋白质序列,发现7个可能最近发生复制事件的基因簇聚区,并且其SCPL基因广泛存在交替剪接方式。系统进化分析表明,88.9%基因编码的蛋白质属于双链羧肽酶Ⅰ或Ⅱ亚族,仅11.1%蛋白质属于单链羧肽酶Ⅲ亚族,暗示SCP蛋白不仅具有独特拓扑结构的催化中心与高度保守的“α/β水解酶折叠”三级结构,其DNA或蛋白质序列特征也可以作为系统进化研究依据。  相似文献   
3.
水稻基因组测序及基因功能的鉴定   总被引:6,自引:0,他引:6  
刘庆坡  薛庆中 《遗传学报》2006,33(8):669-677
水稻是重要的粮食作物。作为单子叶模式植物,水稻基因组的大规模测序具有巨大的理论价值和现实意义。目前已获得了籼稻“93—11”和粳稻“日本晴”高质量的基因组数据,这为在基因组水平上深入研究其生长、发育、抗病和高产等的遗传机理提供了便利,从而为进一步解决世界粮食危机提供了新的突破口和契机。随着水稻基因组计划的顺利结束,其研究重心也已由建立高分辨率的遗传、物理和转录图谱为主的结构基因组学转向基因功能的研究。结构基因组学研究获得的大量序列数据为揭示和开发功能基因开辟了广阔的前景。目前,利用图位克隆和电子克隆等方法已成功分离了多个水稻抗病、抗虫、抗逆境、抗倒伏、高产、优质等重要农艺性状相关的基因,对培育水稻新品种,促进农业的可持续发展意义重大。据估计,水稻至少拥有3.7万个非转座因子相关的蛋白编码基因。因此,完成全基因组序列测定后,重要基因功能的鉴定已成为当前基因组学研究的主要目标。反向遗传学、大规模基因功能表达谱分析和蛋白质组研究等策略已在研究水稻重要基因的功能方面发挥了重要作用。文章综述了水稻基因组测序及基因功能研究的现状,并就新基因发掘和基因功能注释的方法作了评述,期待为水稻遗传工程和育种实践提供参考。  相似文献   
4.
作为生命信息的基本遗传单位,基因组遗传密码的破译对于人们加深对生命本质的认识具有重要的理论价值和现实意义.目前,遗传密码子的研究重心已由遗传密码子的破译及反常密码子的发现转入到遗传密码子的起源与进化及扩张等研究.遗传密码子的起源与进化是当今基因组学研究的热点命题之一,相关的学说、假设层出不穷,但尚未取得实质性突破.另一方面,无义密码子的再定义及遗传密码的扩张等研究却极大的丰富和发展了遗传密码子的科学内涵,推动了生命科学研究的发展.文章综述了遗传密码子的多态性、起源与进化、无义密码子的再定义及遗传密码的扩张等方面的研究进展,并就其应用价值作了评述,期待为其在基因组学、医学等相关领域的应用研究提供参考.  相似文献   
5.
遗传密码子研究进展   总被引:2,自引:0,他引:2       下载免费PDF全文
作为生命信息的基本遗传单位,基因组遗传密码的破译对于人们加深对生命本质的认识具有重要的理论价值和现实意义。目前,遗传密码子的研究重心已由遗传密码子的破译及反常密码子的发现转入到遗传密码子的起源与进化及扩张等研究。遗传密码子的起源与进化是当今基因组学研究的热点命题之一,相关的学说、假设层出不穷,但尚未取得实质性突破。另一方面,无义密码子的再定义及遗传密码的扩张等研究却极大的丰富和发展了遗传密码子的科学内涵,推动了生命科学研究的发展。文章综述了遗传密码子的多态性、起源与进化、无义密码子的再定义及遗传密码的扩张等方面的研究进展,并就其应用价值作了评述,期待为其在基因组学、医学等相关领域的应用研究提供参考。  相似文献   
6.
转座因子对水稻同义密码子使用偏性的影响   总被引:1,自引:0,他引:1  
利用635个包含完整转座因子插入的粳稻CDS序列,对转座因子如何影响基因编码区的碱基组成及基因的表达水平,进而对基因同义密码子的使用偏性产生影响进行了详细分析。结果表明:转座因子插入极显著地影响到基因编码区的同义密码子使用但并非唯一因素;转座因子对不同基因的表达水平具有多重影响,有的基因表达被抑制,有的反而增强,但总的来说它减少了基因表达水平对同义密码子使用的影响程度。  相似文献   
7.
水稻线粒体丝氨酸羟甲基转移酶基因的电子克隆   总被引:6,自引:0,他引:6  
采用基于EST的电子克隆方法得到了一段长1611bp的cDNA序列,以此为信息探针搜索HTGs数据库,找到一个与之高度匹配的基因组DNA序列——OSJNBa0057G07克隆。用FGENESH分析该克隆中的联配区域得到一个包含14个外显子和13个内含子的基因。该基因位于水稻第3染色体物理图谱的136.0~137.6cM区域。推导的ORF编码498个氨基酸,经BLASTP搜索SWISS-PROT数据库和蛋白序列的亚细胞定位显示,该基因编码水稻的线粒体丝氨酸羟甲基转移酶(mSHMT)。该基因受到EST序列的完全支持,其中不乏来自盐胁迫、稻瘟病菌侵染等逆境处理的EST序列,推测该基因与水稻对逆境的应答反应有关。  相似文献   
8.
植物小RNA不仅参与调控植物生长发育,而且在调节植物免疫应答方面具有重要作用。根据其起源和前体结构的不同,可以分为微小RNA(mi RNA)、小干扰RNA(si RNA)等,其在植物体内合成方式与作用机制方面存在差异。病原物侵染会引起内源性小RNA或病原物来源的小RNA表达变化,进而引发植物免疫应答反应并激活相应的RNA干扰路径。本文重点介绍了小RNA类型以及合成方式,植物对病原物的免疫应答过程中的小RNA和RNA干扰途径,以及RNA干扰技术在植物抗病虫害过程中的应用等方面,同时对在植物免疫应答中的小RNA和RNA干扰作用机制进行展望。  相似文献   
9.
籼稻品种93-11同义密码子的使用偏性   总被引:15,自引:2,他引:13  
刘庆坡  谭军  薛庆中 《遗传学报》2003,30(4):335-340
利用籼稻品种93-11的全基因组序列及相应的EST数据,对影响同义密码子用法的若干因子进行了详细分析。指出93-11基因的表达水平(mRNA丰度)与3个同义密码子偏性指标CAI、CPP和ENC相关极显著(r=0.227^**,0.145^**和-0.147^**),表明高表达的基因其同义密码子非随机使用的程度越大;基因长度与CAI和CPP极显著负相关(r=-0.413^**和-0.480^**),与ENC极显著正相关(r=0.210^**),暗示较短的基因具有更高的转录活性;编码区G+C含量对其同义密码子偏性的贡献率远高于mRNA丰度和基因长度,G+C含量与CAI、CPP和ENC相关系数分别高达0.877^**,0.832^**和-0.740^**;起始编码区内A、T、C、G4种碱基呈明显的3周期振荡,尤以ATG下游第一个密码子所在的3个位点(+4、+5和+6)偏置最强烈,由此认为在这3个特殊位点有较高的自然选择压存在;93-11中25个最优密码子的首次确定将对水稻转基因具有指导意义。  相似文献   
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