黄唇鱼(Bahaba flavolabiata)的全基因组测序和基因组特征研究

黄唇鱼(Bahaba flavolabiata)为国家二级重点保护野生动物、IUCN(世界自然保护联盟)红色名录的极度濒危物种(CR)。基于其样本数量极其有限,全基因组研究可以提供大量与重要性状相关的功能基因和分子标记,从而揭示其重要生命现象的遗传机制。采用二代测序技术于2018年5月完成了黄唇鱼基因组精细图的测序,分析结果表明,测序得到约202 Gb的高质量数据,总测序深度约为317×;组装得到的基因组大小为637.43 Mb,Contig N50约为88 Kb,Scaffold N50约为4.65 Mb;重复序列约142.72 Mb,占比22.39%,预测得到23743个基因、920个t RNA、85个rRNA、176个假基因;98.46%的基因可以注释到NR、GO等数据库中;有67个基因家族是黄唇鱼所特有的。本研究从单碱基错误率、核心基因完整性及二代Reads比对分析3个方面对黄唇鱼基因组精细图的组装结果进行了评估,结果显示所组装的基因区的完整性较好。黄唇鱼基因组序列图谱的绘制完成,对于黄唇鱼自然资源的保护和种质资源挖掘具有极其重要的科学意义。     

斜带石斑鱼(♀)×鞍带石斑鱼(♂)杂交子代(青龙斑)消化系统的早期发育

本文研究斜带石斑鱼(Epinephelus coioides)(♀)×鞍带石斑鱼(E.lanceolatus)(♂)杂交子代(青龙斑)仔、稚、幼鱼的消化系统发育,描述了其消化器官发育过程和组织学结构特征,充实青龙斑生物学研究文库,为其发育生物学研究和苗种培育提供技术支撑。青龙斑苗种培育于2012年6~8月期间进行。水温为(30±1)℃,盐度为28±1。利用形态学和连续组织切片技术,对出膜后0~40日龄幼鱼的消化系统进行了观察和研究。消化系统发育可划分为内源性营养、混合营养和外源性营养3个阶段:0至3日龄为内源性营养阶段,初孵仔鱼消化管为一简单的直形管,卵黄囊大,椭圆形,口和肛门尚未与外界相通;口腔中出现鳃弓的雏形,3日龄仔鱼食道由2~3层的复层立方上皮细胞组成,形成较低的褶皱;胃与小肠和食道的分界明显,上皮由单层柱状细胞组成;肠道分化,肛门开通体外,开始摄食;肝细胞团和胰腺细胞团形成。4~5日龄为混合营养阶段,6日龄之后进入外源性营养阶段,卵黄囊已经完全被吸收,前、中、后肠和直肠区分明显,肠黏膜上皮中出现少量的杯状细胞,由肠腔面向深层依次可以分为黏膜层、黏膜下层和浆膜层,肌层不明显。至25日龄,消化系统的结构和功能已经较为完善。38日龄时,胃、幽门盲囊、肠以及直肠各段分界明显,黏膜褶皱高度为前肠中肠后肠;肌层厚度为后肠前肠中肠;消化道和消化腺组织结构与成鱼基本相同。青龙斑的消化系统发育和分化是与其生理功能的逐步完善同步的。     

塑料袋包装充氧运输胁迫对四指马鲅幼鱼抗氧化系统的影响及抗应激剂的作用

为探究塑料袋包装充氧运输胁迫对四指马鲅(Eleutheronema tetradactylum)幼鱼肝、肌肉抗氧化系统的影响以及抗应激剂的生理作用。本研究设置了未经运输的幼鱼30尾作为对照组、不添加任何抗应激剂运输的幼鱼90尾作为空白组、添加维生素C(VC)运输的幼鱼90尾作为维生素C组以及添加谷氨酰胺(Gln)运输的幼鱼90尾作为谷氨酰胺组,在运输实验进行的2 h、6 h以及9 h采样,不同时间点每组各取30尾幼鱼分别采集肝、肌肉样品进行相关指标的测定。测定项目包括:超氧化物歧化酶(SOD)、过氧化氢酶(CAT)、还原型谷胱甘肽(GSH)、丙二醛(MDA)以及总抗氧化能力(T-AOC)。结果显示,运输胁迫使空白组肝和肌肉中SOD活性最终显著(P0.05)高于对照组,而维生素C组和谷氨酰胺组由于抗应激剂的存在而使其最终活性低于对照组;运输胁迫使空白组和维生素C组肝以及肌肉中CAT活性显著(P0.05)升高,最终其活性均显著(P0.05)高于对照组,而谷氨酰胺组最终值与对照组无显著差异(P0.05);运输胁迫使空白组肝和肌肉MDA含量均显著(P0.05)升高,而抗应激剂维生素C和谷氨酰胺明显缓解了这一现象;GSH含量在空白组、维生素C组和谷氨酰胺组的肝与肌肉中均出现了不同的变化趋势,可能与这两种组织所承担的生理功能不同有关;运输胁迫后,空白组肝与肌肉T-AOC值均显著(P0.05)高于对照组,而维生素C组和谷氨酰胺组最终则略高于或等于对照组。本研究分析了运输胁迫下四指马鲅幼鱼抗氧化系统变化规律以及抗应激的作用效果,旨在为其养殖生产提供参考依据。     

盐度、温度对卵形鲳鲹选育群体肝抗氧化酶活力的影响

通过盐度渐变和温度骤变的方法,分别研究了不同盐度(10、20、30、40)处理和不同温度(18.0℃、21.0℃、24.6℃、29.0℃、32.0℃)处理对卵形鲳鲹(Trachinotus ovatus)选育群体肝超氧化物歧化酶(SOD)、过氧化氢酶(CAT)和谷胱甘肽过氧化物酶(GPX)活力的影响.在实验结束时,盐度10组酶活力与对照组无显著差异(P＞0.05),盐度20组SOD活力极显著低于对照组(P＜0.01);盐度40组120 h时,SOD和GPX活力极显著低于对照组(P＜0.01),CAT活力与对照组差异不显著(P＞0.05).18.0℃和21.0℃ SOD活力在1、3、6、12、24 h这5个取样时间点均高于对照组,CAT活力在实验结束时(24 h)极显著高于对照组(P ＜0.01);29.0℃SOD和CAT活力在实验结束时(24 h)显著高于对照组(P＜0.05);32.0℃ SOD和CAT活力在5个取样时间点均显著低于对照组(P＜0.05).结果表明,适当的盐度或温度变化可以改变卵形鲳鲹肝抗氧化酶活力,达到机体耐受极限时酶活力下降.     

4种理化因子对菌株XH1硝化效果的影响

【背景】基于硝化菌群的富集培养技术可高效稳定地去除养殖水体中的有害氮素,而当前在水产养殖领域有关硝化菌群定向培育及硝化功能菌株的研究较少。【目的】研究不同盐度、pH、温度、通气量条件下硝化菌群分离菌株XH1的生长及其对氨氮和亚硝氮的去除效果。【方法】设置不同梯度的盐度、pH、温度、通气量条件,通过计数菌量、测定氨氮及亚硝氮的浓度变化,比较不同条件下菌株XH1的生长及其对氨氮和亚硝氮的影响。【结果】菌株XH1可在盐度5‰-35‰、pH 6.0-9.0、温度15-45°C和通气量0.5-1 V/(V·min)的条件下生长良好,菌量最高可达2.34×109cells/mL;在盐度5‰-35‰、pH 6.0-9.0、温度15-30°C、通气量0.5 V/(V·min)的条件下,对氨氮的去除效果显著(P0.05),在第1-3天对培养液中氨氮的最高去除率可达86%-97%,但培养液中的氨氮浓度先降后升;对亚硝氮的最高去除率达68%。【结论】菌株XH1对盐度、pH、温度等主要环境因子具有良好的适应性,其对水体氨氮的去除效果良好,可作为中低盐度养殖池塘水体氨氮防控菌剂产品研发的备选菌株。     

南海北部海域春季浮游细菌和病毒空间分布及其影响因素

应用流式细胞检测技术测定了2014年春季南海北部海域浮游细菌和病毒丰度,研究了其水平和垂直分布特征并对其与环境因子的相关性进行了分析。结果表明,调查海区浮游细菌和病毒丰度分别介于1.28×10~4—9.96×10~5个/m L和4.69×10~5—5.39×10~7个/m L之间,二者丰度随水深的增加基本呈现逐渐下降的趋势,而水平分布趋势不明显。浮游细菌和病毒丰度与温度、p H和溶解氧显著正相关,与水深、盐度、活性磷酸盐、硅酸盐、硝酸盐和总氮则呈显著负相关关系(P0.01),说明该海域细菌和病毒数量受到上述环境因子的共同调控。分析浮游细菌和病毒的相互关系发现,VBR(Virus to bacteria ratio)平均32.23,最小值位于S11站位25m层,最大值则位于S7站位75m层,分别为4.80和264.63,VBR值小于100的站位占到调查站位总数的95.6%。VBR值除与细菌呈显著负相关关系外(P0.01),与其它环境因子相关性不明显(P0.05),说明该海区细菌是病毒的主要寄主,病毒可能主要是以噬菌体的状态存在。     

南海轮盘虫属(单殖吸虫, 分室科) 一新种及一新记录种

记述采自中国南海日本红娘鱼（Lepidotrigla japonica）鳃上的单殖吸虫1新种:红娘鱼轮盘虫（Trochopus lepidotrigla sp.nov.），以及绿鳍鱼（Chelidonichthys kumu）鳃上的1中国新记录种:戈尔韦轮盘虫（Trochopus gaillimhe Little，1929）。新种红娘鱼轮盘虫以其后吸器上3对锚钩特殊的形态大小而区别于该属的近似种。所有标本均保存于华南师范大学生命科学学院鱼类寄生虫学研究室。     

初秋南沙群岛海域网采浮游植物群落特征及其与环境因子的关系

根据2011年8-9月南沙群岛海域的生物和环境调查资料,对网采浮游植物的群落特征及其与环境因子的关系进行分析.结果表明: 在鉴定的3门34属113种网采浮游植物中,甲藻门和硅藻门种类各占57.5%和40.7%,其中硅藻门的角藻属种类最多,占30.1%.网采浮游植物平均丰度为2.12×10⁴ cell·m^-3,丰度高值区出现在北部礼乐滩多涡区域和南部万安气旋涡附近海域.蓝藻门束毛藻属是网采浮游植物的主要功能群,占海域平均丰度的77.0%.主要优势种为铁氏束毛藻、红海束毛藻和夜光梨甲藻.优势种(类)存在较明显的空间差异,蓝藻门在S₃、S₅、S₆和S₁₀~S₁₄站占优势;甲藻门在中部S₄、S₇~S₉站占优势,硅藻门在南部S₁和S₂站占优势.网采浮游植物多样性和均匀度指数分别为3.10和0.62.影响浮游植物群落特征的重要环境因子有盐度、水温、铵氮、亚硝酸盐、磷酸盐和硅酸盐,以及南沙中尺度气旋涡和南沙西部沿岸流.典范对应分析排序图较好地显示了浮游植物和环境因子之间的关系.     

亚热带养殖海湾皱瘤海鞘生物沉积的现场研究

皱瘤海鞘是亚热带海域分布最广和数量最多的附着生物种类之一.2012年1月-7月在典型的亚热带养殖海湾-大亚湾大鹏澳海域,利用沉积物捕集器现场测定了皱瘤海鞘(Styela plicata)的生物沉积速率,并测定了生物沉积物中有机物(OM)、总碳(TC)、总氮(TN)、有机碳(OC)和有机氮(ON)含量.结果显示:皱瘤海鞘的生物沉积速率变化范围为每天145.5-1011.8m/个,平均每天516.0mg/个,海鞘的生物沉积速率变化范围为每天154.8-1065.8 mg/g干重,平均每大463.3 mg/g干重.海鞘生物沉积物中OM、TC、OC、TN和ON含量分别为14.38％、10.80％、2.87％、3.06％和0.86％,高于自然沉积物中的含量,分别为13.39％、7.36％、2.32％、2.29％和0.67％.其中TC和ON含量要显著高于自然沉积物(P＜0.05).皱瘤海鞘的OM、TC、OC、TN和ON的生物沉积速率分别为每天74.20,55.73,14.80,15.79和4.43 mg/个.实验期间附着在浮筏养殖设施和养殖牡蛎壳上的海鞘密度变化范围为54.9-222.1个/m2,平均147.5个/m2,养殖海域单位面积的海鞘生物沉积速率平均为每天76.1 g/m2,是自然沉积速率(平均每天62.7 g/m2)的1.21倍,其中OM、TC、OC、TN和ON的平均沉积速率分别为每天10.94,8.21,2.18,2.32和0.65 g/m2.据此可推算,大鹏澳筏式牡蛎养殖海区(约103 hm2)皱瘤海鞘的年生物沉积物负荷为29000 t,其中OM,TC,OC,TN和ON分别4100,3100,820,870和240 t.研究结果说明,海鞘等附着生物在大规模浅海贝类养殖中对养殖生态环境的影响也不容忽视.     

溶藻弧菌ZJ-T小RNA srvg23535基因突变株的构建及其功能初探

【背景】小RNA被证实对细菌遗传变异、生长繁殖、致病性等具有重要的调控作用,但是在机会致病菌——溶藻弧菌(Vibrioalginolyticus)中研究较少。本实验室前期通过转录组测序和Northern Blot鉴定得到溶藻弧菌ZJ-T中小RNA srvg23535。【目的】初探小RNA srvg23535对溶藻弧菌生物学特性的影响。【方法】利用同源重组技术构建小RNA srvg23535的缺失突变株,并对野生株和srvg23535突变株的菌落形态、运动性、胞外蛋白酶分泌、H_2O_2和Cu~(2+)的压力感应、铁吸收利用、抗生素抗性以及生长代谢等生物学特性进行比较研究。【结果】通过对溶藻弧菌小RNA srvg23535基因缺失突变株的生物学特性分析表明,小RNA srvg23535缺失后,对溶藻弧菌菌落形态、运动性、胞外蛋白酶分泌、H_2O_2和Cu~(2+)的压力感应、铁吸收利用、抗生素抗性以及多数测定的碳源、氮源代谢的影响不显著;但突变株对D-海藻糖(D-trehalose)的代谢减弱,对果胶(Pectin)、丙氨酸-谷氨酰胺(Ala-Gln)的代谢增强,并可利用丙氨酸-天冬氨酸(Ala-Asp)为氮源。【结论】小RNA srvg23535参与调控溶藻弧菌对D-海藻糖(D-trehalose)、果胶(Pectin)、丙氨酸-谷氨酰胺(Ala-Gln)和丙氨酸-天冬氨酸(Ala-Asp)的代谢,这将为获取srvg23535调控靶标基因,进而阐明其与靶标基因的相互作用机制奠定基础。