序列同源性分析软件Blast的WEB界面构建及其应用

基于局域网(Intranet)内的PC/Linux服务器, 构建了序列同源性分析软件Blast的WEB界面. 局域网内的所有计算机均可通过WEB方式访问该服务器进行公共数据库和自建数据库的查询,具有保密、高效、免费的优点,能够满足实验室和研究院所的大规模、快速数据分析任务.     

中国新记录属:川普包属及一新种

报道了中国地下真菌的一个新记录属——川普包属Trappea及其一新种——肉桂色川普包Trappeacinnamomea。新记录属以在真包被下具一层不育腔室组织及鬼笔型的孢子不同于其它近缘属;新种则以产孢组织鲜时肉桂色的颜色不同于属内的其它种。新种主要特征为:担子果地下生,球形或近球形,径0.5~1.5cm,伤后变红色,基部具细长(粗约0.5mm,长达6cm以上)的白色根状菌索。包被宿存,白色,厚120~200靘,由径±4靘的菌丝交织而成,菌丝具锁状连合,具颗粒物,在5%KOH液中呈深色。产孢组织胶质的,新鲜时肉桂色至浅褐色,干后橄榄绿色,产孢腔室不规则。与真包被相连的不孕(腔室)组织厚达500靘,由胶质薄壁的菌丝交织而成,菌丝径3~4靘,具锁状联合,不孕腔室四周由20~30×7~10靘的无色棒状细胞排列而成。中柱明显,浅色,在担子果中部树枝状分枝。菌髓板宽37~60靘,由无色、薄壁、径±2.5靘的菌丝交织而成,菌丝具锁状连合。担子长棒状至柱状,22~30×4~5靘,具(4-)5~7(-8)个孢子。担孢子光滑、无色,矩圆形或一端稍窄,4~5.6×2~3m。模式标本(徐阿生2001-107,HXZE1723)保存于西藏高原生态研究所标本室(HXZE)。     

一个可用于复杂大群体的可视化系谱绘制和分析软件

对于在遗传研究和家系研究中大的系谱结构图还很难分析。系谱的绘制通常是遗传性状的分析研究的第一步。系图可以反映整个群体的结构、每个个体之间的相互关系以及基因流的走向,便于理解遗传性状的本质。因为所用家系数目的增大和复杂性的增加,绘制1个清晰的系谱有时变得十分困难。因此开发了1种名为Pedigraph软件,可以解决这个问题。Pedigraph能够完成对于大的复杂的群体的系谱绘制工作,并能进行相应的系谱分析。初步的测试表明这个软件在研究动植物的遗传育种中是1个有用的工具,同时它也可以用于人类的群体和历史等方面的研究。     

基于PC声卡的生物医学电信号采集方法

把生物医学电信号以线性调幅的方法调制在音频载波信号之上,用PC声卡采集该已调波信号,用软件实现调幅波的解调,经数字低通滤波器的滤波,恢复出生物医学电信号,达到采集和显示生物医学电信号的的目的。实践证明,该方法具有成本低、多通道工作实时性好的特点,具有实用价值。     

EMBOSS和EMBnet

笔者撰写的“EMBOSS软件包序列分析程序实例”一文,已经在《生物信息学》期刊2021年第19卷第1期发表。此文介绍欧洲分子生物学开放软件包(European Molecular Biology Open Software Suite, EMBOSS)。EMBOSS是欧洲分子生物学网络组织(European Molecular Biology Network, EMBnet)于上世纪九十年代末启动的以欧洲国家为主的国际合作项目,是生物信息学领域中较早投入使用的大型开源软件包。本文基于笔者亲身经历,回顾EMBOSS项目的来龙去脉,讲述EMBnet三十多年来的发展历程,及其对生物信息开发、服务和教育培训等方面的贡献,从某个侧面为读者特别是年轻读者展示生物信息学发展早期的一段历史。     

湖北利川二叠纪生物礁的埋藏学特征及其环境意义*

二叠纪钙质海绵礁的研究已逾百年,但缺乏埋藏学方面的研究。本文选取鄂西利川典型钙质海绵礁剖面,对造架生物的属种组成、保存状态(直立还是倒伏)、个体大小、古石孔藻包壳和泥晶含量进行统计研究。共鉴定出17个属种的钙质海绵和一个属种的水螅;通过统计研究发现,含钙质海绵的灰岩厚98m,其下部4/5厚度所含钙质海绵以倒伏的为主,上部1/5厚度以直立的为主;含倒伏钙质海绵的灰岩中藻包壳(古石孔藻)不发育,钙质海绵以直立为主的灰岩中,藻包壳发育;钙质海绵的个体大小由海绵灰岩下部而上增大不明显;泥晶基质的含量自海绵灰岩的下部而上明显减少。由此推断:下部的钙质海绵灰岩形成时由于没有藻包壳,大多被风浪打倒。上部具有藻包壳的钙质海绵灰岩,尽管形成时的水动力能量更强,但由于有藻包壳,其抗风浪能力得到加强,所以大多直立保存。     

新版Tilia软件:中文指南和使用技巧*

Tilia软件一直是微体古生物学特别是孢粉学科使用最为普遍的一款专业计算机程序。该软件主要将样品数据经统计计算分析,将每个样品化石科属类型含量以图谱的形式依据地层深度或时间顺序排列显示,使化石数据转换为地层图式。基于各科属特别是优势或建群类型含量上下层位变化特点和规律,划分生物组合带,以图的形式直观解读生物群落的地史演替和环境变化等科学问题。由于此软件一直在英文语境下运行,功能多样,操作较为复杂,往往令国内初学者难以入手和深入。本文将以新版Tilia 2.0.45软件为对象,基于先期积累的使用经验,结合我国学者的思维方式,通过简单的孢粉数据实例,图解步骤和过程,力求通俗易懂。为此,推出"基础版"和"高阶版"两种使用说明以满足不同层次的人员需求,前者针对初学者旨在短时间内快速入门掌握孢粉百分比图谱制作的基本技巧,后者面向有一定操作经验学者力求在浓度图谱、通量图谱及"深度-年代"模型和Neotoma全球生态数据库等方面拓展提高。     

网络上的生物信息资源

生物信息学是生命科学中最活跃的领域之一。目前,生物信息资源的利用已实现了高度的网络化。算法和软件的进步、数据库的一体化、服务器－客户模式的建立使之成为生物、医药、农业等学科强有力的工具。     

上海嘉龙教仪厂

SMUP型生物信号处理系统（复旦大学上海医学院生理学教研究研制） 系统能在80586、P2、P3等微机上使用。功能多，实时处理能力强，可对血压、心电、脑电、细胞放电、脉搏、呼吸等生物信号进行多种处理，适用于循环、神经、呼吸、感官等系统的联机实验和资料处理。系统硬件系列化，A／D转换器及信号调理器可选配不同档次（A／D转换器分8位／20微秒和12位／10微秒两档；信号调理器分4路／8倍／手调、4路／10000倍／手调和4路／8000倍／程控三档）。程控刺激器最大输出5V，选配刺激电压输出器，可将最大输出幅度提升到40V。最近推出的并口传送接口，使系统与计算机的连接更加方便。实验软件在WINDOWS9x下运行，软件内容多，包括教学和科研的常用实验程序。