意识障碍诊断评估及无创精准治疗

由于意识障碍的病因复杂，个体差异较大，对这类患者的诊断和治疗仍存在较多问题。近年来电生理技术、影像学和精准治疗技术的不断发展使得意识障碍的相关研究取得了诸多实质性进展，包括识别患者残余意识、解释意识恢复的生物学机制以及精准治疗技术对受损神经通路的重建等。本文回顾了意识障碍的诊断评估及无创精准治疗的研究进展，并讨论了新兴技术手段在检测意识水平和预测意识恢复方面的重要作用，提出了该领域目前研究存在的不足之处。期望对相关的研究人员具有一定的指导意义。     

营养干预的经济学评价研究进展

基于国内外文献，提出营养干预、经济学评价基本方法的概念，分析其基本内涵和类型并从成本-效果分析、成本-效用分析、成本-效益分析等评价方法的角度综述近年国内外营养干预经济学评价开展的研究进展，并基于营养经济学发展背景，根据我国营养干预经济学评价研究现存评价指标单一、评价方法体系较不成熟等问题，对我国营养干预经济学评价研究方向提出展望。     

MethyScan：一种甲基化特异性PCR引物设计及评估工具

DNA甲基化是重要的表观遗传现象,对基因表达发挥重要调控功能.大量研究表明,基因DNA甲基化是重要的临床诊断生物标志物.在临床上,实施快速、准确的DNA甲基化状态检测是诊断应用的前提和关键.甲基化特异性PCR(methylation specific PCR,MSP)通过将两种引物与甲基化、非甲基化模板各自特异性结合和扩增,实现基因甲基化状态的区分,是切实可行、简单便捷的临床诊断实验技术.但是,不同于常规PCR,MSP主要存在如何强化引物-甲基化/非甲基化模板特异性结合、降低引物序列Tm值差异、去除假阳性扩增及提高敏感性等四大难点.尽管大多数MSP引物设计软件对上述难题都提出了各自解决办法,但在引物设计影响因素考虑、设计与评估并行处理及特异性扩增预测等方面仍然存在较大缺陷.为此,本研究通过对MethPrimer、MSPPrimer、MethBlast、BiSearch等现有MSP引物设计软件原理的深入探究,以及对Bowtie、SAMtools和BEDTools等工具的有效综合整合,基于图形库Matplotlib和第三方Python功能库BioPython与Primer3-py实现了具有系列优点的甲基化特异性PCR引物设计与评估可视化工具MethyScan.它具有引物设计、基因组索引、引物评估等三大完整功能模块,不仅可快速进行MSP引物设计,实现巢式(Nested)引物适配,还可基于4种基因组碱基转换模板分析引物结合信息,图形化展示非特异性扩增与目的片段差异,从而综合评估引物特异性-非特异性扩增.同时,对食管癌、结直肠癌等多种恶性肿瘤中6个潜在生物标志物TFPI-2、NDRG4、CDKN2A、CD44、CASP8和SDHD的甲基化引物设计对比结果表明,MethyScan不仅可获得更多CpG位点的检测引物,而且所获得MSP引物位置与其他软件结果相同或相近,且引物间Tm值差值更小.总之,作为首个图形化展示特异性-非特异性扩增差异MSP引物设计工具,MethyScan可有效提高甲基化引物设计准确性,为临床DNA甲基化检测项目开展、检测试验实施及诊断试剂盒研发提供有力支撑.MethyScan工具下载地址:https://github.com/bioinfo-ibms-pumc/MethyScan.     

A statistical procedure to assess the significance level of barriers to gene flow

Although several methods are available to study the extent of isolation by distance （IBD） among natural populations, comparatively few exist to detect the presence of sharp genetic breaks in genetic distance datasets. In recent years, Monmonier＇s maximum-difference algorithm has been increasingly used by population geneticists. However, this method does not provide means to measure the statistical significance of such barriers, nor to determine their relative contribution to population differentiation with respect to IBD. Here, we propose an approach to assess the significance of genetic boundaries. The method is based on the calculation of a multiple regression from distance matrices, where binary matrices represent putative genetic barriers to test, in addition to geographic and genetic distances. Simulation results suggest that this method reliably detects the presence of genetic barriers, even in situations where IBD is also significant. We also illustrate the methodology by analyzing previously published datasets. Conclusions about the importance of genetic barriers can be misleading if one does not take into consideration their relative contribution to the overall genetic structure of species.     

基于生态监管的生态保护修复工程实施成效评估指标体系

生态监管是保障生态保护修复工程有效实施的重要途径，生态保护修复监督评估是我国当前维护生态环境安全的迫切需求和生态监管开展的有力抓手。在对国内外已有生态保护修复成效评估相关理论方法进行分析的基础上，围绕生态保护修复工程实施目标，结合生态监管要求，统筹考虑“山水林田湖草生命共同体”理念、生态保护修复工程类型、指标可操作性和兼容性等因素，综合运用频度分析法、专家咨询法和层次分析法等方法，提出了生态保护修复工程实施成效评估指标体系，构建了包括生态环境成效和工程管理成效的指标体系。其中，生态环境成效指标由共性指标和个性指标组成，共性指标包括生态系统格局、生态系统功能、生态干扰等方面的具体指标，个性指标包括森林保护修复工程、草原保护修复工程、湿地保护修复工程、矿山修复工程、防沙治沙工程、石漠化治理工程、水土流失治理工程、地质灾害治理工程、流域综合治理工程等不同工程类型的具体指标。工程管理成效指标主要包括工程绩效、工程实施及公众满意等方面的具体指标。在对各项指标评估的基础上，通过综合评估计算对生态保护修复工程实施成效进行评估。基于生态系统格局指数、生态系统功能指数、生态干扰指数、工程管理成效指数及不...     

基于层次分析-有序加权平均多准则评估的雄安新区生态安全格局模拟研究

稳定、高效的生态安全格局对于"建设雄安新区"国家战略具有重大意义。然而,目前尚缺乏一套科学、弹性的规划方法,用于指导新区建设。采用层次分析(AHP)和有序加权平均(OWA)空间多准则评估方法,结合Google Earth Engine遥感云计算技术和InVEST模型,在量化生态系统服务和生态风险的基础上,模拟新区生态安全格局。首先,生态安全格局涉及众多专业领域,内涵较为丰富,决策过程应采用参与式方法,建立包含生态环境和社会经济因素在内的综合指标体系,奠定格局构建的决策基础;其次,AHP-OWA方法按不同决策情景(风险),提供了一整套"完全保护—中立—完全开发"的空间决策集,定量揭示"保护—开发"权衡关系,为格局构建提供充足决策支持;最后,白洋淀保护地以及启动和起步区建设,会对生态安全格局产生重要影响,所以构建工作应在科学规划启动和起步区建设的同时,围绕白洋淀开展。未来在"绿色生态宜居新城区"目标指引下,新区建设方案应以"保护优先"为基本原则,结合重要区域、现有规划和资金预算等要素共同确定,实现保护与开发的"双赢"。     

向海退化盐沼湿地修复效果评估

向海自然保护区位于中国东北地区西部的半湿润半干旱气候区，是盐碱沼泽湿地集中分布区。近年来，受到气候变化和人类活动的影响，湿地退化严重，生物多样性下降。基于"压力-状态-响应"理论，利用层次分析方法构建湿地修复效果评估模型，构建了3个综合指标和19个评价因子在内的湿地评价指标体系，对退化湿地修复效果进行评估。结果表明，与2015年相比，2017年仙鹤岛修复示范区湿地植被盖度在原有基础上提高45.83%，水禽数量和种类分别提高40.41%和61.54%，水质综合污染指数下降了8.70%，土壤盐度指数下降了8.82%。与2015年的湿地评价值0.4481相比，2017年湿地评价值为0.5537，修复效果值提高了23.57%，向海湿地的退化状况得到明显改善，达到了湿地的修复效果，该研究对于湿地的恢复与管理具有一定意义。     

有关生物制品的病毒清除研究的统计学评估

因为大多数生物制品是通过活细胞培养而获得的，故存在病毒污染并被传播到成品中的可能性。常规的生产指南要求进行病毒清除测定以证实生产工艺具有去除和灭活病毒的能力，其关键是要精确地估算病毒滴度和降低因数（RF），每一步纯化前与纯化后的区别按logl0病毒滴度加以限定。Darling等于1998年提出一种分析清除试验的方法，然而，当后工艺病毒计数为零时，此法就不能确立RF的估计值。在这篇文章中，作者提供了以正常分布为基础的方法在理论上的合理性，并且讨论了有关自由度的问题。作者在根据泊松分布空斑数前提下提出了两种替代方法，以泊松分布为基础的方法显示出能提供较为准确的病毒滴度估计值，在泊松模型情况下，作者还推导出一种计算有关病毒滴度和降低因数的精确的可信限的方法（即使在后加工病毒计数为零的情况下），通过一定数量的实例阐明了这种方法的应用情况。     

自然保护与景观保护：英国国家公园保护的“二元方法”及机制

英国应对复杂问题形成了精细而又综合的国家公园保护机制，具有鲜明特色和重要借鉴意义。自然保护与景观保护是英国国家公园保护的“二元方法”，是国家层面保护制度在国家公园中的“投射”。基于此形成了以国家保护制度为骨架，国家公园层面补充强化的国家公园保护制度。首先，系统阐释了国家层面以生物多样性为主导的自然保护机制和国家公园层面的强化措施；其次，分析了基于景观特征评估的景观保护机制。在此基础上，提出英国国家公园自然保护与景观保护对中国当前国家公园机制建构的借鉴意义。