网络上的生物信息资源

生物信息学是生命科学中最活跃的领域之一。目前,生物信息资源的利用已实现了高度的网络化。算法和软件的进步、数据库的一体化、服务器－客户模式的建立使之成为生物、医药、农业等学科强有力的工具。     

用于多重PCR甲基化靶向测序的比对软件性能评估

多重PCR甲基化靶向测序数据尚缺乏针对性的比对软件。本研究评估了9种比对方案在处理多重PCR甲基化靶向测序数据时的性能,包括平均CPU运行时间、平均最大内存、平均比对率、 F1分数、平均比对速率、比对未通过率和差异甲基化位点,以及比对率受亚硫酸氢盐转化率和测序错误率的影响。本研究建立了打分系统以综合评价比对方案的优劣,结果显示,排名前三的方案依次为Bismarkbwt2(8.098分)、 BWA-meth(7.846分)和Bismarkbwt1(7.840分)。这三个方案的F1分数均为1.000,且在不同亚硫酸氢盐转化率和测序错误率下的比对率表现最优。此外,Bismarkbwt2还对应最多的差异甲基化位点和最低的比对未通过率,并在平均最大内存和平均比对率两项指标上表现良好。因此,本研究推荐Bowtie2模式下的Bismark作为后续搭建多重PCR甲基化靶向测序生物信息学分析流程的比对软件。     

系统发育谱（Phylogenetic Profile）生成软件

系统发育谱生成软件（Phylogenetie Profile Generator，PPG）采用Microsoft Visual Basic和Perl两种语言编写，将枸建系统发育谱所涉及的全部过程进行集成，用户只需提供原始的蛋白或核酸序列，软件即可生成所需的系统发育谱，并提供文本和XML两种形式的输出结果。软件具有Windows和Limix两个版本，可提供免费下载。软件下载地址：http：/／life．cnu．edu．cn／kexueyjshow．php？id=56     

数据处理和分析方法在 MALDI-TOF MS鉴定微生物中的应用

基质辅助激光解吸电离飞行时间质谱(MALDI-TOF MS)因其具有快速、准确、高通量等特点在食品微生物检测和临床微生物鉴定领域有广泛的应用。对MALDI-TOF MS数据的预处理和分析是微生物鉴定的关键步骤,通过对数据的处理可以从大量的数据中提取微生物的特征肽或者蛋白信息,并通过有监督和无监督学习方法对这些特征信息进行分类和聚类,从而实现对微生物的鉴定、分型和同源性分析。本文就MALDI-TOF MS鉴定微生物中所应用的数理统计分析方法和数据分析软件进行综述。     

计算机在厌氧菌数值鉴定编码中的应用

用ＦｏｘＢＡＳＥ＋语言将厌氧菌数值鉴定编码检索表编制专用程序,在计算机里贮存性信息将未知厌氧性状检查后所得结果与已有信息比较,自动做出鉴定。本程序采用先进的软件编辑,因此,程序运行灵活,速度快,占内存小,结果准确、满足用户的要求。用户在执行本程度时,只需将２４项检查后的结果按“＋”,“－”号的方式输入,经过计算机的检索,就可判断出是哪一种菌种,程度操作简单。     

葡萄花药三倍体植株的倍性鉴定

用卡宝品红染色法检查格列那什二倍体葡萄(Vitis vinifera var. Cre nache)花药再生植株的染色体, 并用UNICHRO软件对其数目及长度进行了测量。结果表明,这些花药植株根尖中染色体组型为2n=3x=57的细胞平均占观察细胞总数的86.5%,来自不同花药的再生殖株均为三倍体。讨论了这些植株的可能来源。 Abstrart:The chromosome number in the root tip of triploid plants regenerated from anther culture of diploid Vitis vinifera var.Grenache were examined with Carbolfuchsin staining method and the length of chromosomes were measured with UNICHRO package.The results show that average pecentage of cells which have a karyotype for 2n=3x=57 in root tip of pollen plants were 86.5% in the total number of cells observed,the plants regenerated from different anthers are triploid.Their possible origin is discussed.     

四种常用的生物序列比对软件比较

随着高通量测序技术的快速发展,下一代测序技术也迅速发展为生物领域中的主流技术,而理解下一代测序数据最重要的一步是比对。比对是进行后续生物信息分析的基石,也因此催生了很多比对软件。本文主要选取了四种常用的比对软件Bowtie2、BWA、MAQ和SOAP2,对这四种软件及算法进行综述,并通过实际测序数据对四种软件进行比较和评估,为生物学研究者选择最佳的短序列比对软件提供理论和实践依据。     

MedLab硬软件全面升级为6．0（生物信号采集处理系统等）

南京美易科技有限公司属南京江宁国家级高新技术开发区内的高新技术企业，企业拥有企业标准并已通过ISO9001：2000国际质量管理体系认证。13年来，我们一直致力于生理科学实验仪器的研制与开发。公司成员大多是高校教师，技术力量雄厚，多学科的交叉和结合，使拥有自主知识产权的MedLab（登记号：3128284）系列产品在生物信号采集处理领域处于领先地位，多项功能超过国际同类产品，并不断开发出各类实验新产品。MedLab生物信号采集处理系统已获得国家专利（专利号ZL02220911．5）并获得香港专利博览会金奖。MedLab能替代传统的多道生理记录仪、示波器、X—Y记录仪和刺激器等仪器，一机多用，功能强大，可应用于医学院、药学院、生命学院、体育学院、师范学院、农学院等生命学科的生理学、药理学、病理生理学、运动生理学和心理学等实验。     

应用CiteSpace对生态学科meta分析的文献计量学和可视化分析

Meta分析是针对一系列独立研究结果进行定量综合分析的方法。从20世纪90年代初开始被应用于生态学的研究中,已经对这一学科的数据汇总方式产生重大影响。为了探究meta分析方法在生态学领域的研究现状及热点,以Web of Science论文核心合集为检索数据库,通过输入关键词检索了1992至2018年之间的论文,并利用Web of Science自带的文献分析工具和Histcite对检索的文献信息进行统计分析,分析了不同年份、国家、期刊、学科基础知识论文的发表和被引情况,用CiteSpace软件对其进行热点分析并绘制了知识图谱。研究发现,我国生态学研究在meta分析方法的改进和利用方面与美国、英国等国家相比尚有差距;使用meta分析方法开展研究越来越多,但研究方向上出现了一些转变,越来越多的研究关注全球变化背景下植物光合作用、物种入侵的机理以及模拟氮循环过程对物候和植被生产力的影响及价值评估的研究,并成为本领域的研究前沿。     

应用GeneSifter软件分析范可尼贫血基因表达谱的报告

目的:探讨范可尼贫血(Fanconi anemia,FA)发病的分子机制。方法:用GeneSifter软件对FA转录子协会公布的FA基因芯片表达数据进行统计学分析,结合Gene Ontologe和KEGG通路分析。结果:从FA细胞中筛选出690个差异表达基因,涉及DNA损伤与修复等多种生物过程及多条通路,发现了TOP2A、MCM2、PCNA等多个与FA发病相关基因。结论:FA发病的分子机制主要与DNA损伤和修复过程中的解螺旋相关,RAD-6通路可能是其损伤后的重要修复通路,其次亦与钙离子信号通路等密切联系。