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三个鲤品种微卫星丰度与遗传多样性分析 总被引:1,自引:0,他引:1
鲤(Cyprinus carpio)是世界上分布最广的淡水鱼类,由于地理隔离、突变、自然和人工选择等原因,在我国历史上形成了许多鲤鱼品种,如分布于江西省婺源县的荷包红鲤(Cyprinus carpio var. wuyuanensis)和兴国县的兴国红鲤(Cyprinus carpio var. singuonensis),它们都有近千年的养殖历史。这两个红鲤品种是我国优良的鱼类遗传育种材料,曾作为亲本生产了许多有较高经济价值的杂交种[1]。但是由于受到长期、密集的人工选育影响以及缺乏科学的选育指导,它们在形态和生长性状等方面出现了不同程度的衰退。过去对这两个鲤品种的研究多集中在形态、生化及线粒体基因组上[2-4],在基因组遗传变异的研究中主要采用 RAPD (Random amplified polymorphism DNA)和TRAP (Target region amplified polymorphism)标记技术[5,6],然而这两种标记都有各自的不足与局限性。微卫星即简单重复序列(Simple sequence repeats),具有数量多、多态性丰富、共显性遗传以及分析方法简便、快捷等优点,已在许多水产动物的遗传学和基因组学研究中得到广泛应用[7]。据报道,微卫星丰度与分布在不同物种存在一定程度的差异[8-11],但迄今未见鲤不同品种间微卫星丰度差异的报道。 相似文献
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为研究摄食促进基因和摄食抑制基因对鱼类生长调控和饥饿再摄食过程的影响,研究克隆了鳙神经肽Y(HynNPY)基因和前阿黑皮素原(HynPOMC)基因cDNA序列,采用qRT-PCR技术分析它们在生长显著差异鳙个体下丘脑、肠中的基因表达变化;设置对照组(连续投喂4周)、饥饿组、饥饿再摄食组,分析NPY和POMC在不同处理组鳙的下丘脑、肠中的基因表达变化。鳙NPY和POMC基因cDNA全长分别为839和799 bp,开放阅读框有291和657 bp,分别编码96和218个氨基酸。系统进化分析结果表明,鳙NPY和POCM基因具有高度保守性。鳙NPY在下丘脑的表达量最高,其次为肠和脑; POMC在肠道中的表达量最高,其次为下丘脑和肝脏。在相同环境下生长差异鳙个体的下丘脑和肠中, NPY在极大个体的表达量高于极小组个体, POMC在极小个体中的表达量高于极大个体。饥饿导致NPY在下丘脑表达上升,在肠表达量显著上升,恢复摄食后, NPY在下丘脑和肠中表达量下降; POMC在饥饿组下丘脑和肠中都表现为表达量呈显著上升,复投喂后POMC表达量逐步下降至接近对照组水平。肠组织学观察显示,极大个体的肠腔直径... 相似文献
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研究同时利用非编码区和编码区微卫星标记(G-SSR和EST-SSR)分析黑龙江、长江、奉化江及淮河水系共6个野生鲫(Carassius auratus)群体的遗传多样性及遗传结构, 并比较2类不同来源SSR用于鲫群体遗传多样性分析的差异。8个G-SSR标记在6个鲫群体中检测到173个等位基因, 平均Na、Ne、Ho、He以及PIC分别为22、12.9、0.769、0.893和0.879, 群体间Fst值介于0.008—0.085, 其中来自黑龙江水系的2个群体与其余水系的所有群体均达到或接近于中等程度的遗传分化, 而长江、奉化江和淮河水系4个群体间的遗传分化程度不明显。Nei’s遗传距离介于0.203—0.701; 根据遗传距离所绘制的UPGMA聚类图将6个鲫群体划分为2个大分支, 其中来自黑龙江水系的2个群体聚为一枝, 其余水系群体聚为另一枝。贝叶斯分析也支持这一结果, 将6个鲫群体划分为2个最佳理论群。利用8个EST-SSR标记在6个鲫群体中共检测到155个等位基因, 平均Na、Ne、Ho、He以及PIC分别为19、9.5、0.728、0.870和0.855; 群体间Fst值和Nei’s遗传距离分别介于0.005—0.084和0.117—0.683; 基于EST-SSR标记的UPGMA聚类分析和贝叶斯分析也将6个鲫群体划为两大类群: 黑龙江水系群体; 长江、奉化江和淮河水系群体。G-SSR和EST-SSR标记检测6个鲫群体的平均多态信息含量(PIC)分别为0.786—0.864和0.761—0.833。研究结果显示: 6个野生鲫群体均具有较高的遗传多样性, 但黑龙江水系群体多样性低于其他水系群体; 尽管EST-SSR标记的多态性略小于G-SSR标记, 但是2类微卫星标记均揭示了相似的鲫群体遗传结构和分化格局。研究结果对鲫种质资源的保护和EST-SSR标记在鱼类群体遗传学研究价值的评价提供了新的信息。 相似文献
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鳙Sox基因克隆及序列进化分析 总被引:1,自引:0,他引:1
利用简并引物SoxN和Sox9在鳙基因组DNA中进行PCR扩增和产物克隆测序,并对序列进行同源性比较和系统进化分析。结果表明本文鉴定出鳙15个Sox基因HMG盒序列,分别属于SoxB、SoxC和SoxE组,依据斑马鱼同源基因将其分别命名为Sox1a、Sox1b、Sox2、Sox3、Sox4a、Sox4b、Sox9a、Sox9b、Sox10、Sox11b、Sox12、Sox14a、Sox14b、Sox19和Sox21a。基于鳙和斑马鱼Sox1、Sox4和Sox9基因核苷酸序列构建的系统进化树显示这3个Sox基因的复制时间发生在鳙和斑马鱼的分化之前,结果支持了鱼类特异的基因组复制假说。以Sox1a、Sox1b和Sox4基因为分子钟标记构建系统进化树探讨鳙和斑马鱼的分化时间,结果显示,同属于鲤科鱼类的鳙(鲤亚科)和斑马鱼(鱼丹亚科)在原始的鱼丹亚科鱼类中存在一个共同祖先,大约出现在63.7百万年前。研究结果为进一步研究鱼类Sox基因复制和基因组进化等问题提供了重要参考资料。 相似文献
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白鱀豚组织培养的初步研究 总被引:3,自引:0,他引:3
白暨豚(twotesveAll咖rMiller)是一种仅生存于我国长江中下游的珍稀、濒危淡水豚类,目前已不足100头。近几十年来,对白暨豚的生物学、饲养和保护等进行了较系统的研究l‘1,但白暨豚的组织培养至今仍是空白。建立白暨豚的永久细胞系,对研究白暨豚的细胞遗传学、细胞生物学以至白暨豚的保护都有重要的意义。因此,作者取白暨豚的肾脏、肝脏、皮肤等组织作了原代培养和继代培养。l材料与方法1.三组织获取培养用的肾脏、肝脏、皮肤等组织取自1998年2月26日在长江上海水域搁浅死亡的白暨豚。取样处用酒精棉球擦净,点燃棉球,快速除去残… 相似文献
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表达序列标签(Expressed sequence tag,EST)标记在基因组作图和分子标记辅助育种研究中具有重要价值.筛选和开发可用于遗传作图的鲤鱼多态性EST标记,对研究鲤鱼的基因组结构、遗传多样性研究和遗传育种有重要意义.本研究根据GenBank数据库中鲤鱼EST序列设计了67对EST引物,有47对在鲤鱼基因组DNA中成功扩增得到稳定的特异性条带,经单链构象多态性(SSCP)分析,12对(25.5%)引物扩增的EST在1个鲤鱼回交家系中具有多态性,其中6个为鲤鱼功能基因,5个与斑马鱼(Danio rerio)功能基因具较高相似性,1个与斑点叉尾(Ictalurus punctatus)功能基因具较高相似性.这些多态性的EST在鲤鱼二倍体家系和单倍体群体中的等位基因分离均符合孟德尔规律(1∶1或3∶1),单倍体中的SSCP条带数目为二倍体的二分之一.选用其中4对多态性的EST引物对洞庭湖鲤鱼进行初步群体遗传分析,结果显示基因多样性(H)为0.437,远低于微卫星标记所揭示的该群体基因多样性(接近于1).结果表明,多态性的EST-SSCP标记尽管遗传变异性较低,但是作为来源于编码区的Ⅰ型遗传标记,在遗传作图和种群遗传适应性等研究中有较好的应用潜力. 相似文献
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为探讨引进种岩扇贝(Crassadoma gigantea)及虾夷扇贝(Patinopecten yessoensis)、栉孔扇贝(Chlamys farreri)和海湾扇贝(Argopecten irradians)的遗传变异及其之间的亲缘关系, 研究对4种扇贝的核糖体ITS1序列及5S rDNA序列进行了测定, 获得了4种扇贝的ITS1和5S rDNA全序列以及18S rDNA的部分序列, 并进行了序列特征、遗传多样性、遗传距离及系统发育等相关分析。结果显示, 基于ITS1序列的单倍型数、核苷酸变异位点、单倍型多样性指数、核苷酸多样性指数及平均核苷酸差异数分别在2—6、1—12、0.425—0.800、0.00081—0.00486和0.366—2.442; 基于5S 序列的相应参数分别在2—5、1—14、0.533—0.841、0.00108—0.01058和0.533—5.726。4种扇贝均表现出较低的多样性水平(π<0.01)。此外, 4种扇贝基于2种方法计算的种间遗传距离分别在0.040—0.121和0.042—0.413, 均表现为岩扇贝与虾夷扇贝的遗传距离最近, 而岩扇贝与海湾扇贝遗传距离最远。并且系统进化树分析显示岩扇贝与虾夷扇贝独自聚为一支, 说明引进物种岩扇贝与虾夷扇贝的亲缘关系较近。研究结果将为岩扇贝的种质资源保护以及今后的遗传育种研究工作提供参考信息。 相似文献
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稀有鮈鲫与其他模式实验鱼类基因组大小的比较 总被引:4,自引:0,他引:4
稀有鲫 (GobiocyprisrarusYeetFu)是我国特有的小型实验鱼类 ,具有性成熟期短、繁殖季节长、产卵频率高等特点[1] ,已在生态毒理和鱼病学等研究中得到应用 ,显示了它作为实验鱼类的良好潜力。在稀有鲫中 ,已进行了繁殖和胚胎发育[1,2 ] 、生长[3] 、染色体组型[4 ] 和雌核发育[5] 等研究。有关它的基因组大小或特点的报道尚未见到。这种遗传背景资料的缺乏 ,至今不清楚它与现有的模式实验鱼类相比有哪些优势或劣势 ,因而无法从基因组水平上评估稀有鲫在更加广泛的研究领域 (特别是遗传学和发育生物学 )中作为水… 相似文献