新型冠状病毒(SARS-CoV-2)蛋白靶位的生信分析

目前新型冠状病毒肺炎(COVID-19)疫情仍在全球肆虐,但尚无针对该病毒的治疗特效药.在此背景,以美国化学文摘社(Chemical Abstracts Service,CAS)提供的SARS-CoV-2病毒及宿主蛋白靶标为研究对象,运用基因功能富集、蛋白网络等方法进行生物信息分析.结果发现,人网格蛋白介导型内吞和依赖...     

镁离子联合金雀异黄素对自发性高血压大鼠血压的影响

目的:探讨镁离子联合金雀异黄素对自发性高血压大鼠血压的影响。方法:选用雌性6周自发性高血压大鼠28只,饲养7d后测量大鼠初始收缩压(SBP)及心率(HR),应用双盲分组原则,将大鼠分成对照组、镁离子组、金雀异黄素组、及联合组,每组各7只。饲养7d后,取一次性注射器,消毒抽取药物,暴露尾部及血管,进行注射。每7d注射一次,连续注射4周。比较各组大鼠SBP、HR、hs-CRP、MCP-1、vWF、血管紧张素(AngⅡ)。结果:给药前四组大鼠SBP水平比较无差异(P0.05)。给药后对照组SBP水平高于其他三组(P0.05),镁离子组与金雀异黄素组比较无差异(P0.05),联合组大鼠在给药1周、2周、4周后SBP水平显著低于其他三组(P0.05)。给药前四组大鼠心率比较无差异(P0.05)。给药后对照组、镁离子组、金雀异黄素组与治疗前相比无差异(P0.05),联合组低于治疗前(P0.05)。给药第2、4周联合组HR水平低于其他三组(P0.05)。联合大鼠hs-CRP水平显著降低(P0.05),MCP-1、vWF水平显著升高(P0.05)。给药前各组大鼠AngⅡ水平比较无差异(P0.05),给药2周、4周联合组AngⅡ水平显著降低(P0.05)。结论:镁离子联合金雀异黄素能提高自发性高血压大鼠血管顺应性,减少炎症反应,预防动脉粥样硬化,降低血压。     

生物信息学分析RIPK4的分子结构与功能

针对RIPK4(Receptor-interacting serine/threonine kinase protein 4)结构与功能的报道较少且矛盾。本研究使用生物信息学手段,对RIPK4蛋白的理化性质、组织表达、亚细胞定位、信号肽和跨膜区、空间结构、蛋白质相互作用网络及序列同源性进行分析。结果表明人RIPK4蛋白是酸性不稳定的亲水蛋白,无信号肽和跨膜区域,定位于细胞质的可能性最大,主要二级结构为α-螺旋和无规则卷曲,属于PKc_like和ANK超家族。经GO分析和KEGG通路分析可知,与RIPK4相互作用的蛋白PHLPP1、PHLPP2、ACACA、ACACB、CNOT6L和CNOT6值得深入研究,预示RIPK4存在更为复杂的分子功能和作用机制。为进一步研究RIPK4的功能提供一定的参考。     

FOXD3的空间结构和理化性质分析

FOXD3(Forkhead box D3)作为一个有价值的肿瘤预后标志物,其抑癌机制和预后价值仍未被完全阐明。为了全面认识FOXD3,本研究利用生物信息学手段,对FOXD3蛋白的氨基酸序列同源性、理化性质、组织表达、亚细胞定位、空间结构及蛋白质相互作用网络进行了预测和分析。结果表明:人FOXD3蛋白是酸性不稳定的亲水蛋白,在进化过程中高度保守,无信号肽和跨膜区域,属于FH超家族。该蛋白定位于细胞核的可能性最大,主要二级结构为无规卷曲。经GO分析和KEGG通路分析可知,与FOXD3相互作用的蛋白主要是转录因子,参与调控细胞干性的蛋白质和调控肿瘤细胞特性的蛋白质。本文结果为进一步研究FOXD3的功能及抑癌机制提供一定的参考。     

邻里交往空间实践探索—亲子成长与运动活力视角下的社区公园

现代城市高密度社区中出现了邻里关系淡漠、社区精神缺乏等一系列社会问题,社区公园的营造是缓解现代都市病,创造美好社区的有效途径。本文以现代城市社区环境中所缺失的重要环节“邻里交往空间”为核心关注点,从亲子活动与运动健身活动这2个方面探讨了社区环境促进邻里交往的空间特征及设计策略;通过重庆市南岸区金辉社区儿童公园、运动公园景观设计实践,重点探讨了各年龄段人的行为特征、邻里交往的互动关系、多元集合式的邻里交往空间、邻里空间的归属感等。通过社区公园的营建,维系邻里情感关系和交往关系,这也是满足社区居民人文精神需求最直接、有效的方式;社区空间的内核在于使用者如何轻松地回归到邻里的交往氛围中。本研究倡导现代住区景观设计应向积极的邻里交往方向发展转变,并为这一转变的达成提供一定有效途径的思考。     

T4K矫治器治疗替牙早期Ⅱ类错合患儿的临床疗效以及预后研究

目的:研究T4K矫治器治疗替牙早期Ⅱ类错合患儿的临床疗效以及预后。方法:选取从2015年2月到2017年3月在我院接受治疗的48例替牙早期Ⅱ类错合患儿进行研究。采用T4K矫治器治疗患儿6个月,对比患儿治疗前及治疗6个月后的模型测量值、X线头影测量数据以及上面高、下面高、下面高比例,随访3年,分析X线头颅侧位片的检测数据。结果:患儿治疗6个月后的前牙覆合值、前牙覆盖值、上牙弓拥挤度、下牙弓拥挤度均较治疗前明显更低,上牙弓宽度和下牙弓宽度较治疗前明显更高,差异均有统计学意义(均P0.05)。治疗6个月后患儿的SNA角、ANB角以及U1-SN角和覆盖均较治疗前明显降低,SNB角、L1-MP角以及U1-L1角和下颌平面角均较治疗前明显升高,差异均有统计学意义(均P0.05)。治疗6个月后患儿的上面高、下面高以及下面高比例均较治疗前明显增加,差异均有统计学意义(均P0.05)。随访3年显示,ANB角和L1-MP角较治疗6个月后明显降低(P0.05),而SNB角、U1-L1角、下颌平面角、上面高、下面高、下面高比例、覆盖均较治疗6个月后明显增高(P0.05)。结论:应用T4K矫治器对替牙早期Ⅱ类错合患儿进行治疗的疗效较好,有利于其康复和预后,值得在临床上给予相应的推广。     

盐生植物碱蓬二型果实表生细菌的群落组成及促生属性

【背景】碱蓬(Suaeda glauca Bunge)主要生长于含盐碱土壤,具有果实(种子)二型现象,而种子栖居有众多微生物,它们对种子萌发和幼苗建成具有重要影响。【目的】对碱蓬异型果实表生细菌的群落组成及相关细菌的促生属性进行观察研究,探讨不同类型果实表生细菌的群落组成及相关细菌的促生功能属性是否存在差异。【方法】利用纯培养方法对碱蓬二型果实的表生可培养细菌进行分离纯化,基于16S rRNA基因序列分析初步确定分离菌株的系统发育地位,并对获得菌株进行固氮、溶磷、解钾、产铁及产IAA能力的定性检测。【结果】碱蓬二型果实具有不同的表生细菌群落组成及分布比例,A型果实表生细菌分属于3纲15属,其优势属组成主要是短小杆菌属(34.33%)、芽孢杆菌属(13.43%)和泛菌属(10.45%);B型果实表生细菌分属于4纲20属,其优势属组成主要是短小杆菌属(12.77%)、芽孢杆菌属(17.02%)和冰冻小杆菌属(14.89%)。碱蓬二型果实的表生细菌多样性指数也存在差异,A型果实的Shannon多样性指数、Margalef丰富度指数和Shannon均匀度指数显著低于B型果实;而A型果实的Berger-Parker优势度指数显著高于B型果实。碱蓬二型果实表生细菌在固氮、溶磷、解钾、产铁及产IAA能力等促生属性上的菌株分布比例存在不同变化趋势,A型和B型果实均具有较高比例固氮菌株及较低比例溶磷菌株;但在解钾菌株和产IAA菌株分布比例上具有不同变化趋势,A型果实的解钾菌株所占比例显著高于B型果实,而产IAA能力菌株所占比例显著低于B型果实。【结论】盐生植物碱蓬具有明显不同的2种类型果实,其不同类型果实具有不同的表生细菌群落组成及分布比例,且在促生功能菌株的分布上也存在不同变化趋势。     

间伐对马尾松人工林根际土壤磷组分的影响

以南京溧水林场间伐10年后的30年生马尾松(Pinus massoniana)人工林为对象,研究了不同间伐强度(对照,未间伐,CK;弱度间伐,LIT,25%;中度间伐,MIT,45%;强度间伐,HIT,65%)对根际土壤磷组分的影响。结果表明,与对照相比,中度间伐显著降低了根际土壤全磷和有机磷含量;强度间伐显著降低了根际土壤无机磷总量,且各处理间差异显著;中度和弱度间伐增加了根际土壤酸性磷酸酶活性以及速效磷、微生物量磷和活性磷含量(H_2O-Pi、NaHCO_3-Pi和NaHCO_3-Po),而显著降低NaOH-Po含量;间伐对稳定态磷含量(HCl-P和残留-P)影响不显著。除稳定态磷外,根际土壤中磷组分含量均大于非根际,具有明显的正根际效应。土壤含水量、pH、有机质含量及酸性磷酸酶活性是影响土壤磷含量的重要因子。弱度和中度间伐有利于提高根际土壤磷的有效性。     

不同实验方法检测常用有机溶剂对细菌活性的影响及其安全使用限量

【目的】采用不同实验方法测定常用有机溶剂二甲基亚砜(DMSO)、丙酮和乙醇对细菌活性的影响,以指导抗菌类药物体外抑菌实验所用溶剂的选择和添加限量。【方法】采用常规体外抑菌实验方法(纸片扩散法、肉汤稀释法),并参照生长曲线法检测有机溶剂DMSO、丙酮和乙醇对大肠杆菌(Escherichia coli)及金黄色葡萄球菌(Staphylococcus aureus)的抑菌作用,采用扫描电子显微镜(SEM)观察溶剂作用后的细菌形态变化。【结果】3种溶剂对E.coli和S.aureus抑菌率达到20%时,在肉汤稀释法下,DMSO、丙酮、乙醇的浓度(体积比)分别为1.00%、0.25%、2.00%和1.00%、1.00%、0.50%;在生长曲线法下,溶剂浓度(体积比)分别为0.50%、1.00%、0.50%和1.00%、0.50%、0.50%;而在纸片扩散法下,32%(体积比)DMSO和32%(体积比)乙醇对E.coli产生明显抑菌圈,但3种溶剂对S.aureus均无抑菌圈出现。3种方法比较后得出:当3种溶剂的抑菌率达到20%时,溶剂浓度(体积比)均低于0.5%,对细菌整体生长活性影响较小。SEM结果表明控制溶剂使用限量可有效减少其对E.coli生长过程的影响。【结论】相对于DMSO和丙酮,乙醇对微生物生长繁殖能力的影响更加明显;采用相同浓度有机溶剂时,液态条件下(肉汤稀释法和生长曲线法)微生物受到有机溶剂的影响较大。     

香坊肠球菌和罗伊氏乳杆菌在无菌猪肠道中的定殖

【背景】已有研究表明,微生物在宿主肠道中的定殖受宿主、肠道环境、微生物物种特性和菌株来源等多个因素的影响。一般认为,来源于同类宿主的微生物菌株,在该类宿主肠道中具有定殖优势,但缺乏在物种和菌株水平上研究微生物自身特性在宿主肠道中定殖的研究报道。【目的】将不同来源(同类宿主肠道、非同类宿主肠道和非肠道环境)、具有不同生物学特性的3株香坊肠球菌(Enterococcus xiangfangensis)和4株罗伊氏乳杆菌(Lactobacillus reuteri)对无菌猪肠道进行定殖,在物种和菌株2个水平上探究物种特性和菌株来源对宿主肠道定殖的偏好性,揭示影响微生物定殖效率的关键因素。【方法】在本项研究中,将从藏猪(Tibetan pigs)、小鼠(ob/ob mice)、食蟹猴(Macaca fascicularis)和发酵食品中分离得到的多株香坊肠球菌和罗伊氏乳杆菌,制成混合菌剂对无菌巴马香猪(Bama miniature pig)进行为期4周的饲喂,并通过实时荧光定量PCR方法检测这7株菌在无菌猪肠道中的定殖情况。【结果】在物种水平上,香坊肠球菌和罗伊氏乳杆菌在无菌猪体内具有相近的定殖细胞数目。但是在菌株水平上,小鼠来源的香坊肠球菌(EX-MS)和罗伊氏乳杆菌(LR-MS)定殖的细胞数目显著高于其他5株菌,表明小鼠来源的菌株具有定殖优势。在体外混合培养中,将3株香坊肠球菌和4株罗伊氏乳杆菌分别等比例混合培养72 h后,发现香坊肠球菌EX-MS菌株的细胞数目高于香坊肠球菌EX-MK和EX-PG菌株;在罗伊氏乳杆菌中,4株菌的细胞数目相近。7株菌相互作用表明,EX-MS菌株对EX-MK和EX-PG菌株均有明显的抑制作用,但对4株罗伊氏乳杆菌无抑制作用。【结论】本次定殖实验的结果表明,在物种水平上,香坊肠球菌和罗伊氏乳杆菌均具有在无菌猪肠道中良好的定殖能力;但在菌株水平上,小鼠来源的香坊肠球菌EX-MS菌株和罗伊氏乳杆菌LR-MS菌株具有定殖优势;同时发现,小鼠来源的香坊肠球菌EX-MS菌株通过抑制同物种的EX-PG和EX-MK菌株,获得了在宿主肠道中的定殖优势。