盐城自然保护区射阳河口潮间带大型底栖动物空间分布与季节变化

2008年11月—2009年10月,在盐城自然保护区射阳河口潮间带按月份对大型底栖动物群落进行取样。共得到大型底栖动物16种,隶属3门4纲15科,为软体动物、节肢动物甲壳类和环节动物多毛类,其中,潮间带米草丛6种,高潮带光滩7种,中潮带光滩13种,低潮带光滩7种。对潮间带各样点的物种数、密度、生物量以及不同样点的生物多样性指数Margalef指数(S)、Shannon指数(H)、Pielou指数(J)和Simpson指数(D)进行样点-季节间无重复双因素方差分析,发现样点间物种数、密度和生物量差异极显著(所有P<0.01),三者季节间差异均不显著;样点间H、D和S差异显著(所有P<0.05),季节间差异均不显著;而季节间和样点间J差异均不显著。对四季4个样点的群落进行聚类和排序分析发现,中、高潮带光滩界限不明显,潮间带米草丛和低潮带光滩界限明显。结果表明:生境条件的不同是潮间带大型底栖动物群落组成差异的主要原因,同一生境大型底栖动物群落季节间差异不显著。     

基于Cytb基因的NCBI数据库序列可靠性分析

本研究以常用于动物种属鉴定的Cytb基因位点为研究对象,利用所测得的30种盗猎案件中常见的野生动物Cytb基因部分片段序列及NCBI数据库中下载的该物种序列及其近缘物种序列,构建系统进化树。根据进化树的聚类情况,判断NCBI数据库中的相关基因序列或物种名称的正确性,并对其中错误序列的登陆号进行标记,以防对后续涉案动物的准确鉴定造成影响。分别从30种常见涉案野生动物(共35份样本)中提取线粒体DNA,并利用通用引物扩增线粒体DNA上的Cytb基因部分片段并进行测序分析。通过NCBI数据库的Blast比对功能,筛选出与本研究物种同源性由高到低的物种,并从NCBI基因数据库中下载此类近缘物种的Cytb基因序列共482条,利用MEGA软件构建该物种的系统进化树。比对发现NCBI中登录号为DQ246798、KP202269、AY286434等3个序列所对应物种拉丁名错误。登录号为AY509634、AJ131639、AM072747等5个序列所对应物种拉丁名可能存在疑问。NCBI数据库数据可靠性有待进一步验证,只能作为涉案物种鉴定的参考数据之一,可借助构建系统进化树等方法来确认其结果的准确性。     

赤狐直针毛显微形态学特征观察

应用扫描电镜及偏振光显微镜对赤狐背部和腹部直针毛的髓质指数及鳞片花纹类型进行研究,并观察了赤狐颈部和臀部的髓质指数.结果 表明,赤狐4个部位的髓质花纹区别不显著,背部的髓质指数为61.3%,腹部的髓质指数为46.2%,颈部的髓质指数为73.3%,臀部的髓质指数为80.5%,4个部位髓质指数区间为40.9%～80.9%;鳞片花纹类型较单一,背部主要鳞片类型为杂波型,腹部主要鳞片类型为长瓣型,其次均为方瓣型,而扁平型、过渡型和冠状型在2个部位均不够显著.与同科的其他种类相比,主要鳞片的类型存在差异,可为物种的识别提供依据,但有一定的难度.     

基于涉案兽类12S rRNA基因的NCBI数据库序列可靠性分析

本研究以常用于动物种属鉴定的12S rRNA基因位点为研究对象,利用所测得的17种常见涉案兽类12S rRNA基因部分片段序列及NCBI数据库中下载的该物种DNA序列及其近缘物种DNA序列,构建系统进化树。根据进化树的聚类情况,判断NCBI数据库中的相关基因序列或物种名称的正确性,并对其中错误序列的登陆号进行标记,以防对后续涉案动物的准确鉴定造成影响。分别从17种常见涉案兽类(共26份样本)中提取线粒体DNA,并利用通用引物扩增线粒体DNA上的12S rRNA基因部分片段并进行测序分析。通过NCBI数据库的Blast比对功能,筛选出与本研究物种同源性由高到低的物种,并从NCBI基因数据库中下载此类近缘物种的12S rRNA基因序列共351条,利用MEGA7.0软件构建该物种及其近缘物种系统进化树。通过比对发现NCBI中登录号为KP202279等3个序列所对应物种拉丁名错误。登录号为AY184436等11个序列所对应物种拉丁名可能存在疑问。GenBank中某些物种拉丁名有同种异名现象。因此,NCBI数据库数据可靠性有待进一步验证,只能作为涉案物种鉴定的参考数据之一,可借助构建系统进化树等方法来确认其结果的准确性。     

4种鹿科动物被毛显微形态学特征研究

应用扫描电镜、偏振光显微镜及光学显微镜对黄麂、黑麂、白唇鹿和狍的背部、腹部、颈部和臀部的毛的髓质指数和鳞片花纹类型进行研究.结果表明,黄麂背、臀、腹、颈等4个部位的毛髓质指数区间为60.5%～84.5%,黑麂4个部位的毛髓质指数区间为62.8%～80.2%,白唇鹿4个部位的毛髓质指数区间为60.1%～90.2%,狍4个部位的毛髓质指数区间为85.8%～93.2%.4种动物的毛鳞片花纹类型较单一,主要包括杂波型、扁平型、镶嵌型和冠状型等,其排列顺序不尽相同.用毛的显微形态学特征对4种动物进行识别具有可行性,但有一定的难度.     

可可西里低温适生拮抗芽孢杆菌的筛选鉴定及脂肽化合物分析

极端环境特殊微生物资源研究和开发具有广阔的应用前景和研究意义.对分离筛选自青海可可西里境内植被根围的8株在4和10 ℃条件下生长良好的低温适生芽孢杆菌进行鉴定分析.结果表明: 通过生理生化特征分析、rep-PCR指纹图谱分析、16S rDNA及gyrB基因序列分析鉴定,8株供试菌株分别为莫哈韦芽孢杆菌(Bacillus mojavensis)3株,解淀粉芽孢杆菌(B. amyloliquefaciens)1株和简单芽孢杆菌(B. simplex)4株.采用平板对峙试验从中筛选到4株对油菜菌核病原真菌(Sclerotinia sclerotiorum)及水稻白叶枯病原细菌(Xanthomonas oryzae pv. oryzae)均具有显著拮抗活性的生防菌株;采用MALDI-TOF-MS质谱分析生防菌株的拮抗活性物质,结果显示菌株KKD-1 (B. mojavensis)产生脂肽类化合物泛革素和表面活性素,菌株KKD-2(B. amyloliquefaciens)产生脂肽类化合物伊枯草菌素A、泛革素和表面活性素,推断生防菌株的拮抗活性可能与脂肽化合物的合成及分泌有关.该研究为低温适生性芽孢杆菌生物肥料和生物农药的研发提供了菌株资源.     

mtDNA条形码在鹦形目物种鉴定中的应用及评估

鹦鹉是具有超凡魅力的鸟类,其羽毛和学习能力使它们成为备受追捧的宠物.近年来,大量的非法贸易对鹦鹉原生种群的生存造成了严重威胁.为了减少贩运活禽的运输困难,走私者经常选择鸟蛋来运输,这也给物种的形态学鉴定带来了困难.本研究以北京海关缉私局查获的97枚鹦鹉蛋为材料,探讨了基于线粒体基因Cyt b,CO Ⅰ,12S rRNA和16S rRNA四种条形码的鹦鹉物种识别率,根据现有的参考数据库,81％的鹦鹉蛋能鉴定到物种水平,19％的蛋只能鉴定到科或属的水平.本研究同时对GenBank中鹦形目现有的线粒体基因条形码序列及其全基因组数据进行了全面统计与分析,发现目前GenBank中只有77.33％的物种具有线粒体基因Cyt b,CO Ⅰ,12S rRNA和16S rRNA的相关序列信息,参考数据库中mtDNA序列的缺失,为其物种的准确识别造成了很大阻碍.本研究以期通过对参考数据库中鹦形目鸟类mtDNA条形码的统计与评估,为相关执法部门以及检验鉴定机构提供一定参考.