蛋白质折叠类型识别方法研究

蛋白质折叠类型识别是一种分析蛋白质结构的重要方法.以序列相似性低于25%的822个全B类蛋白为研究对象,提取核心结构二级结构片段及片段问氢键作用信息为折叠类型特征参数,构建全B类蛋白74种折叠类型模板数据库.定义查询蛋白与折叠类型模板间二级结构匹配函数SS、氢键作用势函数BP及打分函数P,P值最小的模板所对应的折叠类型为查询蛋白的折叠类型.从SCOP1.69中随机抽取三组、每组50个全β类蛋白结构域进行预测,分辨精度分别为56%、56%和42%;对Ding等提供的检验集进行预测,总分辨精度为61.5%.结果和比对表明,此方法是一种有效的折叠类型识别方法.     

日本七鳃鳗(Lampetra japonica)Lyb基因的克隆与分析

摘要: 采用RT-PCR和RACE技术, 从日本七鳃鳗(Lampetra japonica)口腔腺、肝脏中分离获得了3条Y-box基因序列, 分别命名为Lyb1、Lyb2和Lyb3, 生物信息学分析其编码的蛋白质序列长度分别为331、181和171个氨基酸残基。采用DNAMAN软件, 将七鳃鳗的3个Y-box蛋白氨基酸序列与海鞘、斑马鱼、清鳉、河豚鱼和小鼠Y-box蛋白进行同源性分析, 结果显示他们共有一个保守的冷休克结构域, 其中包含两个RNA结合基序RNP-1和RNP-2, 表明获得的Lyb基因属于Y-box 基因家族成员。此外, 从Swiss-Prot下载了经实验验证过的Y-box蛋白序列数据, 结合实验克隆得到的Lyb基因所编码的氨基酸序列构建系统发育树, 发现Y-box基因在有颌类出现以前只有一种类型, 有颌类出现以后, Y-box基因分化成YB1、YB2和CSDA三种类型。     

西安市高校学生膳食模式与视功能生存质量水平相关关系

目的：探讨西安市高校学生膳食模式与视功能相关生存质量的关系。方法：抽取西安市某高校303名在校学生,通过问卷调查法获得研究对象的一般情况和膳食摄入,利用视功能相关生存质量量表得分对视功能进行评价,采用因子分析提取膳食模式,分析不同膳食模式下视功能得分之间的差异。结果：共纳入对象289人,男性110人（381%）、女性179人（619%）。视功能相关生存质量三部分（一般健康及视力情况、活动受限程度、视力问题的反映程度）得分分别为679±152分、890±124分和845±167分。经因子分析提出“高脂肪酸”膳食模式、“高糖”膳食模式和“谨慎”膳食模式。 “高糖”膳食模式在三部分得分分别为596、862和819,明显低于其他两种模式,在活动受限程度和视力问题的反应程度两个部分得分有显著差异（P<001）。结论：“高糖”膳食模式与视功能相关生存质量的降低存在负相关关系,因此通过调整膳食模式,均衡膳食营养,减少糖类物质摄入对改善视功能相关生存质量具有重要意义。     

基于报告基因敲入构建果生刺盘孢细胞核荧光标记菌株

运用基因敲入技术,将GFP、mCherry整合到果生刺盘孢 Colletotrichum fructicola组蛋白histone H1位点,实现融合表达,获得细胞核荧光标记菌株。基于标记菌株可以对分生孢子、营养菌丝、附着胞、侵染菌丝等结构中的细胞核进行实时活体观察。果生刺盘孢存在性亲和的“+”、“-”型菌株分化,GFP“+”型菌株和mCherry“-”型菌株接触形成明显杂交线,杂交线上单子囊内含红绿两种孢子,表明“+”、“-”型菌株间发生杂交;杂交线上子囊壳壁表达mCherry,表明由“-”型菌株发育而来。本研究构建的核荧光标记菌株将是研究果生炭疽菌细胞周期调控和有性繁殖过程的重要材料。     

植物环状RNA研究进展

环状RNA (circRNA)是一类由mRNA前体经反向可变剪切而来的共价闭合且保守的单链转录本,通过miRNA海绵功能、干扰可变剪切、结合蛋白等方式调控源基因及线性mRNA的表达。测序结果显示,circRNA广泛存在于不同的植物体内,通过细胞类型特异性表达以及组织特异性表达参与花发育、果实成熟、逆境响应等多个生命过程,在植物发育过程中发挥着重要作用。本文综述了植物circRNA的形成机制、鉴定方法、数据库、表达模式以及潜在的生物学功能,通过与动物相关研究结果的比较,概括了植物circRNA的结构特征和调控潜能,以期为植物circRNA研究提供参考。     

不同氮、磷浓度对铜绿微囊藻生长、光合及产毒的影响

对一株从野外分离得到的铜绿微囊藻产毒株进行分批培养,在不同的氮磷条件下研究其生长、光合荧光及毒素含量的变化。结果表明:正磷酸盐浓度不变时,铵氮浓度的改变对铜绿微囊藻的生长有明显影响。叶绿素a(Chl.a)含量在铵氮浓度为1.83-18.3mg/L时明显较大;微囊藻毒素(包括MC-LR和MC-RR)的含量在铵氮浓度为1.83mg/L时达到最大;当铵氮浓度为0-1.83mg/L时,随着铵氮浓度升高,可变荧光FV和MC的产量均增大,同时MC异构体的种类增多;铵氮浓度过大对M.aeruginosa的生长、生理和产毒均有抑制作用。在另一组实验中,即铵氮浓度不变而正磷酸盐浓度增大时,Chl.a含量呈总体下降的趋势,并且与FV/Fm呈显著正相关关系(P<0.01,r=0.97),MC(MC-LR和MC-RR)的含量在正磷酸盐浓度小于0.56mg/L时明显升高,MC-LR与FV/Fm呈显著正相关关系(P<0.01,r=0.967)。       

MLL3基因对宫颈癌细胞放射敏感性和DNA损伤修复能力的影响

摘要 目的：探究髓系/淋巴系或混合谱系白血病3基因（myeloid/lymphoid or mixed-lineage leukemia 3,MLL3）对宫颈癌细胞生长、转移、放射敏感性的影响。方法：选择60例宫颈鳞癌患者的癌组织及配对癌旁组织,采用实时定量聚合酶链式反应（qRT-PCR）检测检测MLL3 mRNA水平。体外培养SiHa细胞,将其分为以下5组：Control组（不转染）、NC-sh组（转染阴性对照shRNA慢病毒）、MLL3-sh组（转染MLL3 shRNA慢病毒）、NC-OE组（转染阴性对照过表达慢病毒）和MLL3-OE组（转染MLL3过表达慢病毒）。进一步采用2300EX直线加速器9 MeV ?茁射线照射细胞建立放射抵抗SiHa细胞（SiHaR）,然后将其分为：NC-sh组、MLL3-sh组、8 Gy+NC-sh组和8 Gy+MLL3-sh组。NC-sh组和MLL3-sh组细胞不照射,8 Gy+NC-sh组和8 Gy+MLL3-sh组细胞用9 MeV β射线照射8 Gy。采用MTT法检测细胞增殖情况;Annexin V-FITC/PI双染色法检测细胞凋亡;Transwell检测细胞侵袭能力;qRT-PCR检测MLL3、共济失调毛细血管扩张征突变基因（ATM）、ATM-Rad3相关基因（ATR）、乳腺癌易感基因（BRCA1）和RAD50双链断裂修复蛋白（RAD50）的mRNA水平;Western blot检测MLL3、Bcl-2相关X蛋白基因（Bax）、B细胞淋巴瘤/白血病-2基因（Bcl-2）、cleaved caspase 3、基质金属蛋白酶（MMP）2、MMP9和γ-H2AX的表达;免疫荧光染色检测γ-H2AX的表达。结果：与癌旁组织相比,宫颈鳞癌组织中的MLL3 mRNA水平显著降低（P<0.001）。与NC-sh组比较,MLL3-sh组SiHa细胞的MLL3 mRNA和蛋白相对表达量降低,细胞活力升高,细胞凋亡率、Bax和cleaved caspase 3蛋白相对表达量降低,Bcl-2蛋白相对表达量升高,侵袭细胞数量、MMP2和MMP9蛋白相对表达量升高（P<0.05）。与NC-OE组比较,MLL3-OE组SiHa细胞的MLL3 mRNA和蛋白相对表达量升高,细胞活力降低,细胞凋亡率、Bax和cleaved caspase 3蛋白相对表达量升高,Bcl-2蛋白相对表达量降低,侵袭细胞数量、MMP2和MMP9蛋白相对表达量降低（P<0.05）。与SiHa细胞相比,SiHaR细胞中的MLL3 mRNA和蛋白相对表达量均升高（P<0.001）。与8 Gy+NC-sh组比较,8 Gy+MLL3-sh组SiHaR细胞的细胞活力降低,γ-H2AX的蛋白相对表达量和γ-H2AX foci数目升高,ATM、ATR、BRCA1和RAD50的mRNA水平降低（P<0.05）。结论：宫颈癌细胞MLL3的表达下调促进了其生长和转移,但降低DNA损伤修复能力,提高宫颈癌细胞的放射敏感性。     

含F／2A序列的抗P185^erbB2人鼠嵌合抗体慢病毒表达载体的构建

目的构建含F／2A序列的抗P185^erbB2人鼠嵌合抗体慢病毒表达载体,观察其在293T细胞中的表达。方法用具有自我剪切能力的弗林蛋白酶（Furin）／口蹄疫病毒2A多肽（F/2A）连接人鼠嵌合抗体的重链和轻链,形成一个开放阅读框（ORF）,插入慢病毒表达载体pWPI,构建重组抗P185神睨全长人鼠嵌合抗体表达载体pWPI／H-F2A—L。以已构建的慢病毒表达载体pWPI／H-IRES-L为对照质粒。应用磷酸钙沉淀法将慢病毒载体3质粒系统共转染入293T细胞进行包装,测定病毒滴度。再感染293T细胞,荧光显微镜下观察GFP的表达和转染效率,RT—PER、ELISA方法分别检测嵌合抗体mRNA和蛋白的表达。结果经测序鉴定,pWPI／H—F2A—L与预期设计一致;pWPI／H—F2A—L组的病毒滴度为4．3×10^5TU／ml,而pWPI／H—IRES—L组的病毒滴度为3．5×10^5TU／ml;两组重组慢病毒的转染效率分别为87．68％和79．08％;两组重组慢病毒感染293T细胞后,都有嵌合重链和嵌合轻链的表达,由F／2A介导的嵌合抗体的表达水平要高于由IRES介导的嵌合抗体。结论成功构建了含F／2A序列的抗P185^erbB2人鼠嵌合抗体慢病毒表达载体,为今后抗P185^erbB2工程抗体的研究奠定了基础。     

双头异极藻(Gomphonema biceps Meister)——中国淡水硅藻一个新记录种

2015年11月对武夷山北部山区溪流的附着藻类多样性进行调查研究时,发现了淡水硅藻的一个中国新记录种——双头异极藻（Gomphonema biceps Meister）。通过光镜和扫描电镜观察,对双头异极藻武夷山地理种群的形态特征进行了详细描述,并将其与国外种群以及其他相似物种的形态特征进行了比较,同时对该物种的生境特点和世界地理分布作了介绍。     

替雷利珠单抗注射液联合白蛋白紫杉醇和卡铂对晚期NSCLC患者肠道菌群和SII、PNI的影响

摘要 目的：探讨替雷利珠单抗注射液联合白蛋白紫杉醇和卡铂对晚期非小细胞肺癌（NSCLC）患者肠道菌群和预后营养指数（PNI）、全身免疫炎症指数（SII）的影响。方法：选取2020年5月~2023年2月期间在南京市江宁医院及东南大学附属中大医院接受治疗的晚期NSCLC患者115例。根据随机数字表法将患者分为对照组和研究组,各为57例和58例。对照组接受白蛋白紫杉醇和卡铂治疗,研究组在对照组基础上接受替雷利珠单抗注射液治疗。对比两组客观缓解率（ORR）、疾病控制率（DCR）、血清肿瘤标志物[细胞角蛋白19片段（CYFRA21-1）、癌胚抗原（CEA）、糖类抗原125（CA125）]、肠道菌群（双歧杆菌、乳酸杆菌、肠球菌）和SII、PNI,同时观察两组治疗期间不良反应发生情况。结果：研究组ORR（44.83%）、DCR（77.59%）均高于对照组的24.56%、50.88%（P<0.05）。与对照组治疗后相比,研究组CYFRA21-1、CEA、CA125、肠球菌、SII更低,双歧杆菌、乳酸杆菌、PNI更高（P<0.05）。两组不良反应发生率对比未见差异（P>0.05）。结论：替雷利珠单抗注射液联合白蛋白紫杉醇和卡铂治疗晚期NSCLC患者,可提升临床疗效,改善SII、PNI和肠道菌群。