Comparative Analysis of Eubacterial DNA Polymerase III Alpha Subunits

DNA polymerase III is one of the five eubacterial DNA polymerases that is re-sponsible for the replication of DNA duplex. Among the ten subunits of the DNApolymerase III core enzyme, the alpha subunit catalyzes the reaction for polymer-izing both DNA strands. In this study, we extracted genomic sequences of thealpha subunit from 159 sequenced eubacterial genomes, and carried out sequence-based phylogenetic and structural analyses. We found that all eubacterial genomeshave one or more alpha subunits, which form either homodimers or heterodimers.Phylogenetic and domain structural analyses as well as copy number variations ofthe alpha subunit in each bacterium indicate the classification of alpha subunit intofour basic groups: polC, dnaE1, dnaE2, and dnaE3. This classification is of essencein genome composition analysis. We also consolidated the naming convention toavoid further confusion in gene annotations.     

热带假丝酵母产生子囊孢子的条件及单倍体分离的研究

本文研究了诱导热带假丝酵母子囊孢子产生和子囊破壁的条件,以及单倍体分离和鉴别方法.结果表明:NaAc、KCl这两种成分即可满足热带假丝酵母的产孢营养要求,在含有NaAc 8.2 g/L、KCl 1.8 g/L的琼脂培养基中,28℃培养7 d,热带假丝酵母细胞的产孢率可达到47.5%;单纯使用蜗牛酶对破除热带假丝酵母子囊壁的效率甚低,酶解液加入适量的石英砂同时振荡处理4 h左右,可以显著提高对热带假丝酵母子囊破壁速率.用这种方法处理,绝大多数子囊壁均可破除.子囊破壁处理后再以52℃处理10 min杀死残余的营养体细胞,分离物的单倍体孢子比例可由灭活处理前的48%,提高到76%以上.     

猪瘟病毒NS2-3抗原集中区基因的原核表达及鉴定

为获得猪瘟病毒(classical swine fever virus, CSFV) NS2-3抗原集中区蛋白,并建立CSFV抗体快速检测方法.本研究以CSFV全长基因组质粒为模板,PCR扩增NS2-3抗原表位集中区,利用扩增片段和克隆载体,构建重组表达质粒,命名为pET32a-NS2-3-1.重组表达质粒转化Rosetta (DE3)细胞,利用IPTG诱导表达, SDS-PAGE电泳和Western-blot鉴定重组表达产物.结果表明,重组质粒pET32a-NS2-3-1在28℃诱导5 h得到高效表达,重组蛋白能够与兔抗CSFV阳性血清发生反应.获得CSFV NS2-3抗原集中区蛋白,并且获得的重组蛋白具有抗原性,能够作为CSFV抗体检测的抗原.     

谢瓦氏曲霉间型变种YchF基因cDNA全长克隆及序列分析

从谢瓦氏曲霉间型变种抑制性差减杂交(SSH)文库中,筛选到一个子囊孢子时期差异表达的序列标签A0128.860,以其序列为模板设计特异性引物,利用RT-PCR及RACE技术克隆获得了该基因的全长cD-NA,命名为eYchF.生物信息学分析显示,该基因包含一个1182 bp的完整开放阅读框(ORF),编码393个氨基酸,相对分子质量为43.4669 kD,预测的理论等电点为6.99,包括一个保守的G domain (guanine nu-cleotide-binding domain)和一个TGS (ThrRS, GTPase, SpoT) domain,为疏水蛋白.序列同源性分析表明:该基因与棒曲霉(Aspergillus clavatus NRRL 1)的GTP结合蛋白YchF相似度为84%,谢瓦氏曲霉间型变种YchF基因的克隆及生物信息学分析为YchF的进一步研究奠定了基础.     

Myogenin蛋白在五指山猪和长白猪骨骼肌中的表达

本研究采用免疫荧光及免疫组化DAB显色技术来检测Myogenin蛋白在五指山猪和长白猪胎儿和成年猪的骨骼肌中的定位和表达情况,并通过平均光密度统计分析Myogenin蛋白在五指山猪和长白猪胎儿和成年猪骨骼肌中表达水平.结果表明:Myogenin蛋白表达定位于骨骼肌细胞核表达;在五指山猪和长白猪胎儿和成年猪的腿部骨骼肌和背部骨骼肌中均检测到阳性产物,在猪胎儿期间骨骼肌中Myogenin蛋白的表达水平高于其在成熟猪骨骼肌中的表达;且在同种猪腿部骨骼肌中的表达水平显著高于其在背部骨骼肌中的表达;此外还检测到Myogenin蛋白在五指山猪骨骼肌中表达均显著高于其在长白猪骨骼肌中的表达(p<0.05).本研究得到的Myogenin蛋白在五指山猪和长白猪骨骼肌中存在显著的表达差异结果,为今后研究不同猪种间骨骼肌发育差异及探讨五指山猪矮小机制和发育机理提供了理论基础.     

湖北海棠DNA的CTAB改良法提取及其SSR反应体系优化

为了利用分子标记技术研究湖北海棠的起源、系统发育和分类问题,本研究对湖北海棠及其近缘种叶DNA的CTAB提取法进行改良,并对SSR体系优化.结果表明,将EDTA用量从20 mmol/L提高到80 mmol/L,加大PVP和RNA酶的用量,有助于提高从湖北海棠叶中提取的DNA质量;利用反复实验优化的SSR体系,可从40对引物中筛选出18对多态性好、条带清晰的湖北海棠SSR引物.本研究筛选出的多态引物,将为探讨湖北海棠的起源、进化和遗传变异等提供基础资料.     

三江源地区高寒草甸土壤氨氧化细菌多样性研究

目的：利用16SrDNA-PCR—DGGE方法首次对青藏高原核心区三江源自然保护区的高寒草甸样地的土壤氨氧化细菌进行了多样性研究。方法：从土壤中抽提微生物总DNA,运用巢式PCR扩增氨氧化细菌16SrRNA基因的V3可变区,结合DGGE（denaturing gradient gel electrophoresis）技术分析样品氨氧化细菌群落组成,并利用相关性分析探讨了群落结构多样性与环境因子的联系。结果：4个样地（玉树S1;囊谦S2;治多S3和S4）共检测到14个多态性条带,多样性指数为1．69～2．00。相关性分析显示多样性指数与海拔、C／N呈负相关,与NO3-呈显著正相关。结论：海拔、C／N及NO3-可能是影响土壤氨氧化细菌多样性的重要因子。     

民族药用植物指纹数据库的构建研究

通过对四川省时采集的民族药用植物标本进行基因和化学指纹图谱、药用价值、民族传统利用等信息的整理,用SQL Server 2000建立一个民族药用植物指纹的开放式关系数据库初步框架。该数据库重点体现药用植物的民族利用特色,同时包括各种指纹图谱图片。该数据库不仅可以快速、方便地检索和查询有关民族药用植物的背景资料、药用价值以及指纹图谱信息,而且可为四川省内民族药用植物资源的保护和利用提供基础。     

不同垦复方式油茶林土壤节肢动物多样性特征

【目的】油茶新造林特别是纯林不断骤增导致油茶林害虫发生日趋严重,食用茶油安全倍受威胁。为探索有效控制油茶林害虫发生的途径,保护分解者跳虫等土壤节肢动物多样性。【方法】基于Tullgren干漏斗法和巴氏罐法,对半垦复油茶幼林、全垦复油茶幼林、全垦复油茶成林和未垦复油茶成林4种不同油茶林的20个土样和15个凋落物样中的土壤跳虫和土壤其他节肢动物多样性特征进行了研究。【结果】共分离出跳虫315头,隶属6科8属;其他土壤节肢动物11科17种295头。多样性分析结果表明,油茶成林地比幼林地土壤动物的多样性指数高,多样化的地被物有利于提高土壤动物的多样性,垦复和施肥等人为干扰显著地降低土壤跳虫的多样性,却有利于增加罐诱土壤动物的多样性,水源是土壤动物生存的关键因子,对林地跳虫和罐诱动物的多样性提高有显著促进作用。【结论】探明了不同垦复类型油茶林土壤跳虫和土壤其他罐诱节肢动物多样性特征,对合理开展油茶林垦复,发挥油茶林土壤跳虫和土壤节肢动物分解功能提供了科学依据。     

气候变化对鸟类影响：长期研究的意义

过去一个多世纪全球气候发生了明显变化,地球表面温度正在逐渐变暖。已有大量研究结果表明,鸟类已经在种群动态变化、生活史特性以及地理分布范围等方面对全球气候变化作出了相应的反应。根据全球范围内气候变化对鸟类影响的研究资料,尤其是北美和欧洲的一些长期研究项目的成果,综述了气候变化对鸟类分布范围、物候、繁殖和种群动态变化等方面的可能影响。这些长期研究项目为探讨气候变化在个体和种群的水平上如何长时间地影响鸟类提供了独特的机会,对未来中国鸟类学研究也会有所裨益。