关于用Nei氏标准遗传距离推算畜禽分化时间的探讨

应用Nei氏标准遗传距离推算畜禽在若干年前的分化时间与考古学的研究结果及人们的一般认 识极不相同,本文从密码子的平均替换率、电泳所测的基因位点数目、人为因素对畜禽交配制度所施加 的影响以及基因的随机漂移等方面对造成这种差异的原因进行了讨论。     

客家人的红细胞血型分布

对父母双方上溯三代均为客家人的广东梅县200名 (其中男89人,女111人) 健康学生进行了红细胞血型ABO,MNSs,Rh,Kidd,Duffy,Diego,Xg,Lewis及P等系统的分布调查。结果显示,客家人的基因频率S=0.0250,NS=0,pl=0.0917和Fyb=0.0300,都是汉族人群中最低的。其它基因频率为r=0.6632,p=0.1863,q=0.1505;m=0.5250,n=0.4750,MS=0.0250,Ms=0.5000,Ns=0.4750,s=0.9750;C=0.6575,D=1.0000,E=0.1515,CDe=0.6226,cDE=0.1200,cDe=0.2189,CDE=0.0389;JKa=0.4642,JKb=0.4881,JK=0.0477;Fya=0.9700;Dia=0.0202,Dib=0.9798;Xga=0.3633,Xg=0.6367;P2=0.9083。发现了国内第二例Jk(a-b-)表型,未发现MNS型,NS型,NSs型,CCDEE型,CcDEE型,Fy(a-)型和Rho(-)型。Le(a+b-)型29人,Le(a+b+)型2人,Le(a-b+)型67人,Le(a-b-)型102人。客家人与国内19个群体的遗传距离计算结果表明,与客家人遗传距离最近的是福建汉族、湖南苗族、贵州汉族及广西侗族,其次为河南汉族、黑龙江汉族、陕西汉族,福建畲族及上海汉族,而与云南白族、辽宁满族、甘肃汉族、广西瑶族、广西壮族、内蒙汉族及四川彝族的遗传距离较远。与客家人遗传距离最远的是湖南土家族、海南苗族及海南黎族。     

用于灵芝属10个物种快速鉴定的DNA条形码筛选与验证

灵芝栽培品种常出现同名异物或同物异名的现象,依赖于灵芝的形态学特征鉴定物种的传统分类方法不足以鉴定物种的种间和种内差异。为开发简便而准确的分子水平灵芝属物种鉴定方法,以常用于种属鉴定的核糖体内转录间隔区（ITS）、微管蛋白基因（β-tubulin）片段、大亚基核糖体DNA(LSU)片段和基因编码RNA聚合酶Ⅱ第二大亚基（RPB2）片段4个DNA条形码,对灵芝属10个物种的44份菌株进行PCR扩增和测序,比较4个条形码的扩增成功率和变异率,根据种内、种间遗传距离差异分析筛选特异性的DNA条形码间隔（DBG）,并利用单独及联合条形码构建系统发育树验证筛选的DBG鉴定灵芝属物种的准确性。研究结果表明：β-tubulin和LSU片段的PCR扩增成功率均达100%,ITS和RPB2片段分别为95.35%和90.91%;对比ITS和LSU片段,β-tubulin和RPB2片段的种内最大遗传距离分别小于各自的种间最小遗传距离,存在明显的DBG,有利于准确对物种进行种间鉴定;利用ITS、β-tubulin和RPB2片段分别构建的系统发育树均能使灵芝属10个物种的所有个体聚为1个单系分支,而LSU片段不...     

笼舍和洞穴两种条件下出生的幼年华南虎警戒行为比较

对福建梅花山华南虎繁育研究所分别在笼舍和洞穴环境条件下出生的华南虎Panthera tigris amoyensis幼虎的警戒行为进行了研究。结果显示:幼虎的警戒行为多样;洞穴出生的幼虎警戒性整体高于笼舍出生的幼虎;在笼舍与半散放区连通的环境中,2组幼虎组内在每个测量时间点的警戒距离与逃逸距离差异均有高度统计学意义(警戒距离:df=18,F=5.690,P0.001;逃逸距离:df=18,F=4.875,P0.001),而2组幼虎之间的警戒距离与逃逸距离差异均无统计学意义(警戒距离:df=1,F=7.461,P=0.072;逃逸距离:df=1,F=3.288,P=0.167);2组幼虎的警戒距离与逃逸距离随时间增加分别有不同程度的下降,2组幼虎的警戒距离与时间没有显著相关性(笼舍组:R~2=0.082 0,P=0.235,n=19;洞穴组:R~2=0.084 2,P=0.228,n=19),而逃逸距离与时间显著相关(笼舍组:R~2=0.318 5,P=0.012,n=19;洞穴组:R~2=0.304 9,P=0.014,n=19)。     

城市空气污染对周边区域空气质量的影响

京津冀地区是全球以PM_(2.5)为首要污染物的空气污染最严重的区域之一,并已严重制约区域发展。大区域尺度上(例全国尺度)开展城市与其周边区域的PM_(2.5)的研究通常直接比较二者的浓度差异,以定量地评估城市PM_(2.5)污染对周边区域的影响,但这种方法在小区域较难精细地刻画城市对周边区域的影响的方向性和距离性差异。利用京津冀地区13个城市2000年,2005年,2010年,2015年PM_(2.5)浓度和土地覆盖类型数据,以城市重心到城市边界的平均距离为基本距离,建立每个城市的一级(一倍基本距离)和二级(二倍基本距离)缓冲区,然后将缓冲区分成8个象限,以定量分析城市PM_(2.5)污染对周边区域影响的方向性和距离差异。结果发现:(1)2000—2015年,京津冀城市群各地级市与周边区域空气质量时空分布分为以下两种模式:第一种模式是城区浓度高,周边区域低;第二种模式是城区浓度低,周边区域高且浓度差异很小。(2)各地级市对周边区域影响程度和范围呈上升趋势,并且这种影响具体表现在距离性和方向性两方面:(1)大部分城市距离城区越远,受城市PM_(2.5)污染的潜在影响越大。(2)2000—2015年,除天津、廊坊、衡水和沧州,其余城市空气污染对周边影响的方向性特征差异显著。通过建立城市空气污染对周边区域定量化方法并在京津冀开展实证研究,拓展了城市空气污染对周边区域空气质量影响研究的方法体系,为定量地开展城市化的生态环境效应研究提供了方法和实证拓展。     

增长曲线模型回归参数B的影响分析—似然距离法

本文讨论增长曲模型的回归参数Ｂ的影响分析,导出了度量影响大小的似然距离量度ＬＤ,并分析了ＬＤ与广义Ｃｏｏｋ距离的联系,最后的实例应用说明了似然距离统计量度量增长曲线模型的影响点是有效的。     

基于18S rDNA遗传距离与GC含量对游走类纤毛虫的分子系统学研究

为了揭示游走类纤毛虫的系统发生,对寄生于淡水鱼类的车轮虫科中的6种车轮虫进行了18S rDNA的测序并获得了9个序列。采用了最大似然法(ML)与贝叶斯法(BI)对GenBank中所有游走类纤毛虫的18S rDNA序列进行了系统树的构建,并首次将SPSS与18S rDNA遗传距离结合分析了游走类纤毛虫的系统发生。研究结果进一步证实了车轮虫属(Trichodina)的非单系发生与小车轮虫属 (Trichodinella) 的有效性。此外,研究结合18S rDNA 的GC含量与遗传距离分析提出了游走类纤毛虫科属及种间新的鉴定依据: 18S rDNA 的GC含量可用于游走类纤毛虫的科属区分,且与游走类纤毛虫的分化密切相关; 18S rDNA的遗传距离在游走类纤毛虫的不同阶元中具有一定的阈值范围,即通常种内遗传距离阈值范围为0.000-0.005,属种间阈值范围为0.005-0.150,当遗传距离大于0.150时,则达到了科间水平。     

生态旅游对大熊猫影响评价方法研究——以四川唐家河国家级自然保护区为例

旅游活动及伴随的人流、车流逐渐成为野生动物的主要干扰源,威胁着濒危物种的繁殖和生存。准确认识旅游活动对野生动物的影响是制定保护对策和提高保护成效的基础,但生态学领域有关旅游对野生动物影响的量化研究还比较少,可借鉴的评估方法仍较为缺乏。本研究比较唐家河国家级自然保护区旅游开发前(2000年)和开发后(2012年)大熊猫(Ailuropoda melanoleuca)痕迹点距离路线的平均回避距离和最小回避距离,发现大熊猫对徒步路线表现出明显的回避效应,表明近年来的旅游活动对大熊猫确实产生了影响。通过最小回避距离和距离递增法确定旅游活动对大熊猫的影响等级和阈值距离。确定了距离徒步路线和自驾路线的第一等级距离阈值分别为0~57 m和0~460 m、第二等级为57~800 m和460~1 000 m、第三等级为800~1 400 m和大于1 000 m。基于距离徒步路线和自驾路线一定范围内的痕迹点分布数量,大熊猫对不同路线两侧每100 m的栖息地平均利用频率分别为1.9±0.23和0.8±0.15,通过Mann-Whitney U检验,发现二者间存在显著性差异(Z=﹣3.48,P=0.000)。通过对每100 m海拔区间内大熊猫痕迹距离自驾路线和徒步路线的距离分析,发现二者差异显著(t=3.76,P=0.003),对自驾路线,大熊猫在海拔2 000~2 100 m时回避距离最小,而对徒步路线,最小回避距离发生在2 100~2 200 m。基于本研究,为自然保护区内最小接触区或禁止旅游区的划分提供了依据,同时为其他保护区探索适合的生态旅游影响评价方法提供了示范和经验。     

汾河中上游湿地植被β多样性

探讨和揭示群落构建机制(生态位理论和中性理论)是生态学和生物地理学研究的热点和难点之一。研究β多样性格局及其与空间距离和环境异质性的关系为解释群落构建机制提供了一定的理论依据,以往群落β多样性的研究主要集中于物种组成的差异性,对种间在进化关系和功能属性方面的差异则关注较少。在野外调查的基础上,分析了汾河中上游湿地植被Tβ(taxonβ-diversity)、Pβ(phylogeneticβ-diversity)和Fβ(functionalβ-diversity)多样性格局及其与空间距离和生境异质性的关系。结果表明:(1)随着样地间距离的增加,Tβ、Pβ和Fβ整体上表现出逐渐增加的趋势,即表现出群落的距离衰减效应。(2)土壤因子中,TP是影响样地间Tβ、Pβ和Fβ的主要因子(P0.05);p H、TOC和TN对Tβ、Pβ和Fβ的影响均未达到显著水平(P0.05)。(3)由于受到空间扩散限制和生境异质性的影响,样地间β多样性表现出较大的差异,Tβ(0.66—1)、Pβ(0.42—0.85)和Fβ(0.51—0.94)。(4)尽管Tβ、Pβ和Fβ反映了多样性的不同方面,但三者之相关性极显著(P0.01);(5)对Tβ、Pβ和Fβ多样性格局及其与空间距离和生境异质性的关系进行研究,表明环境因子和扩散限制共同决定着β多样性的格局,即群落的构建机制由生态位理论和中性理论共同主导。     

不同种源马尾松ISSR遗传结构及影响因素分析

应用ISSR分子标记技术,对来自广西、贵州3个种源的马尾松开展遗传多样性、遗传结构及遗传距离等研究。结果表明：从100条引物中筛选出12条引物,共扩增出92个条带,86条具有多态性。 POPGENE分析显示：马尾松群体水平上的Nei’ s基因多样性指数的变化范围为0.1824~0.2065,Shannon遗传多样性指数的变化范围为0.2818~0.3178,3个群体的多态性水平差异不大;物种水平上的多态性百分率为93.48％, Nei’ s基因多样性指数为0.2842,Shannon信息指数为0.4381;表明马尾松在物种水平上具有较高水平的遗传多样性。遗传结构分析显示：马尾松的基因分化系数( Gst)为0.3153,表明遗传变异主要来源于群体内;基因流Nm为1.0853,表明不同群体间存在一定的基因流动。 AMOVA分析显示：马尾松的遗传分化指数( Fst)为0.246( P＝0.001),表明群体间已出现明显的遗传分化。 UPGMA聚类和Mantel检测结果显示：每个群体内的个体均能很好地首先聚集为一个分支,群体间的遗传距离与地理距离之间存在显著相关性( r＝0.972, P＝0.001)。这说明马尾松在裸子植物界中具有较高水平的遗传多样性,遗传变异主要分布于群体内,群体间已出现了明显的遗传分化,这种分化并非由遗传漂变引起,可能与地理生境的差异有关。