k-gram方法识别microRNA前体

MicroRNAs(miRNAs)是动植物中较短的参与调控基因表达的功能性非编码RNA序列.第一个miRNA是通过实验手段发现的,然而通过实验手段识别miRNA在技术上仍然具有很大的挑战性和不完整性.因此,miRNA基因识别需要寻求计算方法来弥补实验方法的不足.提出了一个全新的miRNA前体的识别方法.在构造识别模型中,把初级序列和序列二级结构相结合,采用k-gram方法把序列信息映射到高维特征空间中,然后通过特征选取方法提取特征,并用这些特征为miRNA前体的识别构造了基于SVM的识别模型.同时,采用隐马尔可夫模型(HMM)的学习方法进行了比较.实验结果表明,该方法是有效的,可以达到较高的敏感性和特异性.     

青蒿素诱导人白血病细胞K562凋亡的线粒体机制

目的:探讨青蒿素诱导人白血病细胞K562凋亡的线粒体机制.方法:用青蒿素处理K562细胞.通过MTT比色法检别细胞增殖抑制的效果;荧光显微镜观察细胞的凋亡;流式细胞术(flow cytometry,FCM)进行细胞周期分析;Western-blotting测定药物作用前后线粒体、细胞浆细胞色素C的表达.结果:青蒿素抑制K562细胞的增殖,IC5D为1.5× 10-5mol·L-1;Hoechst33342/PI双荧光染色可观察到明显的核浓缩、凝集等细胞凋亡表现;流式细胞仪检测G2期细胞比例增高,S期减少;Western-blotting检测药物处理细胞后线粒体细胞色素C表达水平下调,细胞浆出现明显细胞色素C蛋白条带.结论:青蒿素可能通过线粒体细胞色素C途径诱导K562细胞凋亡.