功能基因组学研究的技术方法

随着结构基因组学的不断成熟,基因组学已经进入功能基因组学时代。功能基因组学的主要目标是明确各基因及蛋白质的生物学功能及相互作用网络。该领域常用的研究策略是在基因组范围内通过人为改变生物体或细胞内基因的序列或表达状态,观察干预后的表型,从而建立基因型与表型之间的关联,阐述基因的功能。根据人为干预方式的不同,功能基因组筛选策略可分为功能缺失型筛选和功能获得型筛选两大类。本文将分别阐述这两类筛选策略的最新技术进展。其中,功能缺失型筛选包括小干扰RNA(small interfering RNA, siRNA)筛选、短发夹RNA(small hairpin RNA, shRNA)筛选、CRISPR(clusteredregularlyinterspacedshortpalindromicrepeats)-Cas(CRISPR-associationproteins)基因敲除及CRISPR转录抑制(CRISPR interference, CRISPRi)筛选。功能获得型筛选包括cDNA/开放阅读框(open reading frame, ORF)文库过表达筛选及CRISPR转录激活(CRISPR activation, CRISPRa)筛选。本文还在阐述各种筛选体系作用机制的基础上讨论了不同体系的优缺点。另外,本文对点阵式筛选及混合式筛选两种筛选模式进行比较,并重点阐述了高内涵成像分析系统及二代测序技术在功能基因组学领域的应用及对该领域的推动作用。     

会议报道

“973”计划十周年干细胞研究专题研讨会在广州召开,第九届全国植物基因组学大会举行     

PNAS：一基因调控或可抑制白血病细胞恶性增殖

来自中国科学院上海生命科学研究院／上海交通大学医学院健康科学研究所、医学基因组学国家重点实验室的研究人员在白血病机理研究方面又获得了一项重要成果：研究人员发现了Rig-I基因可以明显增强干扰素信号通路中STAT1分子的激活，同时通过这一调控作用来抑制白血病细胞的恶性增殖。这一研究成果公布在美国《国家科学院院刊》（PNAS）上。同时Nature系列出版刊物--SciBX（the Science Businesse Xchange）对这一工作进行了跟踪报道。