戊型肝炎病毒开放读框2的克隆及表达载体的构建

戊型肝炎病毒（HEV）为单股正链RNA病毒,整个基因组有3个开放性阅读框架（ORF）,ORF2（全长约1.98kb）是主要结构基因编码区。将经过PCR获得的ORF2基因插入非分泌型酵母穿梭质粒pPIC3,构成受醇氧化酶（AOX2）的启动子与转录终止区控制的酵母表达质粒,重组质粒经酶切线性化后转化酵母细胞GS115,经过鉴定可挑取与酵母染色体发生交换的重组体,用于进一步的真核表达。     

戊型肝炎病毒结构区ORF2蛋白在巴氏毕赤酵母中的胸内表达与纯化的初步研究

为寻求新型表达系统来研制戊型肝炎基因工程疫苗,利用甲醇营养型酵母pichia pastoris表达系统表达戊型肝炎病毒（HEV）结构区ORF2蛋白。采用PCR方法从HEV cDNA中扩增得到ORC2基因克隆到酵母表达载体pPIC3.5K上,构建成重组质粒pPIC3.5KORF2。该质粒转化酵母菌GS115,经G418筛选得到高拷贝转化子,转化菌株经Mut表型鉴定后,用含甲醇的培养基诱导表达,SDS－PAGE及ELISA筛选高表达活性菌株,放大培养后进行亲合层析纯化。在该系统中成功地表达了高生物活性的HEV ORF2蛋白,经亲和层析纯化后扫描分析重组蛋白分子量约为59kD,纯度可达96%。Wester blotting证实,它与HEV ORF2单克隆抗体有特异性反应。HEV结构区ORF2蛋白在甲醇营养型酵母中的成功表达,以及初步纯化得到的具有强免疫学活性的重组蛋白,为研究新型戊型肝炎基因工程苗奠定了基础。     

人类疱疹病毒7开放读码框U41功能的初步探讨

应用免疫荧光检测U41蛋白的细胞内定位,RT-PCR检测U41RNA的表达时相,DNA结合试验检测U41蛋白对单、双链DNA的不同结合能力,对人类疱疹病毒7(human herpesvirus 7,HHV-7)U41的部分功能进行分析鉴定.免疫荧光检测显示,无论在HHV-7感染细胞或HHV-7 U41转染细胞,U41蛋白都是仅在其胞核中呈弥漫性分布.在分别加入环己酰亚胺(cycloheximide)和磷甲酸(phosphonoformic acid)作为蛋白合成和核酸合成抑制剂的感染细胞中,U41的表达时相检测结果显示,U41蛋白在HHV-7感染细胞中是一早期表达蛋白.通过DNA结合试验发现,U41蛋白能结合单链DNA而不能结合双链DNA.提示U41的主要功能是保持DNA模板的合适构型,以便DNA的延伸和病毒DNA的合成.     

多彩的海南

必须是亲眼目睹,否则你无法相信这是事实,这位光着膀子的五十多岁汉子,让手下两个工人用近一个小时的功夫,将几千只活生生的蜜蜂引到自己的脸上和身上为游客表演——“蜜蜂人”,他就是被誉为“海南蜂王”的陈昌卓。     

MATLAB 7.X生物信息工具箱的应用——基因序列分析(一)

MATLAB 7.X生物信息工具箱为广大用户提供了一个用于基因组和蛋白质组分析的综合环境,它利用数据库资源,使科学研究事半功倍,在工具箱提供的开放环境里,用户甚至可以按照自己的目的来设计和利用分析工具.本文主要介绍了MATLAB7.X生物信息工具箱在基因序列分析中的应用,包括确定核苷酸组成,密码子组成,氨基酸转化和组成等,所有操作简便高效,结果可视化程度高.     

云南松球果延迟开放及其植冠种子库

植物果实成熟后在植冠中宿存延迟鳞片开放释放出种子,是易火生境中植物的一种常见适应性状。以分布于昆明西郊的云南松为研究对象,调查了云南松植冠中保存球果的数量、鳞片开闭状况、球果年龄分布和球果内种子的萌发率,以及宿存闭合球果鳞片开放对高温和火烧的响应。结果显示:云南松植冠中除有当年成熟球果外,还有1a到7a前成熟的鳞片闭合球果,以及1a到8a前成熟的鳞片开放球果。宿存闭合球果中有可萌发的种子,种子的萌发率随球果宿存时间的延长而下降,宿存9a球果中的种子平均萌发率仅为2.9%。每100m~2林地的植冠中储存有大约10~5粒有活力的种子是近3年平均种子产量的2倍。宿存的各年球果在宿存期间每年会有一些球果的鳞开放释放出种子,一般在成熟后的8a内所有球果逐渐开放释放出种子。40℃以上的温度可诱导球果鳞片开放球果开放时间随着烘烤温度的升高而缩短。过火后云南松释放种子的数量约为非过火地段年均释放种子量的2.6倍,过火地段云南松释放种子的萌发率为(69.8±22.8)%。研究结果表明,云南松具有非严格植冠种子库,地面火可诱导植冠中的闭合球果鳞片开放释放种子,球果在植冠中最长宿存和延迟开放的时间与种子存活的时间基本一致;每年自然释放和过火后释放的种子都由多年成熟的种子组成;云南松球果延迟开放可能与生境易发生林火有关。     

鸡PPARγ基因转录本3上游开放阅读框转录后的调控作用

过氧化物酶体增殖物激活受体γ (peroxisome proliferator-activated receptor gamma, PPARγ)是脂肪生成的关键调控因子。本实验室前期研究发现,与人和鼠等哺乳动物PPARγ基因的转录本不同,鸡PPARγ基因的多个转录本5′UTR区存在上游开放阅读框(upstream open reading frames, uORFs)。为了揭示该uORF转录后的调控作用,本研究构建了鸡PPARγ基因转录本3 (cPPARγ3)野生型5′UTR报告基因载体psiCHECK2-cPPARγ3- 5′UTR-WT和uORF突变(uATG突变为终止密码子TGA)的5′UTR报告基因载体psiCHECK2-cPPARγ3- 5′UTR-Mut。将这两个报告基因载体分别转染永生化鸡前脂肪细胞(immortalized chicken pre-adipocytes, ICPA)和鸡胚成纤维细胞DF1,检测海肾荧光素酶报告基因hRluc活性及其mRNA表达。荧光素酶报告基因检测结果显示,在ICPA细胞中,psiCHECK2-cPPARγ3-5′UTR-Mut的hRluc报告基因活性极显著高于psiCHECK2- cPPARγ3-5′UTR-WT (P<0.01);在DF1细胞中,psiCHECK2-cPPARγ3-5′UTR-Mut的hRluc报告基因活性高于psiCHECK2-cPPARγ3-5′UTR-WT,但差异不显著(P>0.05)。qRT-PCR检测hRluc基因mRNA表达结果显示,与psiCHECK2-cPPARγ3-5′UTR-WT相比,在ICPA细胞中,psiCHECK2-cPPARγ3-5′UTR-Mut转染细胞的hRluc基因的mRNA表达水平极显著降低(P<0.01);在DF1细胞中,psiCHECK2-cPPARγ3-5′UTR-Mut转染细胞后,hRluc基因的mRNA表达水平也降低,但差异不显著(P>0.05)。为进一步分析该uORF对鸡cPPARγ3的转录后调控作用,本研究又分别构建了野生型cPPARγ3真核表达载体pcDNA3.1-cPPARγ3-WT和uORF突变的cPPARγ3真核表达载体pcDNA3.1-cPPARγ3-Mut。qRT-PCR检测cPPARγ3的mRNA表达水平,结果显示,在这两种细胞中,pcDNA3.1-cPPARγ3-Mut转染细胞的cPPARγ3 mRNA表达水平均显著低于pcDNA3.1-cPPARγ3-WT转染细胞(P<0.05),但Western blot结果显示,pcDNA3.1-cPPARγ3-Mut转染细胞的PPARγ蛋白表达水平极显著高于pcDNA3.1-cPPARγ3-WT转染细胞(P<0.01)。这些研究结果表明,5′UTR区的uORF抑制鸡cPPARγ3的翻译。     

系统与进化植物学国家重点实验室(中国科学院植物研究所)

<正>系统与进化植物学国家重点实验室的前身是1987年成立的中国科学院系统与进化植物学开放研究实验室。2005年3月成为国家重点实验室,依托单位为中国科学院植物研究所。现任学术委员会主任为洪德元院士,实验室主任为葛颂研究员。     

原核生物基因组肽编码sORFs分布及功能特征

近期,从非编码RNA中发现具有肽编码能力的小开放阅读框(sORFs),激发了人们对这种长期被忽略的基因组元件的研究兴趣,sORFs迅速成为当前重点研究领域.由于表达水平及丰度低、序列短等因素,对肽编码sORFs的有效研究方法及数据资源还很缺乏,现有研究仅集中在少数真核模式生物,对自然界中广泛存在的原核生物研究非常少,肽编码sORFs的发现为目前精准背景下的基因组注释提出严峻挑战.在此背景下,本文首先系统研究了80余种不同类型原核生物中长度小于100个氨基酸的肽编码sORFs分布及功能特征,并对不同长度区间sORFs的序列组成、分布及进化特征进行了对比分析.结果表明,肽编码sORFs在原核生物基因组普遍存在,随着序列长度的降低,其序列复杂度降低,行使的生物功能也相对集中.在此基础上,进一步结合当前肽编码sORFs研究现状,深入总结了肽编码sORFs研究存在的问题及挑战,为今后肽编码sORFs研究奠定了坚实理论基础.