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1.
多重RT-PCR同时检测鉴别三种对虾病毒的研究与应用   总被引:7,自引:0,他引:7  
根据基因库中对虾桃拉综合征病毒(TSV)、白斑综合征病毒(WSSV)、传染性皮下和造血器官坏死病毒(IHHNV)的基因序列,分别设计了三对特异性引物,通过对多重RT—PCR扩增条件的优化,研究建立了可同时检测鉴别TSV、WSSV和IHHNV的多重RT—PCR。该技术对同一样品中的TSV RNA、WSSV DNA和IHHNV DNA模板进行扩增,结果均同时得到3条大小与实验设计相符的231bp(TSV)、593bp(WSSV)和356bp(IHHNV)的特异性多重RT—PCR扩增带,对其它对虾病原核酸的扩增结果为阴性。敏感性试验结果表明,该技术最低能检测到10pgTSV RNA、100pg WSSV DNA和100pg IHHNV DNA。临床检测试验结果表明,该技术对TSV、WSSV和I—HHNV的检出率明显高于传统的临床症状观察和组织病理学检查,提示该技术适用于这三种病毒的临床快速检测和鉴别诊断。  相似文献
2.
WSSV和IHHNV二重实时荧光PCR检测方法的建立   总被引:5,自引:2,他引:3       下载免费PDF全文
根据基因库中对虾白斑综合征病毒WSSV(AF369029)和传染性皮下及造血器官坏死病毒IHHNV(AF218226)基因序列,设计了WSSV和IHHNV的两对特异性引物和两条用不同荧光基团标记的TaqMan探针。对反应条件和试剂浓度进行优化,建立了能够同时检测WSSV和IHHNV的二重实时荧光PCR方法。该方法特异性好,对WSSV和IHHNV的检测敏感性分别达到2和20个模板拷贝数;此外抗干扰能力强,对WSSV和IHHNV不同模板浓度进行组合,仍可有效地同时检测这二个病毒。对保存的30份经常规PCR检测仅为WSSV或IHHNV阳性的样品进行二重实时荧光PCR检测,结果都为阳性,其中1份为WSSV和IHHNV混合感染。本研究建立的二重实时荧光PCR方法用于WSSV和IHHNV的检测具有特异、敏感、快速、定量等优点。  相似文献
3.
二温式多重PCR检测对虾白斑综合征病毒和桃拉病毒的研究   总被引:2,自引:0,他引:2  
对虾白斑综合征(WSS)和桃拉病(TS)是两种严重危害当 前对虾养殖业的对虾病毒性疾病。目前对虾病毒病的诊断 手段主要包括病理学和生物学方法、免疫学方法、分子杂交 方法及PCR方法等。其中PCR方法是这些方法中特异 性最强、敏感最高的病原检测手段,在国外已被广泛应用于 对虾病毒病的检测和诊断。多重PCR是一种特殊PCR形 式,其最突出特点,即一次PCR反应,就可同时检测、鉴别出 多种病原体,在临床混合感染的鉴别诊断上具有其独特优势 和很高的实用价值。 本试验建立了二温式多重PCR同时检测鉴别WSSV和 TSV的方法,并用该多重PCR方法对广西沿海地区对虾养殖 业WSSV和TSV感染状况进行了初步调查。现将结果报告 如下。  相似文献
4.
根据GenBank上所公布的新城疫病毒(NDV)的全基因组序列,设计了8对引物,运用RT-PCR方法获取了3株广西地方强毒株GX7/02、GX9/03和GX11/03的全基因组序列,并对其进行了比较分析。此3株病毒的全基因组序列均由15192个碱基组成,与GenBank公布的ZJ1、U.S/Largo/71、Italy/2736/00等7个毒株的全基因组序列长度相同,比LaSota、Clone-30和B1的全基因组序列多出6个核苷酸,此6个核苷酸位于np基因的非编码区内,相对与NDV毒株LaSota、Clone-30和B1序列的1647~1648nt位。通过序列的比较分析,发现GX7/02、GX9/03和GX11/03与ZJ1毒株的同源性较高,而与LaSota、Clone-30和B1等毒株的同源性较低。  相似文献
5.
根据GenBank上所公布的新城疫病毒(NDV)的全基因组序列,设计了8对引物,运用RT-PCR 方法获取了3株广西地方强毒株GX7/02、GX9/03和GX11/03的全基因组序列,并对其进行了比较分析.此3株病毒的全基因组序列均由15192个碱基组成,与GenBank公布的ZJ1、U.S/Largo/71、Italy/2736/00等7个毒株的全基因组序列长度相同,比LaSota、Clone-30和B1的全基因组序列多出6个核苷酸,此6个核苷酸位于np基因的非编码区内,相对与NDV毒株LaSota、Clone-30和B1序列的1647~1648nt 位.通过序列的比较分析,发现GX7/02、GX9/03和GX11/03与ZJ1毒株的同源性较高,而与LaSota、Clone-30和B1等毒株的同源性较低.  相似文献
6.
林山公社位于四川省盐亭县中部,人口5,001人,面积26,925亩(其中耕地6,148亩,山地11,700亩,其它9,077亩),海拔423米,地形为深丘低山型,属川西春旱和川东伏旱交接带,是川中降雨量最少的地区,春、夏、伏旱及冬干交错发生,极为频繁。该社境内又无任何河流和大型水利设施,土地十分瘦瘠,水源奇缺。缺水、缺肥、缺柴是限制当地农业生  相似文献
7.
[目的] 本研究揭示云南腾冲热海热泉真菌多样性及群落分布格局,探讨其理化因子对真菌群落结构的影响。[方法] 利用Illumina HiSeq2500高通量测序平台对腾冲热海热泉沉积物宏基因组ITS基因进行测序,并进行生物信息分析。[结果] 从5个热泉样品中共检测到343484条有效序列,包括5个真菌门,20个纲,66个目。右姐妹泉(JMQR)、左姐妹泉(JMQL)、蛤蟆嘴泉(M)、桥泉(QQ)及鼓明泉(GMQP)分别以Agaricales、Eurotiales、Capnodiales和Hypocreales等为优势目。在属水平上,共获得365个属,从JMQR中检测到212个属,以裂褶菌属(Schizophyllum)为最优势;从JMQL中挖掘到197个属,以青霉属(Penicillium)为最优势类群;从M和QQ中分别获得222个和270个属,均以枝孢属(Cladosporium)为最优势;从GMQP中发现179个属,以侧齿霉属(Engyodontium)丰度最高。NH4+含量、温度及pH影响不同优势真菌的分布,其中以pH与优势类群(OTU>1%)结构变化显著性最高(P=0.05)。[结论] 云南腾冲热海高温热泉蕴藏着极其丰富的真菌物种,其不同样品真菌分布具有差异性,pH可能是影响热泉真菌群落分布的重要因素之一。  相似文献
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