基于最小自由能和协变信息预测带伪结RNA二级结构的迭代化方法

多数RNA分子的结构在进化中是高度保守的, 其中很多包含伪结。而RNA伪结的预测一直是一个棘手问题, 很多RNA 二级结构预测算法都不能预测伪结。文章提出一种基于迭代法预测带伪结RNA 二级结构的新方法。该方法在给潜在碱基对打分时综合了热力学和协变信息, 通过基于最小自由能RNA折叠算法的多次迭代选出所有的碱基对。测试结果表明: 此方法几乎能预测到所有的伪结。与其他方法相比, 敏感度接近最优, 而特异性达到最优。     

基于堆积协变信息与最小自由能预测含伪结的RNA二级结构

RNA伪结预测是RNA研究的一个难点问题。文中提出一种基于堆积协变信息与最小自由能的RNA伪结预测方法。该方法使用已知结构的RNA比对序列(ClustalW比对和结构比对)测试此方法, 侧重考虑相邻碱基对之间相互作用形成的堆积协变信息, 并结合最小自由能方法对碱基配对综合评分, 通过逐步迭代求得含伪结的RNA二级结构。结果表明, 此方法能正确预测伪结, 其平均敏感性和特异性优于参考算法, 并且结构比对的预测性能比ClustalW比对的预测性能更加稳定。文中同时讨论了不同协变信息权重因子对预测性能的影响, 发现权重因子比值在l1: l2=5:1时, 预测性能达到最优。     

两种漱口液对口腔挥发性硫化物及舌背细菌的影响

目的评价常见的两种市售漱口液对口腔挥发性硫化物水平及舌背菌群的影响。方法采用为期1月的单中心、随机、对照、双盲的临床研究方法。研究对象共60人。分为李斯德林漱口液组(A组),高露洁贝齿漱口液组(B组),阴性对照组(C组)。分别在基线、半个月、1个月时检测各组研究对象的口腔挥发性硫化物水平及舌背厌氧菌的数量变化,并进行统计学分析处理。结果对于口腔挥发性硫化物水平,在半个月及1个月时,A组、B组均有明显的下降,均优于C组,差异具有统计学意义(P<0.05);且A组与B组之间的差异也具有统计学意义(P<0.05)。对于舌背厌氧菌的数量变化,在半个月及1个月时,A组、B组厌氧菌数量均有所下降,均优于C组,差异具有统计学意义(P<0.05);但A组与B组之间的差异没有统计学意义(P>0.05)。结论李斯德林漱口液及高露洁贝齿漱口液均能有效降低口腔挥发性硫化物水平及舌背厌氧菌的数量,且李斯德林漱口液降低硫化物的效果更优。     

基于堆积协变信息与最小自由能预测含伪结的RNA二级结构

RNA伪结预测是RNA研究的一个难点问题。文中提出一种基于堆积协变信息与最小自由能的RNA伪结预测方法。该方法使用已知结构的RNA比对序列(ClustalW比对和结构比对)测试此方法, 侧重考虑相邻碱基对之间相互作用形成的堆积协变信息, 并结合最小自由能方法对碱基配对综合评分, 通过逐步迭代求得含伪结的RNA二级结构。结果表明, 此方法能正确预测伪结, 其平均敏感性和特异性优于参考算法, 并且结构比对的预测性能比ClustalW比对的预测性能更加稳定。文中同时讨论了不同协变信息权重因子对预测性能的影响, 发现权重因子比值在l1: l2=5:1时, 预测性能达到最优。     

木糖发酵生产高纯度D-乳酸大肠杆菌工程菌LHY02的构建

高效利用木糖发酵生产D-乳酸或其他生物质产品,是充分利用木质纤维素的一个关键问题。以高效利用木糖产L-乳酸的Escherichia coli WL204为出发菌株,采用RED基因置换技术将ldhL基因置换为ldhA基因,获得一株能利用木糖产D-乳酸的大肠杆菌工程菌株Escherichia coli LHY02,该菌株利用10%木糖发酵,D-乳酸产量达到84.4 g/L,产物光学纯度达到99.5%。此外,该菌株仍然具有较好的利用葡萄糖产D-乳酸的能力。     

胃癌相关cDNA片段的快速克隆和表达分析

利用差异显示PCR技术获得的一条在胃癌和正常组织有差异表达的表达序列标签(EST)-W123(GenBank登录号为AF150631),通过与GenBank的dbest库进行电子杂交,选取了与其同源度高的若干EST,在它们共有的保守序列设计了用于扩增的寡聚核苷酸引物,利用cDNA末端快速扩增PCR（RACE）技术得到了7条带有polyA尾的3′EST,进行序列分析后,发现它们均是代表新基因或不同剪接体的EST,且具有共同的保守序列,已登录GenBank.采用RNA印迹对目的序列进行初步鉴定,并进行了这些基因的组织分布分析.RACE技术和生物信息学相结合,具有快速、高效的特点,有助于疾病相关基因的克隆.     

不同发育阶段红系造血细胞的生物力学特性和血液流变特性的变化

用可诱发小鼠贫血的病毒(anemia-inducing strain friend’s virus, FVA)感染BALB/c小鼠, 15 d后取其脾脏, 分离出原红细胞, 在加促红细胞生成素(EPO)等的培养基中培养12, 24, 48 h, 获得大量相对同步化的早幼红细胞、中幼红细胞、晚幼红细胞, 研究了不同发育阶段的上述早期红系造血细胞的生物力学及血液流变学特性的变化规律. 发现不同发育阶段的早期红系造血细胞, 随着发育其电泳率、渗透脆性、膜的流动性和黏弹性都发生了改变, 这种改变与膜脂的组成、膜蛋白、细胞膜的骨架蛋白、脂质分子与蛋白质分子的相互作用有关.     

CFU-E和其分化细胞的生物物理特性

用可诱发小鼠贫血的病毒(anemia-inducing strain friend’s virus,FVA)感染BALB／c小鼠,13d后取其脾脏,用Ficoll-Urografin分层液(1．070)分离出红系集落形成单位(colony forming unit-etythroid,CFU-E)细胞,用Wright-Giemsa染液染色并用透射电镜进行形态学观察,在培养液加细胞因子,如促红细胞生成素(erythropoietin,EPO)、白介素3(interleukin-3,IL-3)、干细胞刺激因子(stem cell factor,SCF),诱导其分化的情况下培养12、24和36h,分别对0、12、24和36h的细胞进行电泳率、膜的流动性和变形性的测量及红系特异转录因子GATA-1表达(0、12、24和48h)的检测,发现CFU-E细胞随着分化培养时间增加,其电泳率不断减少,膜的流动性不断增大,细胞的变形性和取向性逐渐变好;CFU-E在0、12和24hGATA持续高水平表达,而48h后,其表达明显降低．     

血清MMP-9、TIMP-1、TNF-α及IL-10在未足月胎膜早破而早产产妇中的表达及临床意义

摘要 目的：探讨基质金属蛋白酶-9（MMP-9）、基质金属蛋白酶抑制因子-1（TIMP-1）、肿瘤坏死因子-α（TNF-α）及白细胞介素-10（IL-10）在未足月胎膜早破而早产产妇血清中的表达及临床意义。方法：选择2016年5月-2017年9月期间本院收治的58例未足月胎膜早破而早产产妇作为研究组,另选择同期于本院行剖宫产手术的58例足月分娩产妇作为对照组。对比两组血清MMP-9、TIMP-1、TNF-α及IL-10水平,研究组根据胎膜胎盘病理检查结果分为合并绒毛膜羊膜炎亚组（n=30）、未合并绒毛膜羊膜炎亚组（n=28）,比较两亚组血清MMP-9、TIMP-1、TNF-α及IL-10水平。记录研究组与对照组的妊娠结局。结果：研究组血清MMP-9和TNF-α水平高于对照组,而TIMP-1和IL-10水平低于对照组（均P<0.05）。合并绒毛膜羊膜炎亚组血清MMP-9、TNF-α水平较未合并绒毛膜羊膜炎亚组升高,TIMP-1和IL-10水平较未合并绒毛膜羊膜炎亚组降低（均P<0.05）。研究组剖宫产、产后出血、新生儿肺炎发生率均高于对照组,新生儿Apgar评分低于对照组（均P<0.05）。结论：未足月胎膜早破而早产产妇血清MMP-9和TNF-α水平异常升高,TIMP-1和IL-10水平异常降低,检测产妇血清MMP-9、TNF-α、IL-10及TIMP-1有助于未足月胎膜早破而早产的诊断,且能够明确产妇的感染状态。